В октябре Деникин совершил ошибку, издав приказ о том, что захваченные офицеры будут подвергаться наказанию. Это заставило многих офицеров передумать дезертировать из армии большевиков, к тому же это было совсем не нужно, так как фактически офицеров наказывали редко, вместо этого их принимали обратно в армию. Поступив наоборот, большевики вели тонкую пропаганду, привлекая и офицеров, и солдат перейти к ним из лагеря противников.

Главным следствием призыва в армию стало то, что если и до Кубанской кампании в армии было казачье большинство, то теперь ее переполняли казачьи войска. Лидеры казачьего сепаратизма, понимая, что Белая армия состоит в основном казаков, что Краснов хотел освободить Дон без помощи Деникина, считали, что Кубанская армия должна освободить земли Войска, защитить его от большевиков. Они также настоятельно требовали разделить армию. К несчастью, ново-димитриевское соглашение не точно определяло этот пункт. Один пункт утверждал, что две армии должны объединиться, другой упоминал «командующего Кубанской армией». Согласно интерпретации казачьих политиков, в марте они согласились признать генерала Корнилова временным главой армии, а не командующим единой Добровольческой армией. По их мнению, смерть Корнилова аннулировала мартовское соглашение.

К этому времени стратегия Деникина и интересы кубанских политиков совпадали, так как все они желали освобождения Кубани. Обе стороны спрашивали себя: будет ли единство интересов объединять их и после достижения поставленной цели? Деникин и его советники сомневались, что независимая Кубанская армия захочет идти на Москву, а кубанские политики боялись, что Добровольческая армия вместе с ее казачьей частью однажды покинет Войско на милость большевиков.

Деникин считал требования сепаратистов угрозой всему антибольшевистскому движению. Он, должно быть, понимал, что армия, состоящая из нескольких тысяч русских офицеров, окажется незначительной силой в сравнении с огромной Южной армией генерала Иванова. Он считал независимую Кубанскую армию первым шагом к независимости Кубани, а с этим он примириться никак не мог. Он очень хотел верить, что сепаратистские требования выдвигаются лишь несколькими десятками безответственных руководителей. Когда Л. Л. Быч, глава кубанского правительства, сказал на заседании, что пришло время организовывать отдельную армию, и обвинил командование Добровольческой армии в том, что оно нарочно расформировывает казаков по отдельным подразделениям, вместо того чтобы позволить им сформировать свое собственное, Деникин покинул собрание, сказав: «Я не позволю смятения среди моих храбрых казаков».

Если бы казачьи политики объединились, они бы одержать верх над несколькими русскими офицерами, и армия бы распалась, положив конец всему Белому движению в Южной России. Но, к счастью для Деникина, атаман Филимонов, линеец, нашел союзников среди русских офицеров против черноморских казаков, которые превалировали и в Раде, и в правительстве. Филимонову удалось сохранить единство армии, встав на сторону Деникина против Быча и председателя Рады Рябовола, которые являлись сепаратистами. На заседании Рады 2 октября атаман защитил Добровольческую армию, твердо заявив, что, если органичная связь между кубанцами и добровольцами разорвется, это приведет к разрушению обеих организаций. Когда атаман не смог предотвратить принятие Радой резолюции о разделении армии в декабре 1918 года, он стал делать все, что в его силах, чтобы саботировать это решение. К счастью для него, выбранный Радой полевой атаман Науменко, не будучи сепаратистом, всячески помогал атаману.

Деникин не сделал ничего, чтобы уладить разногласия с кубанским правительством. Он мог демонстрировать жесты доброй поли: сформировать казачьи дивизии, доверить их казачьим офицерам; наделить казачьих офицеров большей властью; но важнее всего, он мог хотя бы на словах признать кубанскую автономию. Не сделав ничего из этого, он усугубил и без того серьезную проблему, которая достигла апогея к 1919 году, и в результате ему пришлось распустить Раду.

То, что армия состояла преимущественно из казаков, вызывало проблемы не только сепаратистского характера, но также разногласия, связанные с разницей происхождения, образом жизни, идеологией, способами ведения боя. Эти различия были очень заметны в спорах по поводу ведения партизанских действий ходе антибольшевистских сражений.

Те же самые споры происходили и на более высоком уровне среди большевиков, которые были серьезно ослаблены постоянными ссорами между сторонниками «революционной войны» и постоянными военными структурами с «военными специалистами» (бывшими царскими офицерами). Среди большевиков, выступающих за принципы классовой борьбы, Троцкому пришлось использовать всю свою власть и твердость, чтобы установить военную дисциплину в «партизанщине».

В отличие от Белого движения Красную армию формировали императорские офицеры, которые задавали ей тон, им было легче воевать согласно принципам, в которые они верили всю свою жизнь. Тем не менее эти принципы не всегда имели отношение к Гражданской войне. Очевидно, что обе стороны нуждались в организации и традиционной дисциплине. Так же как генералы старой армии чувствовали себя неуютно в штабе большевиков, так и некоторые казаки чувствовали себя не в своей тарелке среди советников Деникина.

Самым энергичным и знаменитым белым казачьим партизаном был А. Г. Шкуро. Шкуро, кубанскому казаку, был только тридцать один год в 1918 году, но он уже стал полковником благодаря необычайной храбрости, проявленной во время Первой мировой войны, когда он командовал казачьим партизанским отрядом в тылу врага. Вернувшись с фронта, он узнал о растущих антибольшевистских настроениях среди казаков и в конце апреля 1918 года решил сформировать партизанский отряд. Вскоре после этого он был арестован большевиками, но в то время, когда красные больше боялись немцев, чем местных «контрреволюционеров», Автономов, командующий армией большевиков на Северном Кавказе, освободил его в обмен на обещание помочь в борьбе с иностранными захватчиками. Шкуро принял мандат большевиков о формировании партизанского отряда, но предал их без колебаний, набрав казаков против них, а не против немцев. Его отряд вначале насчитывал десять человек. Он сформировался в конце мая в предгорьях Кавказа. Отряд быстро рос, поэтому и друзья, и враги думали, что он гораздо больше, чем есть на самом деле. Впечатление мощи привлекало других, и в конце месяца Шкуро был достаточно силен, чтобы совершить нападение на город Кисловодск. Конечно, не шло речи о том, чтобы удержать город, и он отступил, забрав награбленное. Этот и другие набеги вдохновляли казаков на восстание. Вскоре появились и другие отряды, некоторые из них Шкуро удалось объединить. Через какое-то время он командовал бригадой из нескольких тысяч человек.

Атаман Андрей Шкуро

Когда Шкуро получил известия о том, что Деникин захватил Тихорецкую, он решил признать власть Добровольческой армии. Некоторые из его казаков были против и решили вернуться в свои родные станицы, но Шкуро все-таки удалось убедить большинство в том, что в одиночку они не смогут освободить Кубань. Когда он решил нанести визит в штаб Деникина, то был весьма разочарован. Он понял из разговора с Деникиным, что старый генерал не имеет четкого понятия о целях своего движения. Но разочарование было взаимное. Офицеры, окружающие Деникина, не признавали достижения и методы Шкуро, а также пренебрежительно относились к партизанской армии, которая смогла взять, но не удержать город. Кроме того, они не поддерживали метод конфискации, который считали просто мародерством.