Полиция и СД сами проводили разведку партизан и предпринимали самостоятельные акции по уничтожению небольших партизанских групп. Однако крупные операции им предписывалось осуществлять только по взаимной договоренности с армией, при ее планировании и под ее руководством. При этом все добытые разведсведения должны были поступать в специально созданную центральную инстанцию, а 14 ноября 1941 года офицеру абвера при штабе 11-й армии майору Генерального штаба Ризену поручили осуществлять общее руководство в борьбе с партизанами в зоне ответственности армии (NOKW 2893).

Ему подчинили все разведывательные силы, включая СД, а после выявления опорных баз партизан его задачей являлся вызов необходимых воинских частей, планирование и руководство операциями по их уничтожению. Ведь в Крыму командованию тоже стало понятно, что решение задач борьбы с партизанами должно было находиться в компетенции армейских штабов.

После того как командующий 11-й армией вермахта пришел к такому выводу, он начал действовать последовательно. 29 ноября 1941 года генерал-фельдмаршал фон Манштейн издал специальный приказ по организации и ведению борьбы с партизанами, в котором создал антипартизанский штаб в Симферополе под руководством офицера оперативного управления Генерального штаба майора Штефануса. И хотя за офицером абвера майором Ризеном сохранялась задача по обработке поступавших разведывательных данных, с созданием этого штаба во главе с офицером оперативного управления Генерального штаба борьба с партизанами приобрела централизованный оперативный характер.

В своем приказе по армии фон Манштейн обязал все воинские части участвовать в борьбе с партизанами и наделил начальника антипартизанского штаба широкими полномочиями, предоставив ему право в случае необходимости действовать оперативно и, если речь шла о небольших операциях, отдавать приказы от имени командующего. При этом сам штаб, наряду с майором, состоял из одного лейтенанта и офицера разведки. Однако в его распоряжении находились все солдаты со знанием русского языка, а дивизиям, кроме того, было предписано выделить ему как минимум по два солдата, знающих русский язык, которых предполагалось использовать как переводчиков формировавшихся эйнзацкоманд.

Особой задачей штаба являлось разжигание антипартизанских настроений среди населения и укрепление в сознании местных жителей мысли о том, что борьба немецких войск с партизанами осуществляется не в последнюю очередь в их интересах, поскольку это в конечном итоге должно было привести к нормализации жизненных условий населения. Причем в первую очередь при этом планировалось использовать враждебность мусульман, прежде всего татар, в отношении большевизма.

Такой настрой населения Крыма был положен даже в основу планирования операций против партизан. Одновременно предполагалось предотвращать проявление любых слабостей германского вермахта, которые могли бы способствовать росту самоуверенности партизан и уважения к ним со стороны местных жителей. Поэтому все антипартизанские операции проводились с подчеркнутым упорством.

После оккупации полуострова в нем, так же как и на других захваченных территориях, было немедленно введено ограничение передвижения населения по дорогам, которому наиболее важные для своего обеспечения необходимой продукцией пути подвоза разрешалось использовать лишь в строго определенное время. При этом любая поддержка жителями партизан, в том числе и оказанная под их давлением, должна была караться самым суровым образом, включая расстрелы заложников и сожжение целых селений. Еще 25 октября 1941 года штабом 11-й армии была выпущена специальная инструкция, в которой содержались такие слова: «Население должно больше бояться наших мер возмездия, чем партизан» (NOKW 502).

Немалую проблему составляла и утилизация оставленного на полях сражений оружия. Его необходимо было собрать до того момента, когда им могли бы воспользоваться партизаны. С целью привлечь население к сбору такого вооружения и сдаче его немецким властям, штаб 11-й армии распоряжением от 14 ноября 1941 года ввел систему вознаграждения местных жителей, согласно которой за каждую сданную винтовку выплачивалось 50 рублей, за ручной пулемет – 100 рублей, а за станковый пулемет – 150 рублей или соответствующий эквивалент из немецких трофеев (NOKW 2893).

Как и в других оккупированных областях, очень скоро настоящим бичом в Крыму стало пренебрежение немцев мерами безопасности. Сами того не осознавая, германские инстанции неоднократно оказывали помощь партизанским связным. Они нередко находили поддержку и у немецких солдат, которые, как следует из доклада начальника контрразведки 42-го армейского корпуса № 1247/41 от 10 декабря 1941 года, с охотой подвозили их на армейских машинах (NOKW 1584).

Вместе с тем стоит отметить, что антипартизанский штаб разработал и новшества, порекомендовав напрямую обращаться к партизанам с призывами к добровольной сдаче. Им обещали, что в случае явки они будут отпущены и даже вознаграждены, если принесут с собой замки от своего оружия. Во всяком случае, именно такая рекомендация содержалась в распоряжении командира 30-го армейского корпуса № 744/41 от 21 ноября 1941 года (NOKW 2419).

Правда, освобождение таких партизан из-под стражи, согласно уже упоминавшейся специальной инструкции штаба 11-й армии от 25 октября 1941 года, было возможно, только если они представят поручителя и согласятся ежедневно являться для контроля в немецкую комендатуру. А вот партизанам из числа гражданских лиц, схваченным во время боя, грозила казнь через повешение.

В той же инструкции предписывалось: «…Захваченных партизан следует вешать всех до единого и прикреплять к ним табличку со словами: „Это партизан, отказавшийся от добровольной явки“» (NOKW 502).

В отношении же присоединившихся к партизанам солдат сохранялась возможность обхождения с ними как с военнопленными, если они согласятся на сотрудничество.

После успешной десантной операции Красной армии под Феодосией и Керчью 29 декабря 1941 года в ночь с 4 на 5 января 1942 года последовала высадка советских войск между Евпаторией и Саки. Она явилась первой крупной советской войсковой операцией, проведенной в тесной связи с крупными партизанскими отрядами.

Десантники в количестве 1200 человек, высадившиеся на берег с трех противолодочных кораблей и 200 рыболовных катеров, действовали при поддержке 900 партизан и солдат советских воздушно-десантных войск. Защитники же города из числа его жителей и небольшой немецкий гарнизон были смяты при первой атаке, и при помощи местных граждан, пришедших в восторг при появлении советских подразделений, город был взят в течение тридцати минут. Но уже через несколько дней, согласно телеграмме 11-й армии командующему группой армий «Юг» от 8 января 1942 года, немецкая армия подтянула резервы и, разбив десант, вновь овладела Евпаторией (NOKW 1310).

Поскольку захваченные советские планы наступления свидетельствовали о тщательной разведывательной работе со стороны местных граждан, проведенной накануне десанта, штаб 11-й армии в качестве карательной меры посчитал себя вправе за единодушную поддержку Красной армии расстрелять по законам военного времени 1306 мужчин, которые оказались партизанами или их пособниками. В телеграмме штаба 11-й армии командующему группой армий «Юг» от 9 января 1942 года по этому поводу докладывалось: «Евпатория: 400 убитых. 203 пленных красноармейцев. По законам военного времени расстреляны 1306 партизан и гражданских лиц, участвовавших в боях» (NOKW 3110).