После того как более населенная, богатая и культурная часть греческого мира оказалась уже под властью персов, включение в Персидскую империю оставшихся территорий, вероятно, казалось Дарию неизбежным. Еще нескольких походов к границам под предводительством его полководцев, думал Дарий, должно быть достаточно для того, чтобы заставить тех греков, которые еще сохраняли независимость, признать власть Великого царя.

В то время как Мегабаз, а затем Отан неуклонно продвигались на юго-запад, Артафрен принял в Сардах посольство, которое предложило прямой доступ к сердцу континентальной Греции. После изнания в 510 г. до н. э. тирана Гиппиаса Афины под руководством Клейсфена экспериментировали с умеренной демократией. Как и следовало ожидать, ультраконсервативная Спарта угрожала ей войной. Так как Спарта была объявлена врагом Персии, обозначился союз Афин с персами. Артафрен потребовал обычные знаки выражения подчинения — землю и воду. Посланники все выполнили, и первый договор греческой демократии и персидского империализма стал незабываемым благодаря обещанию новорожденной демократии принять вассальную зависимость от персов!

В течение какого-то периода времени общественное настроение изменилось; действия посланников были дезавуированы, и Клейсфен, по-видимому, стал изгнанником. Двумя годами позже (505 до н. э.) изгнанный тиран Гиппиас появился в Сардах и побудил Артафрена предпринять попытку восстановления его в правах. В ответ на эту угрозу противники демократии отправили свое собственное посольство с целью предостеречь сатрапа не верить афинским изгнанникам. Как и следовало ожидать, Афинам было приказано вернуть Гиппиаса на его место под угрозой нападения. Афиняне решили в открытую воевать с Персией.

Благодаря походу на скифов собралось вместе большое количество ионийских греков. Поняв наконец, что их сила в единстве, но не осознавая, что они упустили свой шанс теперь, когда волнения, связанные с приходом персов, улеглись, ионийцы решили начать восстание. Сопротивление тиранам, посаженным персами, возросло. Торговцы, поощряемые тиранами, уступали свой бизнес финикийцам и европейским грекам, и национальная землевладельческая аристократия воспользовалась сменой общественных настроений. Ее вождем был Аристагор, зять и заместитель милетского тирана, того Гистиея, которого царь в тот момент удерживал в Сузах. Аристагор получил свой шанс, когда изгнанники с Наксоса попросили у него помощи в возвращении на свой остров. Поэтому он убедил Артафрена послать с ним сотню кораблей и тем самым распространить власть персов на Кикладские острова.

Пока Милет был самым лояльным из всех вассалов, но у сатрапа были свои подозрения. План был передан царю, который одобрил сохранение прав за сатрапом; следующей весной (505 до н. э.) флот отплыл, но он состоял из двухсот трирем вместо запрошенных ста; корабельные команды состояли в основном не из греков, а командующим флотом был не Аристагор, а двоюродный брат царя Мегабат. Было неизбежно, что Аристагор и Мегабат поссорятся, изгнанники с Наксоса будут предупреждены, а планируемое вторжение закончится провалом.

Побуждаемый Гистиеем в Сузах поднять восстание, Аристагор созвал вождей, чтобы возродить Ионийский союз. Только Гекатей (древнегреческий историк и философ (ок. 500 до н. э.). — Пер.) высказался против этого предложения. Находясь в процессе подготовки своего «Путешествия по миру», этот историк узнал из первых рук о силе империи, и теперь он составлял список всех народов, подвластных Великому царю. Однако его протест остался незамеченным, и в результате голосования было решено упразднить тиранию. Аристагор отказался от своего поста в Милете, а другие тираны были убиты, заключены в тюрьму или изгнаны.

За поддержкой обратились к Спарте, которая на тот момент считалась самым сильным греческим государством. Несмотря на предыдущие угрозы Спарты в адрес Персии, царь Клеомен воздержался от оказания помощи. Должно быть, он понимал, что помощь восставшим ионийцам может помешать нападению персов в будущем на континентальную Грецию, но он был беспомощен. Его влияние как дома, так и за пределами Спарты было предельно слабым, и, даже если он лично считал, что война целесообразна, он не мог быть уверенным в том, что главные члены свободного Пелопоннесского морского союза Коринф и Эгина последуют примеру Спарты. Когда Аристагор продемонстрировал свою бронзовую карту мира, пытаясь возбудить в царе алчность, и неосторожно обмолвился, что это всего лишь в трех месяцах пути от побережья Суз, он был изгнан. Аргос задал вопрос Дельфийскому оракулу и получил ожидаемый ответ: за свою дурную выходку Милет будет разграблен, а божий оракул в Бранхидах будет покинут. Афины, снова проявившие консерватизм и уже досадуя на требование Артафрена вернуть Гиппия, согласились с тем, что Милет «дочерний» город, и выделили двадцать кораблей.

Афинский флот при поддержке всего пяти трирем из Эретрии появился в 499 г. до н. э. Увеличившийся за счет ионийских и милетских кораблей флот приплыл к Эфесу, откуда армия отправилась пешком вверх по течению реки Кузу и через гору Тмолус в Сарды. Артафрен спрятался в крепости, пока союзники занимали нижний город. Дома в Сардах представляли собой тростниковые хижины, или это были строения из кирпичей под тростниковыми крышами; когда какой-то грек поджег один дом, весь город охватил пожар. Оказавшись в огненной ловушке, которая уничтожила знаменитый храм Кибелы на реке Пактол, персидский гарнизон спустился из акрополя и вместе с лидийцами собрался на рыночной площади, через которую текла золотоносная река на Гермскую равнину. Союзники были отброшены на Тмолус, откуда они отступили в сторону моря, но они не успели добраться до Эфеса, потому что в большом сражении были разбиты персидскими новобранцами, которых собрали по различным административным районам к западу от реки Халис три зятя Дария — Даурис, Гимей и Отан. Узнав, что между Эгиной и Афинами началась война, европейский контингент оставил союзников и отплыл на родину. Снова персидская дипломатия сделала свое дело.

Потеря поддержки Афин была более чем компенсирована присоединением греков из Геллеспонта и Византия, большинства карийцев, включая Каун, и киприотов под предводительством Онесила. Царем Саламиса был финикиец Торг, сын Херсиса, сын Сирома (Хирама), сын Эвелфона. Его младший брат Онесил после напрасной попытки убедить Торга поднять мятеж захлопнул перед ним двери и заставил его искать убежища у персов. Из кипрских городов лояльным остался лишь финикийский Амафус, и Онесил держал этот город в осаде, когда получил сообщение о том, что к Кипру приближается огромная армия под командованием Артибия. Просьба о помощи была отправлена ионийцам, которые прибыли со всем своим флотом. Вскоре после этого Артибий высадил свои войска, которые были перевезены из Киликии. Ионийцы отказались отправлять на берег своих моряков для оказания помощи при обороне подвергнувшегося опасности Саламиса, хотя им удалось нанести поражение финикийскому флоту. Сначала сухопутное сражение склонялось в пользу мятежников, Онесил лично убил Артибия. Затем тиран Куриума Стасенор покинул союзников, а за ним последовала знать на колесницах самого Саламиса. Онесил был убит, Торг вернул себе Саламис, а ионийцы вернулись по домам. Брошенные своими союзниками, мятежные киприоты были вынуждены сдаться, хотя город Соли продержался пять месяцев, прежде чем был взят благодаря подкопу (498 до н. э.).