В конце сентября 1915 г. морской министр И.К. Григорович направил руководителю военного ведомства А.А. Поливанову проект «Положения о морских контрразведывательных отделениях (КРО)», разработанный Морским Генеральным штабом (МГШ). Положение о морской контрразведке предусматривало, кроме существования контрразведывательных отделений в составе МРП, создание отдельных особых морских контрразведывательных пунктов в стратегически важных населенных пунктах. Немного раньше был утвержден аналогичный документ о морских разведывательных отделениях агентурной разведки.

На флоте предполагалось открыть 7 морских разведывательных и контрразведывательных пунктов:

— Архангельский морской особый контрразведывательный пункт (МОКРП) штаба Северного флота в составе двух контрразведывательных отделений с дислокацией в г. Архангельск и Беломорск (возглавил МОКРП бывший сотрудник Отдельного корпуса жандармов П.В. Юдичев);

— Архангельский МРП штаба Северного флота;

— Мурманский морской особый контрразведывательный пункт штаба начальника Кольского оборонительного района, состоящий из двух контрразведывательных отделений (во главе МОКРП был назначен штабс-капитан А. Петров);

— Мурманский МРП штаба Северного флота;

— Петроградский МРП штаба Балтийского флота;

— Одесский МРП штаба Черноморского флота;

— Дальневосточный МРП.

Разведывательные и контрразведывательные пункты на флотах были сформированы к исходу 1915 г. (Мурманский МОКРП открылся в январе 1917 г.). Личный состав, назначенный для организации и ведения разведки и контрразведки, оказался неподготовленным к работе в условиях войны и вынужден был начинать организацию своей деятельности в самый ответственный момент практически с нуля. Если ведение контрразведки на местах возлагалось на жандармские команды, находящиеся в подчинении одновременно двух силовых ведомств — ОКЖ и МЕШ, то разведчики были в одиночестве.

14 октября 1915 г. (по новому стилю 27-го числа) начальник штаба Верховного главнокомандующего ВС империи генерал от инфантерии М.В. Алексеев утвердил «Положение о разведывательном и контрразведывательном отделениях Штаба Черноморского флота в военное время», которые были сформированы в г. Севастополь. С этой даты ведется отсчет существования военной агентурной разведки и контрразведки ЧФ.

Данный документ «родился» по инициативе флаг-капитана по оперативной части штаба Черноморского флота капитана 1-го ранга К.Ф. Кетлинского.

Цель учреждения разведывательного отделения — руководство местной агентурной разведкой в пределах Черноморского театра военных действий. На нее возлагалось специфическое кураторство над Турцией, Балканским полуостровом и Австро-Венгрией.

Целью учреждения контрразведывательного отделения штаба Черноморского флота (ЧФ) являлось «охранение флота в иностранных портах, учреждений и заведений Морского ведомства, Черноморского побережья от иностранного соглядатайства». На него возлагалось обслуживание всего Черноморского побережья, начиная от г. Рени до Турецкой границы.

Руководил деятельностью обоих отделений единолично третий помощник флаг-капитана оперативной части, назначаемый из штабных офицеров флота, основательно знакомых на практике с разведкой и контрразведкой. В его полном распоряжении находились три старших флаг-офицера (из штата штаба, береговых частей и плавсостава). Первый — ведал разведкой по морской части, второй — по сухопутной части, третий отвечал за контрразведку (возглавлял контрразведывательное отделение; мог назначаться из числа офицеров отдельного корпуса жандармов). Они фактически являлись заместителями своего начальника и одновременно офицерами связи по вопросам разведки и контрразведки со всеми частями, кораблями ЧФ и учреждениями морского ведомства.

На должность «третьего помощника флаг-капитана оперативной части», возглавившего оба созданных отделения, был назначен капитан 2-го ранга А.А. Нищенков, заведовавший ранее Черноморским столом Особого делопроизводства МЕШ.

С 6 декабря 1915 г. (по новому стилю) начал свою деятельность Одесский МРП агентурной разведки и контрразведки Черноморского флота в составе 10 офицеров. Для размещения разведчасти было выделено одно из зданий на улице Дерибасовской.

В разгар Первой мировой войны МГШ удалось организовать сотрудничество по линии агентурной разведки с англичанами, а уже к ее завершению — с Межсоюзническим разведывательным бюро. Однако в большей степени по политическим причинам результаты взаимодействия были весьма скромными.

В январе 1916 г. образован Морской штаб Ставки Верховного главнокомандующего. До 1917 г. новой структурой руководил являющийся одновременно и начальником МГШ вице-адмирал А.И. Русин. Морской штаб Ставки ликвидирован осенью 1917 г.

В начале июля 1916 г. в командование Черноморским флотом (ЧФ) вступил самый молодой военачальник империи вице-адмирал А.В. Колчак. В это время по указанию Ставки штаб ЧФ развернул интенсивную подготовку крупной десантной операции в районе Босфора с целью блокады пролива и установления над ним российского контроля, намеченной на май 1917 г. Колчак и его начальник штаба контр-адмирал М.И. Смирнов энергично включились в ее разработку, рассматривая успешное выполнение поставленной задачи в качестве главного направления своей деятельности на Черном море.

Для этой цели на Черном море была сформирована специальная транспортная флотилия в количестве более 100 судов, способная одновременно поднять 2684 офицера (из расчета 1 офицер на 7–8 солдат), 20 097 солдат, 21 259 лошадей, 1137 гужевых повозок. В порядке подготовки к этой операции создавались части и соединения морской пехоты.

28 августа (10 сентября) 1916 г. статус разведывательного органа штаба флота был повышен: приказом начальника Морского штаба Ставки адмирала А.И. Русина № 260 разведывательное отделение преобразовано в разведывательную часть. Возглавлял деятельность разведчасти и контрразведывательного отделения третий помощник флаг-капитана оперативной части.

В сентябре 1916 г. Одесскому МРП ставится задача по агентурному обеспечению планирования и качественного проведения десантной операции. Месяцем позже к этой работе подключились силы Особого делопроизводства МГШ. С марта 1917 г. к систематической разведке побережья в районе намеченной высадки десанта приступили эскадренные миноносцы и гидроавиация. Однако нарастающее революционное движение среди матросов Черноморского флота заставило Ставку отказаться от намеченного на неопределенный срок.

Как справилась со своей задачей агентурная разведка, можно судить по содержанию одного из докладов командующего ЧФ: «.Неудовлетворительность нашей агентурной разведки делала блокаду очень трудной, требовавшей очень большого напряжения сил личного состава и большого изнашивания механизмов, так как, не имея сведений о движении флота и транспортов неприятеля, приходилось все время крейсировать, разыскивая транспорты броненосным флотом».

Приказом начальника Морского штаба Верховного главнокомандующего от 1 (14) января 1917 г. № 1 вводится в действие новое «Положение.», касающееся структуры и деятельности штабов флотов. Утверждение новых, изрядно увеличенных штатов повлекло за собой рост численности штабов флотов и расширение их структуры. В состав штаба теперь входили: