6 сентября 1940 г. Берия попросил санкцию на передачу в Верховную коллегию дел еще на 537 человек. Из приложенного списка предполагалось 472 человека расстрелять (в том числе 41 по обвинению в принадлежности к «заговорщической организации, готовившей вооруженное восстание против правительства МНР»), а остальных 65 человек приговорить к заключению на срок не ниже 15 лет каждого.

Списочные расстрелы военного времени оформлялись решениями Государственного комитета обороны (ГКО). Так 6 сентября 1941 г. по представлению Берии Сталин подписал решение ГКО № 634 сс, санкционировавшее расстрел заключенных Орловской тюрьмы. В нем говорилось: «Применить высшую меру наказания — расстрел к 170 заключенным, разновременно осужденным за террористическую, шпионско-диверсионную и иную контрреволюционную работу. Рассмотрение материалов поручить Военной коллегии Верховного суда СССР». В 1941 г. Берия направил Сталину список на 46 «арестованных, числящихся за НКВД СССР». На этот раз вопрос был решен без формальностей. Никаких постановлений не принималось, была лишь наложена резолюция: «Расстрелять всех поименованных в списке. И.Сталин». В этом списке было несколько генералов, командующие ВВС округов, бывший нарком боеприпасов И.П. Сергеев и другие видные военные деятели. Расстрелянные генералы были арестованы по сфабрикованным обвинениям накануне и в самом начале войны (аресты начались 8 июня).

22 июля 1941 г. расстреляны командующий войсками Западного фронта генерал армии Павлов Дмитрий Григорьевич и генералы Климовских, Григорьев, Таюринский, Оборин, Коробков. Генерал Копец Иван Иванович застрелился. 16 октября 1941 г. были приведены в исполнение смертные приговоры в отношении генералов Н.А. Клича, С.А. Черных, С.М. Мищенко, Р.Ю. Клявиньша, А.Н. Крустыньша, А.И. Дальберга и А.Я. Даннебергса. 23 октября 1941 г., в праздничный День Красной Армии, в то время, когда армия истекала кровью и задыхалась от нехватки квалифицированных кадров, по указанию «великого вождя всех времен и народов» в Куйбышеве были расстреляны еще несколько заслуженных генералов и руководителей оборонной промышленности. Вот их имена. Штерн Григорий Михайлович, генерал-полковник, начальник Главного управления ПВО Наркомата обороны СССР. Локтионов Александр Дмитриевич, генерал-полковник, с 1940 г. — командующий войсками Прибалтийского военного округа. Смушкевич Яков Владимирович, генерал-лейтенант авиации, помощник начальника Генерального штаба РККА по авиации. Савченко Георгий Косьмич, генерал-майор артиллерии, заместитель начальника Главного артиллерийского управления РККА. Рычагов Павел Васильевич — генерал-лейтенант авиации, заместитель наркома обороны СССР. Сакриер Иван Филимонович, дивизионный инженер, заместитель начальника вооружения и снабжения Главного управления ВВС РККА. Засосов Иван Иванович, полковник, временно исполняющий должность председателя артиллерийского комитета Главного артиллерийского управления РККА. Володин Павел Семенович, генерал-майор авиации, начальник штаба ВВС РККА. Проскуров Иван Иосифович, генерал-лейтенант авиации, начальник штаба ВВС РККА. Склизков Степан Осипович, бригадный инженер, начальник Управления стрелкового вооружения Главного артиллерийского управления РККА. Арженухин Федор Константинович, генерал-лейтенант авиации, начальник Военной академии командного и штурманского состава ВВС РККА. Каюков Матвей Максимович, генерал-майор, генерал-адъютант при заместителе наркома обороны СССР Соборнов Михаил Николаевич, военинженер 1-го ранга, начальник опытного отдела Технического совета Наркомата вооружения СССР. Герои Советского Союза генералы Птухин Евгений Саввич, Пумпур Петр Иванович и Шахт Эрнст Генрихович. Таубин Яков Григорьевич, конструктор стрелково-пушечного вооружения, начальник Особого конструкторского бюро № 16 Наркомата вооружения СССР, создатель первого в мире пехотного автоматического гранатомета. Нарком боеприпасов Сергеев И.П. и другие. О некоторых расстрелянных генералах стоит рассказать особо.

Григорий Михайлович Штерн служил в рядах Красной Армии с 1919 г. В 1937–1938 гг. он участвовал в гражданской войне в Испании, где был главным военным советником, а в 1938–1939 гг., когда произошло резкое обострение отношений между СССР и Японией, Штерн руководил Дальневосточной армией и Дальневосточным фронтом и тогда же получил звание Героя Советского Союза. Во время советско-финской войны 1939–1940 гг. он командовал 8-й армией. К 1941 г. в числе наград Штерна были два ордена Ленина, три ордена Красного Знамени и орден Красной Звезды.

Яков Владимирович Смушкевич свою службу в рядах Красной Армии начал в 1918 г. в должности комиссара стрелкового полка, но потом был направлен в авиацию. В 1936–1937 гг. он под псевдонимом легендарного «генерала Дугласа» принимал участие в гражданской войне в Испании, где занимал пост старшего военного советника республиканского правительства по авиации. За участие в испанской кампании Смушкевич был удостоен звания Героя Советского Союза. В мае — августе 1939 г., во время боев на реке Халхин-Гол, он командовал авиацией 1 — й армейской группы, за что вскоре был награжден второй медалью «Золотая Звезда», став, таким образом, первым в стране дважды Героем Советского Союза. С ноября 1939 г. Смушкевич — начальник ВВС РККА, командарм 2-го ранга, а с декабря 1940 г. — помощник начальника Генерального штаба РККА по авиации. Смушкевич был арестован в госпитале, вскоре после тяжелой операции ног, и в тюрьму доставлен на носилках. Его 15-летняя дочь буквально «прорвалась» к Берии, и тот пообещал ей скорое освобождение отца. Однако вскоре дочь Смушкевича вместе с его женой оказались в тюрьме.

Павел Васильевич Рычагов всю свою жизнь тоже связал с авиацией. В 1936–1939 гг. он участвовал в гражданской войне в Испании, за что получил звание Героя Советского Союза. Затем он защищал небо Китая в период начала японской оккупации, был главным советником китайского правительства по авиации. Во время советско-финской войны Рычагов командовал авиацией 9-й армии. В 1940 г. в возрасте всего 29 лет он был назначен начальником Главного управления ВВС РККА, а в феврале 1941 г. — заместителем народного комиссара обороны СССР по авиации. Вместе с ним была расстреляна и его жена, известная летчица Мария Петровна Нестеренко, которая вышла замуж за Рычагова после испанской войны. Все расстрелянные генералы реабилитированы.

Известен послевоенный список, который 11 апреля 1950 г. представил Сталину министр государственной безопасности В. Абакумов. Всех 35 человек, названных в этом списке, осудили и расстреляли в апреле 1950 г. 12 августа 1952 г. в подвалах Лубянки по обвинению в космополитизме были расстреляны 13 членов президиума Еврейского антифашистского комитета, в том числе такие видные еврейские литераторы, как Лев Квитко, Перец Маркиш, Давид Бергельсон и Давид Гофштейн.

Под топор сталинской гильотины попадали и сотрудники карательных органов, которых иногда убирали и как нежелательных свидетелей. В число казненных вошли и бывшие руководящие работники ВЧК — «соратники Дзержинского». Всего по Сталинским спискам в период с 1 октября 1936 по 15 августа 1938 г. было арестовано 2273 сотрудника госбезопасности, из них за «контрреволюционные преступления» — 1862 человека. После прихода Берии, в 1939 г., к ним прибавилось еще 937 человек. Приговоры на видных сотрудников НКВД оформлялись «особым образом». В их следственных делах отсутствуют как протоколы об окончании следствия, так и приговоры. Их и уничтожали в так называемом особом порядке. После утверждения Сталиным и ближайшими членами его окружения расстрельного списка жертву без судебной процедуры выдавали коменданту Военной коллегии Верховного суда СССР с предписанием расстрелять. Предписания выполнялись от руки, что говорило об особой секретности данной категории расстрелов.