Третий этап развития флотской разведки связан с устранением кризиса в управлении, которым были поражены как военно-морской флот, так и все органы власти России.

В 1904 г. в России был принят План военной реформы, рассчитанный на 1905–1912 гг. Видовой составляющей плана стала модернизация системы управления военно-морскими силами.

В 1905 г. в Петербурге при Морской академии по инициативе группы молодых офицеров, среди которых был и будущий адмирал, но тогда еще старший лейтенант

Александр Васильевич Колчак, с разрешения Морского министерства и его Главного морского штаба на добровольных началах создается военно-морской кружок. В состав добровольцев входили Щеглов, Римский-Корсаков, Пилкин и многие другие прогрессивные офицеры, пережившие трагедию российского флота в Русско-японской войне и поставившие своей целью его возрождение. Руководителем этого кружка вскоре стал Александр Колчак.

10 декабря 1905 г. члены военно-морского кружка направили морскому министру докладную записку, подписанную старшим лейтенантом А.В. Колчаком, лейтенантом А.Н. Щегловым и другими, в которой весьма убедительно обосновывалась необходимость создания в России Морского Генерального штаба (МГШ) как высшего органа оперативно-стратегического управления российским флотом. Морской министр, согласившись с аргументацией кружковцев, доложил о сути их предложений царю вместе с разработанным ими проектом организации МГШ. Николаю II понравились доводы молодых офицеров флота.

В конечном итоге 24 апреля (7 мая) 1906 г. в России был создан Морской Генеральный штаб (генмор — в неофициальном обиходе) с одновременной ликвидацией оперативного отделения в составе Главного морского штаба. Основными задачами Морского Генерального штаба были:

— обработка информации о силах возможных противников;

— составление программ развития российских морских сил;

— составление планов войны и мобилизации флота;

— подготовка флотов и морских театров военных действий к войне;

— руководство морскими агентами (атташе) за границей;

— руководство деятельностью Курса военно-морских наук в Николаевской Морской академии.

После критического изучения печального опыта управленческой деятельности в период Русско-японской войны (этим вопросом занимался заведующий 1-м («Балтийским») отделением оперативной части генмора старший лейтенант М.И. Смирнов — в те времена на флоте офицер получал воинское звание старший лейтенант через 8–9 лет офицерской службы) был разработан проект Положения о начальниках морских сил, который 18 июня (1 июля) 1908 г., по представлению морского министра генерал-адъютанта адмирала И.М. Дикова, получил высочайшее утверждение.

Стержневая идея документа: начальник, который будет командовать флотом во время войны, обязан его готовить к ней и в мирное время. До этого существовала архаичная практика командования флотскими силами «с берега» через начальника Главного морского штаба, который по цепочке подчиненности «рулил» главными командирами

флота (командующими флотами), портов и «отдельно командующими» флагманов (начальниками отрядов судов).

Новым должностным лицам, подчиненным непосредственно руководителю морского ведомства, «вверялось управление военно-морскими силами в Балтийском море, в Черном море и в Тихом океане». Посты начальников морских сил (наморси) заняли контрадмиралы Н.О. фон Эссен (Балтика), И.Ф. Бострем (Черное море), И.П. Успенский (Тихий океан).

Штаб наморси объявлялся «органом начальника морских сил по содержанию сведений о состоянии морских сил, по разработке указаний начальника морских сил… по передаче распоряжений начальника морских сил и по содержанию сведений о состоянии личного состава и материальной части». Штаб состоял из двух отделений: оперативного и распорядительного. Первыми начальниками штабов наморси стали: на Балтийском море капитан 1-го ранга К.В. Стеценко, на Черном море — капитан 1-го ранга А.Н. Мязговский.

23 ноября (6 декабря) 1909 г. приказом по флоту и морскому ведомству № 311 вводится в действие новое положение, согласно которому штат штаба был существенно увеличен.

В его состав вошли:

— оперативная часть;

— распорядительная часть;

— флаг-офицеры;

— флагманские специалисты;

— начальник службы связи;

— благочинный (священник).

Первым начальником Морского Генерального штаба (МГШ) стал бывший командир крейсера «Громобой» капитан 1-го ранга Л.А. Брусилов. Первоначально его штат состоял из 15 офицеров. В новую структуру входил и специальный информационно-статистический орган, занимающийся ведением агентурной разведки. В 1906–1917 гг. в результате изменений в штате штаба (довольно-таки многочисленных для 11-летнего периода) в разное время агентурное подразделение именовалось как:

— иностранное отделение военно-статистического отдела;

— отделение иностранной статистики МГШ;

— иностранная часть МГШ;

— иностранный отдел статистической части (в своем составе имел Центральное бюро, занимающееся анализом информации и докладом ее командованию);

— иностранный отдел статистического отделения;

— иностранный отдел МГШ.

До мая 1914 г. эти органы занимались как агентурной разведкой, так и информационно-учетной работой, а также координацией действий военно-морских агентов (атташе), анализом и дешифровкой кодированной информации, цензурой и контрразведкой.

После Русско-японской войны военно-морские агенты стали активно участвовать в организации и работе тайной агентурной разведки МГШ. Значительная роль принадлежала им в вопросах оценки военно-политической обстановки и в организации военно-технической разведки. В этих вопросах заметных успехов добились Г.А. Беренс в Германии, А.Н. Щеглов в Турции, П.Ф. Келлер в Скандинавских странах. Усиление контрразведывательного режима в странах пребывания и начавшаяся война заставили военно-морских агентов искать новые подходы в организации своей работы, а всю разведку — искать пути повышения эффективности, в том числе через улучшение взаимодействия разведывательных структур внутри империи.

Наибольших успехов флотские разведчики добились в организации совместной работы с Главным управлением Генерального штаба.

До 1912 г. при МГШ штатной части агентурной разведки не было. Ге функции выполняло внештатное объединенное Секретное бюро. Так как структура и задачи подразделений Морского Г енерального штаба большой тайной для его служащих не являлись, то указанное бюро было «крышевым прикрытием» агентурного органа, непосредственно занимающегося вопросами организации тайной агентурной разведки и обработкой добытой разведывательной информации, взаимодействия с Разведывательным делопроизводством ГУГШ, решающим аналогичные проблемы. Секретное бюро находилось в штате части агентурной разведки, замыкающейся организационно на армейский Генеральный штаб (в Разведывательном центре ГШ). Это подразделение имело двойное подчинение: административное — командиру сухопутной части, оперативное — иностранной части МГШ. Его личный состав комплектовался морскими офицерами, имел флотские воинские звания.