Деникин оказался в сложной ситуации. Шкуро считался одним из самых известных героев Белого движения. О нем ходили легенды, и его нельзя было так просто сместить. С другой стороны, генералы императорской армии очень возмущались, что человек, который был в их глазах больше вором, чем солдатом, может получить высокий командный пост. Когда Шкуро занял важный город в Ставрополье, Деникин подумал, что он не сможет его удержать, и послал полковника Улагая принять командование на себя. Шкуро был, очевидно, задет этим, но подчинился субординации, отказавшись от командования. В отличие от штаба Добровольческой армии, Кубанская рада считала его героем и в декабре 1918 года настояла на том, чтобы Деникин произвел Шкуро в генералы. Время шло, а взаимное недоверие партизан и офицеров не исчезало.

Генерал Покровский был еще одним неотесанным выскочкой в глазах кадровых офицеров. Он не был казаком, но вел армию во время Ледяного похода и установил тесные связи с Радой и правительством. Он был талантливым командиром, но также интриганом и садистом. Даже Шкуро был шокирован многочисленными приказами о повешении, изданными генералом. В своих мемуарах он описывает, как Покровский пытался убедить его: «Ты, брат, я слышал, либерал и вешаешь слишком мало людей. Я попрошу своих людей приехать сюда и помочь тебе с этим». Во время завтрака Покровский внезапно открыл дверь, позволив увидеть Шкуро повешенных пленных, при этом сказав: «Это тебе для улучшения аппетита».

Кроме того, Покровский хотел стать атаманом. Однажды он пытался убедить Шкуро арестовать тех членов Рады, которые мешали его планам, говоря Шкуро, что приказ об аресте шел от Деникина. Несмотря на антипатию к Деникину, он почувствовал подвох Покровского, но такого человека сложно было отправить в отставку, так как он был очень популярен среди простых казаков.

Добровольческая армия начинала как организация кадровых офицеров, и постепенно стало очень сложно решить проблему повышения, которая была очень важна для всех офицеров. Сложность заключалась в большом количестве критериев. Высшие посты занимали все бывшие заключенные Быхова, все, кто участвовал в Корниловском мятеже. Офицеры, принимавшие участие в первых кампаниях, также получили неплохие назначения. Они укрепляли командный дух, поэтому косо смотрели на всех новичков, которые присоединились к ним только тогда, когда появились шансы на успех. Деникин не мог и не хотел смещать офицеров, которые хоть и занимали невысокие должности во время войны, но доказали свою преданность в самые тяжелые времена, например, генерал Е. Н. Масловский, бывший штабной генерал Кавказского фронта, генерал Ирманов, командующий войсками против турок, и многие другие. Они чувствовали, что не должны занимать посты за свои прошлые заслуги. Именно эти люди и стали главными врагами молодых военачальников типа Шкуро. Все знали, что донское и украинское правительства, а также Южная армия свободно награждали высокими званиями. Как могли эти звания приравниваться к полученным в старой армии? Деникин создал комиссию, чтобы уладить эту проблему и расследовать истории старших офицеров, прежде чем их назначать, но эта комиссия не могла угодить всем.

Получилось так, что пока Деникин поддерживал казачьих партизан, многие думали, что он скрывает антиаристократические предубеждения. Поэтому он решил отменить все особые привилегии бывших офицеров гвардии. Таким образом, Деникин нажил новых врагов.

Хотя падение Екатеринодара было серьезным ударом по Советской республике на Северном Кавказе, ее армия не потерпела полного поражения. Успех белогвардейцев объясняется не столько впечатляющим героизмом, сколько растущим беспорядком и отсутствием дисциплины в красном лагере. Красная армия практически подготовила свое самоубийство; белым нужно было лишь вышибить стул из-под человека, который уже склонил голову на грудь.

Осенью 1918 года политическая ситуация на Северном Кавказе напоминала анархию, царившую на территории остальной Советской России шесть месяцев назад. Партнеры большевиков, левые эсеры, становились во все более резкую оппозицию против большевиков, открыто критиковали мирную политику Ленина в отношении Германии и были насильно выведены из правительства после намеренного убийства немецкого посла графа Мирбаха в Москве 6 июля. На Северном Кавказе их коалиция в вопросе о продолжении войны с Германией просуществовала дольше. На I съезде Советов Северного Кавказа в Екатеринодаре 5 июля было принято решение о создании Северо-Кавказской советской республики, выбран президиум из пяти большевиков и четырех эсеров. Так как Деникин вел свою армию против кубанской столицы, 131 делегат (из 365) проголосовал за возобновление войны с Германией. Но самым главным отличием было то, что если в Москве и Петрограде в результате жесткой политики большевикам удалось навести порядок, то на Северном Кавказе республика без столицы и армия без штаба оставалась в полном хаосе.

3 октября Северо-Кавказская армия стала 11-й Красной армией, но в ней не удалось провести реформы Троцкого по повышенной боеспособности. Московское правительство осталось номинальным, частично из-за того, что единственная связь осуществлялась через Астрахань и Царицын и была недостаточной, частично из-за того, что большевики были слишком заняты, чтобы обращать внимание на театр военных действий, который они считали второстепенным. 11-я армия была еще более бедно экипирована, чем другие красные войска; и даже когда Москве удалось выделить и послать ей некоторое снаряжение, Сталин передумал и отправил груз в Царицын. В армии не имелось «военных специалистов», поэтому ее часто называли «партизанщина», так что, когда Троцкий хотел найти яркий пример губительного влияния отсутствия дисциплины, он всегда говорил об 11-й армии.

К концу августа красные войска насчитывали от 70 до 80 тысяч солдат, которые были разделены на несколько отдельных армий, согласно оценке белых:

1. Сорокин имел 15 тысяч человек, с которыми он отступил от Екатеринодара в междуречье рек Лабы и Кубани.

2. На Таманском полуострове под командованием Матвеева было такое же количество бойцов.

3. Армавир защищало от 6 до 8 тысяч человек.

4. В Ставрополе сосредоточилось от 8 до 10 тысяч.

Остальные распределились по территории Невинномысской, района Минеральных Вод и в Майкопе. Удивительно, но после поражения в июле и августе численность всех красных частей увеличилась, так как многие иногородние опасались победы Добровольческой армии. В октябре, когда большевики наконец смогли сосчитать своих солдат, получилось 124 427 человек. Именно белые впервые объявили призыв в армию, большевики же не следовали их примеру вплоть до ноября.

Самым лучшим красным формированием была Таманская армия, хотя и ее также иногда называли «партизанщиной». Ее с трудом можно было назвать армией в традиционном значении, скорее это было несколько недостаточно спаянных отрядов. Когда Сорокину пришлось покинуть Екатеринодар, советские войска на Таманском полуострове оказались изолированными. В это время Украинский пехотный полк под командованием И. И. Матвеева, группа под командованием Е. И. Ковтюха и Северо-Кубанский кавалерийский полк Софонова объединились и сформировали Таманскую армию, выбрав своим командиром Матвеева. Матвеев сразу же начал длинный, тяжелый, но относительно успешный поход, который увековечен в романе Серафимовича «Железный поток». Целью Матвеева было объединить свою армию с армией Сорокина. Когда армия двигалась на юг по Черноморскому побережью, к ней присоединились 20 тысяч иногородних.