К.В. Базилевич предположил, что примирение Ивана III с супругой и ее старшим сыном в 1499 г. было сделано не по каким-то внутрисемейным причинам, а для того, чтобы продемонстрировать Александру Казимировичу, что в его семье нет никаких конфликтов. «Наречение Василия Ивановича великим князем при одновременном существовании другого великого князя Дмитрия, а также предоставление ему в “великое княжение” пограничных с Литвой Новгорода и Пскова должно было иметь больше внешнеполитическое, нежели внутреннее значение», — утверждал исследователь. С этим мнение следует согласиться.

В 1499 г. отношения между Русским государством и Литвой очень обострились. Причиной было стремление Александра Казимировича истребить православную веру на территории своей страны. Об этом стало известно в Москве из тайного письма подьячего Федора Шестакова, находившегося при Елене Ивановне, князю Б.М. Туренину-Оболенскому. Оно было доставлено в Москву 30 мая 1499 г. Подьячий писал, что с помощью смоленского владыки Иосифа Александр принуждал супругу перейти в католичество. Та отвечала, что «без воли осподаря отца своего не может то учинить».

Аналогичные сведения сообщил в конце 1499 г. и князь С.И. Вельский, не желавший переходить по воле великого князя Литовского в католичество. Намериваясь сохранить свою православную веру, он попросился на службу в Москву.

В начале 1500 г. примеру Вельского последовали князья С.И. Можайский и В.И. Шемячич, потомки противников Василия II во время длительного междоусобия середины XV в.

Чтобы способствовать успеху распространения католичества в Литве, Александр Казимирович в мае 1500 г. утвердил в качестве киевского митрополита униата Иосифа, бывшего смоленского епископа. Новый иерарх тут же официально обратился к римскому папе, чтобы тот принял «под свою руку» литовскую православную церковь.

Этот вопрос стал активно обсуждать в римских католических кругах и коснулся самого Александра Казимировича. Он тут же поднял проблему, связанную с нежеланием его супруги менять веру, поскольку так ей велел отец и об этом с ним был подписан договор. На это папа ответил, что он снимает с великого князя Литовского все обязательства по отношению к Ивану III. Елену же следует убеждать принять католичество всеми возможными средствами, вплоть до разлучения ее с мужем, удаления ее из его дома и конфискации всего ее имущества. «С ней будет поступлено по правилам церковного суда, и что она будет наказана в соответствии с проявленным упорством в заблуждениях».

Этот совет папы Александр Казимирович побоялся воплотить в жизнь. Поэтому Елена, не желая быть проклятой отцом и матерью, продолжала оставаться православной верующей. К тому же в Риме стало известно, что Иван III достаточно стар и болен, поэтому после его смерти у Александра Казимировича появлялся шанс занять московский престол. В итоге в 1505 г. папа Юлий II официально разрешил польскому королю жить с иноверкой, т.е. с Еленой.

Тем временем Иван III усиленно готовился к войне с Литвой. Узнав о том, что его дочь настойчиво уговаривают принять католичество, он отправил в Литву посла И. Мамонова. Тот должен был передать дочери письма от отца и матери и разузнать об обстановке в Литве: с какими странами у нее хорошие отношения, а с какими — состояние войны. Великий князь понимал, что столкновения с зятем неизбежны, и искал союзников для борьбы с ним.

Елена Ивановна, прочитав суровые послания от отца и матери, в которых они грозились проклясть ее за измену вере, тут же заболела. Об этом уже 6 июня сообщил прибывший в Москву литовский посланник. Но болезнь дочери почему-то не сразу обеспокоила Ивана III. Только через несколько дней он отправил в Литву своего посланника А. Кутузова с традиционными наставлениями к Елене о верности своей вере. При этом он даже просил напомнить дочери, что если она предаст православие, то будет проклята родителями.

Столь суровое наставление отца для больной Елены Ивановны, видимо, стало настоящим ударом. На несколько лет она прекратила с ним переписку.

По мнению Базилевича, страдания Елены Ивановны не прошли даром. Ее мужественное отстаивание своей веры явилось примером для русского населения Литвы. Оно отказывалось принимать насаждаемое властями католичество и в массовом порядке переходило на сторону Ивана III. Получалось, что брак московской княжны с Александром Казимировичем все же принес России ожидаемые плоды. Правда, собственная семейная жизнь Елены Ивановны оказалась окончательно загубленной.

Религиозный вопрос серьезно осложнял отношения между Литвой и Русским государством. Для разрешения назревших проблем в конце 1499 г. в Москву прибыло посольство от Александра Казимировича. Но по вопросу о положении Елены Ивановны оно хранило молчание. Ивану III было лишь предложено войти в антитурецкий союз для помощи своему родственнику Стефану Великому. На это великий князь ответил, что для этого нужна просьба самого молдавского господаря. Кроме того, обсуждался вопрос о заключении мирного договора между Александром Казимировичем и Менгли-Гиреем.

В декабре 1499 г. в Вильно отправился русский посол И. Мамырев. Он вез новые письма Елене Ивановне, в которых родители ругали ее за молчание: «Ино гораздо ли, дочка, так делаешь? Где было тебе и без нашие посылки к нам послати, да то нам сказати, ино мы тебя пытаем, а ты от нас таишь и на того не скажешь, гораздо ли так делаешь?»

Но ответ в Москве снова не получили. На несколько лет Елена Ивановна замолчала. Видимо, из-за ухудшения здоровья, вызванного нервным напряжением, она уже не могла разрываться между мужем и отцом.

Весной 1500 г. переговоры между Литвой и Россией закончилось из-за их бесперспективности. Иван III понял, что отвоевывать киевское наследие ему следует только с оружием в руках. Переход на его сторону князей Семена Можайского и Василия Шемячича в апреле этого же года ускорил начало военных действий. Официально они объяснялись тем, что великий князь Литовский нарушает договор с Россией, «великую княгиню Елену и князей панов русских нудит к римскому закону, а государь за христьянство хочет стоять».

В итоге 3 мая войско под началом боярина Якова Захаровича Кошкина вторглось на литовскую территорию. Достаточно быстро ему удалось захватить Брянск, Путивль, Мценск, Серпейск, Гомель, Стародуб, Новгород-Северский, Любеч, Рыльск. В это же время на сторону Ивана III перешли князья Трубецкие и Мосальские с городами и волостями.

В ответ из Смоленска было послано литовское войско под началом князя К. Острожского. Но у реки Ведроши оно было разбито, а князь попал в плен. В результате боевых действий в руках русских полководцев оказалась вся Северная Украина.

Военный успех Ивана III вызвал панику у Александра Казимировича. В создавшейся трудной ситуации он стал искать помощь у союзников, сначала у Менгли-Гирея, потом — у «Ахматовых сыновей». На свою сторону он еще раньше попытался привлечь Стефана Великого, жалуясь на захват московским государем его замков. По его просьбе летом 1500 г. молдавский господарь отправил в Москву своего посланца, но тот вернулся без какого-либо результата. Иван III, правда, послал с ним своего человека дьяка Никиту. Возможно, он хотел начать переговоры со свояком о союзе против Литвы.