В следующем году парламентские войска были реорганизованы вследствие создания армии нового образца — национальной армии под единым руководством Ферфак-са. Кромвель был назначен начальником кавалерии. Эта армия была более профессиональной и лучше обеспеченной, чем ранее. Ее успехи отчасти объясняются замечательной регулярностью, с которой более двух лет выплачивалось жалование. В 1645 г. парламентское войско нанесло несколько поражений роялистам — особенно чувствительное при Нейсби (14 июня). Войско Карла I начитывало всего 7600 человек по сравнению с 14-тысячной армией Ферфакса. Принц Руперт обратил в бегство кавалерию на левом фланге, но затем напал на обоз, а Кромвель на правом фланге парламентских войск разгромил кавалерию роялистов и обрушился на роялистскую пехоту в центре, которая не смогла противостоять яростной атаке. Таким образом, победу Парламенту принесла дисциплинированность кавалерии. К концу года в руках роялистов остались лишь отдельные пункты, а в мае 1646 г. Карл I сдался шотландцам. Победу Парламенту в Англии обеспечил ряд факторов, включая поддержку со стороны самых процветающих областей, помощь шотландцев, Лондона, главных портов и военного флота, и религиозный пыл части его приверженцев. Кромвель считал себя орудием Божьим, которому уготовано судьбой низвергнуть религиозную и политическую тиранию. С другой стороны, делу Парламента также нанесли определенный урон бесцветные и безуспешные полководцы, такие как граф Эссекс и граф Манчестер, а также сэр Уильям Уоллер, командовавшие войсками в 1642-1643 гг. Парламентарии вызвали враждебность населения, введя высокие налоги, а парламентская кавалерия поначалу уступала роялистской. Как и в случае с кризисом королевской власти в 1639-1640 гг., окончательное падение Карла I во многом было предопределено вмешательством шотландцев, так что вовсе неудивительно ни то, что они играли столь важную роль в политике конца 1640-х гг., ни то, что положение в Англии по-настоящему стабилизировалось лишь в начале 1650-х гг., когда власть Английской республики была насильственным путем распространена на территорию Шотландии. Династическая уния предопределила неразрывную связь исторических судеб обеих стран. Завоевание Шотландии и Ирландии Кромвелем явилось следствием унии и послужило прообразом Реставрации монархии Стюартов на всей территории Британских островов (правда, при совершенно иных обстоятельствах), так как исключило возможность успешных попыток Шотландии и Ирландии избрать собственную политическую линию, отличную от планов Англии.

Роялисты потерпели неудачу как в Уэльсе, так и в Шотландии. Когда разразилась гражданская война, подавляющее большинство валлийцев сохраняло лояльность. Парламент пользовался наибольшей поддержкой в Пемброкшире — английской области. Валлийское дворянство стояло на стороне роялистов, а городское население было слишком невелико, чтобы пуританство и Парламент смогли найти в нем надежную опору. Уэльс дал Карлу I много людей и денег, а валлийские войска, особенно пехота, сыграли важную роль как в действиях против близлежащих целей, например, Глостера, который они безуспешно осаждали в 1643 г., так и в других областях страны.

Падение соседних роялистских оплотов — Шрусбери, Бристоля и Честера — между февралем 1645 и февралем 1646 г. значительно ослабило позиции роялистов в самом Уэльсе, и осенью 1645 г. южный Уэльс оказался во власти сторонников Парламента. У роялистов оставались замки, но они пали под давлением превосходящих парламентских сил. В марте 1647 г. сдался Харлех.

После того, как в январе 1644 г. шотландские войска вступили в Англию, Карл I послал в Шотландию Джеймса Грэма, маркиза Монтроза. Он вторгся в страну с небольшой армией в апреле 1644 г., но, захватив Дамфрис, был вынужден отступить перед численно превосходящими войсками противника. Вновь перейдя в наступление в августе, он нанес поражение гораздо более мощной армии лорда Элко при Типпермуре (1 сентября). 13 сентября 1644 г. он одержал следующую победу в битве при Абердине. При Инверлохи (2 февраля 1645 г.) солдаты Монтроза подпустили горцев Аргайла совсем близко и только тогда дали залп, перейдя в успешную атаку. Как и в других сражениях на шотландской земле, основная тяжесть боя ложилась на ирландскую пехоту или на части из Лоуленда, а горцы использовались для преследования уже разбитого противника. В битве при Олдерне (9 мая 1645 г.) победу Монтрозу принесло его умение быстро реагировать на непредсказуемые изменения в ходе сражения (такое же качество проявил Кромвель в битве при Нейсби). Благодаря успешной контратаке ему удалось разбить более многочисленное войско. При Олфорде (2 июля) победа в кавалерийской схватке, открывшей сражение, оставила вражескую пехоту без прикрытия с флангов и с тыла, а в битве при Килсите (15 августа) была разбита главная правительственная армия под началом Уильяма Бейли, опять же во многом благодаря удачным действиям конницы. Шотландская армия во главе с Дэвидом Лесли, действовавшая в Англии, двинулась на север, и при Филипо (13 сентября 1645 г.) войско Монтроза, значительно уступавшее силам Лесли, было застигнуто врасплох и разгромлено. Монтроз бежал в горы, а его престиж пошатнулся. Зимой Монтроз вел партизанскую войну, но не сумел взять Инвернесс, хотя другой роялист, маркиз Хантли, 14 мая 1646 г. захватил Абердин. Затем оба вождя распустили свои войска, когда Карл I, сдавшийся шотландцам, приказал своим сторонникам сложить оружие.

В 1641 г. возмущенные обращением протестантов-землевладельцев и поселенцев, а также экономическим давлением, ирландцы-католики подняли восстание и убили многих англо-шотландских колонистов. Вождь мятежников, Рори О'Мор разбил правительственные войска при Джулианстауне (29 ноября 1641 г.), а затем заключил союз со многими «старыми англичанами», владевшими землями в Пейле. Ольстер был захвачен восставшими, которые оскверняли протестантские церкви и сжигали библии. Шотландцы отправили в Ирландию армию, чтобы восстановить власть протестантов. Она высадилась в Керрикфергусе в апреле 1642 г. После этого началась борьба между тремя силами: шотландцами-сторонниками Парламента, роялистами под началом Джеймса Батлера, графа Ормонда, и католической конфедерацией Килкенни — ирландскими повстанцами. Последние под руководством Оуэна Роя О'Нейлла разбили шотландскую армию при Бенберне в 1646 г. В 1647 г., после пленения Карла I, Ормонд сдал Дублин Майклу Джонсу, полковнику парламентских войск. Ему угрожали действия конфедератов-католиков во главе с Томасом Престоном, но в битве при Данган-Хилле (8 августа 1647 г.) Джонс разгромил Престона, захватив всю его артиллерию. Положение приверженцев Парламента ухудшилось в 1648 г., когда в ходе Второй гражданской войны Ормонд вернулся из Шотландии. В 1649 г. он взял Дрогеду и Дандолк, а в июне осадил Джонса в Дублине. Джонс совершил удачную вылазку, нанеся Ормонду поражение при Ратмайнсе (2 августа). Через 13 дней в Дублине высадился Кромвель.

Как часто бывает, победа привела к разладу, который возник между Парламентом, армией и шотландцами. Разногласия касались вопроса об управлении церковью, особенно о введении пресвитерианской системы, на котором настаивали шотландцы и против которого выступали многие члены английского Парламента, а также о переговорах с Карлом I, которого шотландцы передали англичанам, когда покинули Англию в 1647 г. Радикальных политических и социальных преобразований требовали левеллеры, пользовавшиеся значительной поддержкой в армии, которая стала принимать все более активное участие в политической жизни, поскольку была недовольна отношением к ней Парламента и невыплатой задолженностей по жалованию. Карл был захвачен в плен в 1647 г., но отверг предложенные Кромвелем условия. Кромвель, разочаровавшийся как в пресвитерианах-парламентариях, так и в левеллерах, поднявших мятеж в армии, который он был вынужден подавить, сыграл ключевую роль в завершении Второй гражданской войны (1648 г.). Она разгорелась в результате роялистских восстаний и вторжения шотландцев, которым Карл взамен пообещал ввести пресвитерианскую систему. Восстания были подавлены. Кромвель двинулся в южный Уэльс и разгромил противников при Сент-Фейгенсе. Ферфакс отправился в Кент и в июне сломил сопротивление роялистов. После этого роялисты сосредоточили свои силы в Колчестере, выдержали натиск Ферфакса и стали дожидаться вестей от шотландцев. Приняв капитуляцию Пемброка (11 июля), Кромвель выступил против шотландцев, которые под началом герцога Гамильтона 8 июля вошли в Камберленд и двинулись на юг. Кромвель отправился в Йоркшир и решил напасть с фланга на противника, наступавшего на Престон. Гамильтон пренебрег предостережениями роялиста сэра Мармадьюка Лангдейла, и его армия оказалась не готова к нападению, когда Кромвель 17 августа заставил солдат Лангдейла отступить и занял Престон. Шотландцы сдались.