Полная решимости поставить точку в деле Карла I и, благодаря религиозному пылу, не устрашенная необходимостью противостоять помазаннику Божьему, армия 6 декабря 1648 г. провела чистку Парламента (чистка Прайда). Оставшаяся часть — «Охвостье» — назначила суд, перед которым Карл должен был предстать по обвинению в измене народу. Парламент утверждал, что Карл дал слово чести более не поднимать оружия и нарушил его, побудив своих сторонников начать Вторую гражданскую войну. Карл отказался от защиты, заявив, что подданные не имеют права судить короля и что он всегда стоял за народные вольности. Он был признан виновным и казнен 30 января 1649 в центре королевской власти — у Пиршественного зала в Уайтхолле.

Судебный процесс и публичная казнь Карла I нисколько не похожи на убийства средневековых королей. Англия была провозглашена республикой, а палата лордов была отменена. Феодальные повинности были объявлены недействительными еще в 1645 г. Однако республиканскому режиму в Англии пришлось столкнуться с иным государственным строем в Шотландии и Ирландии, так что он не мог чувствовать себя в безопасности, пока иные формы правления на территории Британских островов не будут низвергнуты. Продемонстрировав небывалую военную мощь, республиканские войска завоевали Шотландию, добившись успеха, которого не достигали английские монархи, и Ирландию, а также оставшиеся роялистские базы на Нормандских островах в Ла-Манше, на острове Силли и на острове Мэн. После этого Англия, Шотландия и Ирландия управлялись единым правительством до 1922 г., когда Британское государство потеряло большую часть Ирландии. Кратковременные конфликты — между Англией и Ирландией в 1689 г. или между Англией и Шотландией в 1745 г. — рассматривались обеими сторонами как эпизоды. Таким образом, вне зависимости от точных конституционных взаимоотношений, Англия, Ирландия и Шотландия превратились в нераздельную единицу на политической карте.

В 1649 г. Кромвель переправился в Ирландию и захватил большую часть восточных и южных областей острова, завершив завоевание всей страны к середине 1653 г. Кампания Кромвеля, особенно взятие Дрогеды и Уэксфорда в 1649 г., отличалась такой жестокостью, что вошла в пословицы и сыграла важную роль в формировании мифологии ирландской англофобии. В действительности, многие ирландцы сражались против роялистов, и английское вторжение справедливее было бы называть ирландской гражданской войной; массовые избиения во время военных конфликтов не были новостью ни на континенте, ни в Ирландии: например, католическое восстание 1641 г. началось с широкомасштабного истребления протестантов; и ни в Дрогеде, ни в Уэксфорде от жестокости солдат не пострадали женщины и дети. С другой стороны, в Дрогеде, которую обстреливала превосходная осадная артиллерия Кромвеля, выпускавшая по городу до 200 ядер в день, погибло около 2500 человек, а немногие спасшиеся были отправлены на сахарные плантации Барбадоса. После Уэксфорда Кромвель захватил Росс, Каррик, Клонмел и Килкенни и отплыл в" Англию, оставив начальником над армией в Ирландии своего зятя Генри Айртона, который разгромил противников при Скаррифхоллисе (1650 г.) и захватил Лимерик (1651 г.). В следующем году был захвачен Голуэй. Однако завоевание, вызвавшее голод, эпидемии и эмиграцию, привело к снижению численности ирландского населения на 40%. За этим последовала широкомасштабная экспроприация католических земель (особенно интенсивно проводившаяся в 1654-1655 гг.), в результате которой англоирландские католики потеряли власть и положение. Гэльские школы, в которых обучались будущие барды, были закрыты, а это нанесло серьезный удар по национальной культурной традиции. В итоге весь остров был подчинен Вестминстерскому Парламенту.

Спокойствие в Шотландии во многом предопределило начальный успех англичан в Ирландии, но в 1650 г. старший сын Карла I, Карл II, заключил с шотландцами соглашение. В ответ 22 июля 1650 г. Кромвель перешел шотландскую границу. Однако он не смог прорвать укрепленные позиции вокруг Эдинбурга и под давлением искусно маневрировавшего Дэвида Лесли был вынужден отступить к Данбару. Английская армия оказалась отрезанной от английских границ шотландской армией, вдвое превосходившей ее численностью. Кромвель предпринял внезапную атаку, разгромив шотландскую конницу, а затем принудив сдаться большую часть вражеской пехоты (3 сентября). После этого Эдинбург был захвачен.

Следующим летом Кромвель использовал свой перевес на море, чтобы обойти с фланга шотландцев в Стерлинге и занять Перт, но тогда Карл двинулся в Англию, надеясь поднять роялистов на восстание. Он прибыл в Виган 15 августа, но, не сумев набрать достаточно сил, решил отправиться к границам Уэльса, а не идти прямо на Лондон. Однако Шрусбери закрыл перед ним ворота, и, когда Карл 24 августа прибыл в Вустер, его войско практически не пополнилось сторонниками. Его противники 24 августа сосредоточили свои силы у Уорика, а затем двинулись на Вустер, сумев захватить переправу через Северн у Аптона. Парламентские войска, насчитывающие около 30 000 человек под началом Кромвеля, 3 сентября начали наступление на Вустер с нескольких направлений. Роялисты, численностью около 12 000 человек, предприняли поначалу успешную лобовую атаку на позиции Кромвеля, но численный перевес парламентской армии дал себя знать, и роялисты были разгромлены. Прячась по домам своих приверженцев, Карл II бежал во Францию, но дело Стюартов в Англии погибло. К лету 1652 г. англичане захватили всю Шотландию. Шотландский государственный строй больше не мог служить примером альтернативного устройства. Шотландский Парламент и исполнительный совет были распущены. В 1654 г. шотландцам предложили послать своих представителей в лондонский Парламент. Принимались меры по введению в Шотландии английских законов. В шотландских крепостях были поставлены английские гарнизоны, а управление осуществлялось комиссарами, присланными из Англии. В 1650-х гг. положение в Шотландии ухудшилось: знать лишилась своих наследственных прав, а народ был обложен высокими налогами.

Сила, активность и энергия республиканского правительства в полной мере проявились в его агрессивной внешней политике. Торговое соперничество с Голландией и подозрения относительно ее намерений привели к Первой Англо-голландской войне (1652-1654 гг.). Мощь республиканского флота и искусство его адмиралов, особенно Роберта Блейка, позволили Англии выиграть морскую войну, хотя она и вызвала большие расходы. Военные успехи способствовали международному признанию республики. В отличие от эпохи Реформации, было ясно, что республике не страшно иностранное вторжение; ее основные проблемы исходили изнутри.

В самом республиканском лагере, действительно, существовали серьезные различия. Разногласия по религиозным вопросам были связаны со спорами о положении армии и конституции. Раз изменив положения конституции силой, было сложно устоять перед желанием внести в нее следующие изменения, прибегнув к испытанному средству — насилию. Социальный и религиозный радикализм, какой бы незначительной поддержкой он ни пользовался на самом деле, чрезвычайно беспокоил многих сторонников республики. Множество сект и групп, включая маглетонов, диггеров, квакеров и рантеров, выдвигали различные радикальные требования, включая обобществление пустующих земель и отмену Церкви и сословия юристов, провозглашали главенство личного откровения над писанием и утверждали, что Второе пришествие грядет в ближайшее время.