До самого конца младобухарцы противились вмешательству Красной армии, веря в возможность народного восстания. Телеграмма от Фрунзе, уведомляющая их о начале операции, пришла в то время, когда младобухарцы обсуждали целесообразность такого шага на съезде в Чарджоу. Эмир оставил свою столицу, подвергавшуюся артобстрелу, сопротивление представлялось бесполезным. Он пытался реорганизовать войска в Восточной Бухаре. 2 сентября город Бухара был занят. Власть в городе взял ревком, сформированный из большинства младобухарцев под председательством Фаизуллы Ходжаева.

Ревком начал с национализации всех незанятых земель, источников воды и больших частных владений. Затем он объявил о своем решении перераспределить конфискованные земли среди бедных дехкан и передать средства обработки земли в их распоряжение. Ревком стремился также установить полное равенство различных национальностей эмирата. Эта цель получила официальное одобрение на II Всебухарском съезде 25 сентября 1921 года. На практике, однако, основные намерения ревкома так и не реализовались, но, наоборот, пришли в полное противоречие с реальными государственными декретами и законодательными актами.

Конституция народной республики, принятая на втором съезде, давала гарантии того, что новое правительство будет отстаивать суверенитет народа. Совет народных представителей (Халк Вакиллари Шуроси) был наделен функциями контроля правительства. Однако сам состав совета был далек от выражения народных чаяний. 72 его члена были умеренными деятелями, не заинтересованными в революционных реформах, которых добивались восемь левых членов совета против пяти убежденных консерваторов.

Конституция гарантировала гражданам неприкосновенность частной собственности, которая основными нормами права республики никак не определялась. Эти нормы утверждали приоритет исламских законов, и в статье 26 ясно постулировалось, что никакое конституционное положение не может им противоречить. Свободу совести, свободы печати, слова и собраний гарантировали статьи 7, 8 и 9, но статья 26 оговаривала, чтобы они не противоречили исламу. Административная организация тоже стремилась совместить демократические реформы с традиционной структурой. На всех уровнях организации, представляющие советскую власть, обеспечивались правовыми нормами, но фактически они сочетались с традиционной властью старейшин, так что в деревнях, например, функции старейшины едва ли изменились. Однако определенные положения конституции внедряли заметные изменения. В выборной системе, например, статья 58 распространяла избирательное право на молодых женщин и мужчин в возрасте 18 лет. Это имело тенденцию радикально изменить социальные отношения. В частности, статья 59, лишавшая чиновников бывшего режима и определенные привилегированные слои права голоса, содержала зародыш классового конфликта.

Таким образом, ситуация в Бухарской народной республике была намного сложнее, чем в других региональных государствах, существовавших в это время. Ее лидеры, главным образом младобухарцы и особенно Фитрат, вышедший из реформистского движения, явно стремились внедрить в Бухару социализм и развивать ее на большевистских принципах социальной справедливости и структурной трансформации.

Сознавая, однако, наличие в Бухаре в основном неграмотного, нищего населения и его фанатичную веру в ислам, зная о вопиющей нехватке образованных людей, руководители республики должны были выстраивать свои планы в соответствии с реальностью. Чтобы избегать конфликта с населением, политикам приходилось считаться с религиозными принципами, к которым были привержены люди. Для набора квалифицированных кадров новое правительство нуждалось в восстановлении во властных структурах компетентных лиц прежнего режима. Это означало, что их нельзя было лишать земель, которыми они владели. Обещанные аграрные реформы не проводились. Несмотря на выборные механизмы, гарантировавшие будущее, младобухарцы буквально через несколько месяцев после прихода к власти оказались, таким образом, скорее в роли защитников интересов бывших правителей, чем беднейшего населения, которое хотели представлять.

Население, разочарованное отсутствием аграрной реформы, несмотря на теплящиеся еще обещания, вскоре уподобило младобухарцев и коммунистов своим бывшим хозяевам. Люди говорили, что единственным результатом революции стало то, что им навязали «семь эмиров вместо одного».

Одной из причин, заставившей младобухарцев избегать классового конфликта, была проблема независимости. Советская Россия признала в сентябре 1920 года полную независимость нового государства, но давление вскоре дало о себе знать.

Россия почти прекратила торговлю с Бухарой и не проявляла намерения возобновлять ее, несмотря на обращения местного правительства. Это сделало внутреннюю экономическую ситуацию катастрофичной. Она усугублялась присутствием войск Фрунзе, которые оставались на территории Бухары, совершая реквизиции, в то время как советские власти требовали от народной республики содержать их. Споры между бухарским правительством и русскими представителями участились в 1921 году, а глава государства Усман Ходжаев в отчаянии запросил афганского вмешательства для отпора посягательствам России на суверенитет Бухары.

Таким образом, Бухарская народная республика изменила свой первоначальный курс. Младобухарцы, бывшие вначале приверженцами радикальных социальных реформ и союзниками большевиков, постепенно стали тормозить реформы и оппонировать большевикам. Более того, заменив таджикский язык, который до сих пор оставался государственным «культурным» языком, тюркским языком, младобухарцы вернулись к идее борьбы за более крупное тюркское государство на территории Средней Азии. Фитрат, тогда бухарский министр образования, взялся за реформирование обучения в медресе и спешную подготовку кадров для молодого государства. Он посылал учащихся в немецкие университеты.

Политические взгляды, которым следовали джадиды, обратившиеся в коммунистов, в Бухарской народной республике нашли отражение в программе, выдвинутой мусульманами Туркестанской АССР (Рыскуловым и Нарбутабековым) на съезде в Баку в сентябре 1920 года. Коммунизм следует приспособить к специфике Востока путем внедрения социалистической доктрины в традиционные экономические, социальные, интеллектуальные и особенно религиозные структуры. «Национальная революция» должна иметь приоритет над социальной. В отсутствие пролетариата руководство движением следует предоставить местной буржуазии. Необходимо относиться терпимо к сотрудничеству различных социальных слоев в борьбе за осуществление национальных интересов и планов социалистического строительства. Руководство Коминтерна осудило эти требования и вернуло антиколониальную революцию к более марксистскому образцу путем замены гегемонии беднейшего крестьянства гегемонией пролетариата, притом что он отсутствовал. Каким образом, осудив теоретически тезисы Туркестанской АССР в Баку, советское правительство могло смириться с их применением в Бухаре?

В 1920 году режиму пришлось мириться с правлением младобухарцев точно так же, как он мирился с Алаш Ордой и джадидами Туркестанской АССР, чтобы избежать ситуации, похожей на ту, что существовала между 1917 и 1919 годами. В 1920 году в связи с угрозой басмаческого движения советское правительство не могло не предполагать столкновения с народом Бухары и опасалось народного взрыва беспрецедентного масштаба.