Отсутствие флота в киприотской авантюре дало шанс, которым персы не замедлили воспользоваться. Даурис направился в Геллеспонт и через пять дней овладел пятью важными городами. Затем он нацелился на карийцев, армия которых была разбита у Белых Столбов на реке Марсия, месте их сбора. Интересно отметить, что одним из их вождей был Пиксодар из Синдии, отцом которого был Мавсол, а тестем Сиеннесис, царь Киликии; с тех пор его семье было суждено стать известной. С помощью вновь прибывших греческих союзников карийцы предприняли вторую попытку в Лабраунде в священной платановой роще Зевса Воинств, но потерпели поражение. Затем в Педасе они устроили ночную засаду на проходивших маршем персов, где Даурис встретил свою смерть (497 до н. э.).

Гимей взял мисийский Циус. После отъезда Дауриса из Геллеспонта в Карию Гимей продолжил свое дело и покорил эолийцев Троады (древнее название полуострова на северо-западе Малой Азии, который вдается в Эгейское море к югу от Мраморного моря. — Пер.) и Гергифа. Он умер от болезни, и в 496 г. до н. э. его место заняли сатрап Артафрен и Отан, который получил Клазомены и Сайм. Отчаявшись добиться успеха, Аристагор бежал из Милета и был убит в бою с фракийцами.

Гистией убедил Дария, что только он может подавить восстание, но Артафрена было не так-то легко одурачить. Он четко изложил свои подозрения, и бывший тиран бежал на остров Хиос, откуда отправил письма нескольким персам в Сардах, с которыми он ранее обсуждал восстание. Письма показали сатрапу; когда потенциальные мятежники послали ответ, их немедленно казнили. Милет отказался признать своего бывшего тирана, и тот получил ранение, когда попытался силой войти в город. Гистиею ничего не оставалось делать, как отправиться в Геллеспонт и там начать пиратские набеги (495 до н. э.).

Восстание близилось к своему концу, и персидские лидеры пришли к соглашению о том, что теперь Милет можно сокрушить. Все армии были объединены, собран громадный флот из финикийских, киликийских, египетских и недавно обретенных киприотских кораблей. Предоставив милетцам самим защищать себя от сухопутных сил, те греки, которые еще были вовлечены в восстание, собрались недалеко от острова Ладе в проливе перед городом. Половина греков, живших в Азии, была уже подчинена, или они заключили мир, и таким образом мятежники смогли выставить лишь триста пятьдесят три триремы против царских шестисот. Даже среди них встречалось вероломство и малодушие; самоссцы, лесбийцы и — самые последние — хиосцы разбежались по домам, и, фактически, сопротивление на этом закончилось.

Оракул Аполлона в Бранхидах, который еще поколение тому назад раболепствовал перед персами, получил должное вознаграждение за свое поведение; святыня была сожжена, а ее сокровища увезены в Сузы, где бронзовую статую Аполлона стали использовать для украшения местного «музея». Оттуда Аполлон давно уже исчез, но другая добыча сохранилась до наших дней — огромная бронзовая бабка весом около 96 килограммов с ручками наверху и с одной стороны; архаическими ионийскими буквами на ней имеется надпись: «Этот освященный предмет из трофеев Аристолох и Фрасон установили, десятую часть; а Циклес, сын Кидимандра, отлил его».

Аполлон Дельфийский не разделил унижения Аполлона в Бранхидах, и еще одного оракула Аполлона в Магнесии на Меандре миновала чаша сия. Несколько лет спустя Дарий счел необходимым написать царскому чиновнику в этом городе: «Царь царей Дарий, сын Гистаспа, говорит своему рабу Гадатасу: Я узнал, что ты не во всем выполняешь мои приказы, что ты обрабатываешь мою землю, пересаживая плоды с того берега Евфрата [греческий эквивалент арамейского Заречья]. Я одобряю твою цель, и по этой причине тебя ждет большая милость в царском доме. Но ввиду того, что ты пренебрегаешь моей политикой в отношении богов, ты получишь, если не изменишь свое отношение, доказательство моих оскорбленных чувств, потому что ты взял дань со священных землепашцев оракула Аполлона и приказал им копать неосвященную землю, не зная отношения моих предков к этому богу, который сказал всю правду персам».

Милет был взят благодаря подкопам, и южная его часть была уничтожена; за сожжение Сард последовало возмездие. Большинство жителей мужского пола были убиты, а их женщины и дети увезены в рабство; оставшихся в живых депортировали в Сузы, и в конце концов Дарий поселил их в Ампе неподалеку от устья Тигра. Карийцы в Педасе уже покорились, и в награду им была дарована гористая часть милетской территории. Эцис, сын Силосона, был возвращен финикийцами на место тирана Самоса. Карийцы, которые продолжали держаться до конца, теперь тоже покорились или были приведены к повиновению. Гистией совершал набеги на Атарней за продовольствием, но был вынужден сражаться у Малены; разгромленный и взятый в плен при попытке бежать недавно прибывшим Гарпагом, он был отвезен в Сарды, где Артафрен посадил его на кол.

Перезимовав в опустошенном Милете, следующей весной (493 до н. э.) флот с легкостью взял обессиленные острова Хиос, Лесбос и Тенедос. Каждый из них был оцеплен солдатами, которые, взявшись за руки, прочесывали остров с севера на юг, буквально устроив травлю населения. Мятежные ионийские города на материке тоже были захвачены. Самых привлекательных юношей сделали евнухами на службе при царском дворе, а самых красивых девушек взяли в царский гарем. Города вместе с храмами были сожжены. Затем флот определил точно такое же суровое наказание городам к западу от Геллеспонта, как это уже делала армия. Опустевшие Византий и Халкедон стояли в дыму, хотя Кизик уже пришел к соглашению с Эбаром, который возвратился в сатрапию своего отца Мегабаза Даскилей.

Подтвердилось предсказание Гекатея об исходе, поэтому этот историк был единственным человеком, который заключил мир с сатрапом. Артафрен заявил, что хочет забыть причиненные обиды и мятеж, пообещал вернуть их законы, но за это он должен оказаться на заседании ионийских представителей. До сих пор ионийцы пользовались довольно значительной степенью местной автономии; теперь они должны были войти в состав сатрапии. О войнах между государствами следовало забыть, вместо этого они должны подчиняться третейскому суду. Персия последовала примеру Ассирии, проведя перепись населения с целью налогообложения. Такая перепись была в конце концов навязана Ионийской сатрапии, которая была измерена в парасангах — расстояние, которое можно пешком пройти за час, или около пяти с половиной километров. Дань была установлена приблизительно на довоенном уровне, но наказание мятежных городов из-за передачи значительных земельных площадей негреческим государствам, набегов армии и флота и уменьшения численности населения от смерти, бегства и депортации сильно увеличило налоговое бремя сравнительно немногих уцелевших. По мере того как население снова стало медленно увеличиваться и процветание вернулось, этот гнет уменьшился, так как величина дани оставалась неизменной до времен Геродота.

Состояние сатрапий в это время становится понятным благодаря перечню сатрапий, приложенному к надписи из Суз. Парса уже больше не включена в сам список; Геродот сообщает нам, что Персис была единственной страной, которая не платила налогов. Сагартия исчезла; очевидно, она была объединена с Мидией. Скифия была поделена на две сатрапии, Саку Хаумаваргу — Амиргийскую Саку, в которой «готовят священный напиток haoma», и Саку Тигракауду, или Саку «высоких скифских колпаков». В добавление к Ионии, «тем, что у моря», появляются две совершенно новые сатрапии. Одна из них — Скудра (Фракия и Македония), которая получила свое название по македонскому городу Скидра; последняя в списке — Карка, получившая название от хеттского названия карийцев. От этого периода сохранился бронзовый лев весом в эвбейский талант (эвбейский талант равен 26,19 кг. — Пер.), на котором есть надпись на арамейском языке: «В точности согласно царской сатрапии», так как он был найден в Абидосе на Геллеспонте; вероятно, он был свидетелем аналогичной финансовой реорганизации также и в сатрапии Даскилей.