Установив подобие мира на юге Средней Азии и в Степном крае, советские власти смогли наконец подумать о ликвидации двух последних независимых государств – Хивинского ханства и Бухарского эмирата. Срочное избавление от них было необходимо потому, что оба государства представляли собой по разным причинам реальные центры контрреволюции, которые оказывали поддержку басмачам и пытались вести переговоры с зарубежными странами о поставках оружия.

Хива являлась в течение нескольких лет ареной постоянных конфликтов между узбеками и туркменами. Эта борьба подорвала силы ханства еще до революции 1920 года. Возмущенные жестокостью туркмена Мухаммада Курбана Джунаид-хана, который утвердился после 1917 года хозяином Хивы, местные джадиды или младохивинцы боролись против него с 1918 года и были вынуждены искать помощь у Туркестанской АССР. В конце 1919 года часть хивинского населения постоянно восставала против Джунаид-хана. Воспользовавшись беспорядками и откликаясь на просьбы местных либералов, Фрунзе и Куйбышев двинули в конце ноября третий батальон 5-го Туркестанского полка на Торткул.

22 декабря был отдан приказ наступать, и красноармейцы разделились на две колонны. Одна из них пошла на Ходжейли, где располагалась основная часть войск Джунаид-хана. Другая колонна подошла к Янги-Ургенчу. Затем обе колонны должны были соединиться в самой столице. 29 декабря Ходжейли пал после однодневного сражения, и, несмотря на несколько попыток Джунаид-хана продолжить сопротивление, 1 января 1919 года военная кампания завершилась взятием Хивы. Джунаид-хан укрылся в Каракумах, где продолжил борьбу с советской властью на стороне басмачей. Между тем Сейид Абдулла, хан Хивы, сохранявший власть чисто теоретически, отрекся от нее. Его сменил ревком, который в тот же день провозгласил Хорезмскую (Хивинскую) народную республику.

Советское правительство, стремясь умиротворить коренных жителей, установило власть, где доминировали младохивинцы, иными словами, представители местного среднего класса. Ведущая роль, которую они приобрели в борьбе против Джунаид-хана, и отсутствие в Хиве других политических сил сделали их пригодными для властных функций. Первое новое правительство Хивы под председательством джадида Пахлевана Нияза было сформировано исключительно из местных деятелей. Его составляли Баба Ахунд Салимов в качестве премьера, мулла Ораз Ходжа Мухаммад как министр иностранных дел, Джума Нияз Султан Мурад – министр внутренних дел, мулла Бегджан – министр просвещения, Хасанов – военный министр, мулла Hyp Мохаммед Баба – министр торговли, и Мир Шарафов – главнокомандующий. Представитель Туркестанской АССР в Хорезме также был представителем коренного населения. 13 сентября 1920 года новая республика согласилась на военный и политический союз с Советской Россией. Она приняла экономический договор, явившийся моделью соглашений, заключенных вскоре с Бухарской народной республикой.

Тем не менее родовые распри вскоре дали советским руководителям предлог вмешаться в политическую жизнь Хорезма и отстранить местных лидеров от власти. С сентября начались массовые беспорядки, которые настроили новое правительство против туркменских племен, протестовавших в связи с казнью восьми их предводителей. Через своих представителей в Хорезме советские власти предложили миссию примирения, которая лишь осложнила конфликт. По инициативе советского представителя был созван съезд туркменов из Хорезма, на котором из-за разногласий еще больше усугубился внутренний кризис. В марте 1921 года накануне всеобщего съезда Хорезма (курултая) обстановка накалилась.

Остро стоял вопрос об избирательном праве. Правительство младохивинцев отказалось принять предложение недавно образованной Хорезмской компартии, которой руководили Джума Нияз Султан Мурад, первый председатель ревкома, образованного в 1918 году в Янги-Ургенче, и русский посланец Сафаров, бывший командующий войсками в Фергане. Их целью было исключить из избирательных списков представителей «паразитических» слоев населения, а также привилегированных социальных классов. Народные демонстрации, организованные 4 марта, привели к свержению правительства и замене его коалицией из двух узбеков, туркмена, киргиза и одного местного комсомольца. Несмотря на устранение наиболее влиятельных азиатских лидеров, новое правительство далеко не продвинулось по пути социализма. Собственность оставалась в частных руках, а всеобщее избирательное право не было ограничено по социальным критериям. В мае 1921 года собрался II Всеобщий съезд Хорезма. Он попытался разрешить племенные проблемы широкой амнистией.

Тем не менее советское давление заметно усиливалось, несмотря на некоторую разрядку ситуации. Российский представитель в Хиве Бык сменил Сафарова, который был причастен к отставке Пахлевана Нияза. В ноябре 1921 года вмешательство Быка в политическую жизнь привело к тому, что правительство Хорезма обвинили в контрреволюционной деятельности, а некоторых его членов расстреляли или посадили в тюрьму.

После устранения глав местных движений из политической жизни, а во многих случаях их ликвидации Хорезмская народная республика представляла собой эфемерное явление. Партия, комсомол и Кошчи Иттифаки в отсутствие местного руководства имели больше теоретическое значение, чем реальное, потому что данные организации утратили способность к эффективным действиям. Газеты, публиковавшиеся во время существования Хорезмской народной республики, «Инкилаб кояши» и «Кызыл Хорезм» не смогли сохранить свою хрупкую независимость, а в ходе постоянных чисток 1922 и 1923 годов и вовсе самоликвидировались.

Судьба Бухары очень похожа на судьбу Хорезма, хотя население обеих этих народных республик весьма отличалось друг от друга в определенных отношениях. В июле 1920 года Советскому правительству, закончившему военные операции на Украине и подчинившему Хиву, оставалось лишь устранить угрозу со стороны Бухары.

В эмирате обстановка созрела для советского вмешательства. Эмир с 1920 года запретил торговлю с Россией и Туркестанской АССР. Экономическое положение было тяжелым. У Бухары не было достаточных ресурсов для поддержки населения. Эмират лишился 70 % поголовья скота. Земли больше не орошались. Народное недовольство достигло крайнего предела. Для Советов было важно воспользоваться этим недовольством, пока бухарцы вновь не обернули свою ярость против русских, как они поступали много раз под руководством своих религиозных лидеров. Такое развитие событий на фоне басмаческого движения создавало серьезные проблемы.

В Туркестанской АССР у Советов были союзники в борьбе с Бухарой в лице младобухарцев и Бухарской компартии. Сторонники этих организаций бежали из эмирата и действовали вне Бухары с 1917 года. Бухарская компартия была основана в 1918 году в Ташкенте из незначительного числа младобухарцев, которые высказались за вступление в партию. Ряды партии выросли в период между 1918 и 1920 годами за счет русских эмирата. Большинство младобухарцев оставалось вне партии. Они образовали в феврале 1920 года Бюро революционеров Бухары, за что подвергались критике со стороны Бухарской компартии. Сближения между младобухарцами и партией не происходило до лета 1920 года, когда обе организации объединились в преддверии неминуемых военных операций советской власти.