Рыцари, которых было всего несколько сотен, бились насмерть за форт против следовавших одна за другой волн атакующего противника, многократно превосходящего их численностью. Угроза захвата нависла над фортом, когда в руки турок попал равелин, или внешнее укрепление, после чего последовал штурм самого форта, первый в череде последующих кровавых схваток. Янычары волна за волной продвигались вперед под призывы фанатичных дервишей и столпились на мосту через ров, ведя обстрел через решетку крепостных ворот или карабкаясь на стены форта по осадным лестницам. В своих просторных летящих одеждах они были в буквальном смысле превращены в факелы, когда христиане обрушили сверху на их головы «греческий огонь».

Их тяжелые потери тем не менее компенсировались захватом равелина, который турки спешили сделать неприступным, доминирующим не только над стенами, которые они собирались вскоре превратить в руины, но и над внутренней частью самого форта. Теперь им казалось, что падение Сент-Эльма вопрос всего лишь нескольких дней. В действительности форт продержался больше месяца: турки, исполненные фанатизма и готовые умереть за дело ислама, недооценили такой же дух фанатизма в христианских рыцарях, тоже «святых воинах» и так же готовых умереть, подчиняясь своим рыцарским клятвам, за Иисуса Христа. Как предписал им Великий магистр, они должны сражаться вместе с ним до последнего человека и до последнего камня своего города. Обстрелы стали настолько сильными, что сотрясали Сент-Эльм «подобно кораблю в шторм». Но благодаря умелому и постоянному ответному огню рыцарей атаки отбивались одна за другой с тяжелыми потерями для турок.

Драгут, правильно оценив причину своей неудачи, разработал вместе с Мустафой план дополнительных осадных работ. Когда он наблюдал за ними, стоя во весь рост и отчетливо выделяясь в зоне досягаемости огня христиан, орудийное ядро, пролетевшее со стороны форта Святого Анджело, раскололось рядом с ним, разметав вокруг зазубренные осколки камня. Один из них ударил Драгута в голову, и он упал, очевидно замертво. Опасаясь, как бы весть о смертельной ране их предводителя не подорвала моральный дух людей, Мустафа накрыл Драгута плащом и велел отнести его в штаб-квартиру. На самом деле Драгут прожил, находясь в состоянии постоянного бреда, еще достаточно долго, чтобы услышать, накануне Дня святого Иоанна, весть о падении Сент-Эльма после самой последней кровопролитной схватки. После этого он, так гласит летопись, «знаками показал свою радость и, подняв глаза к небесам как бы в благодарность за милость, тотчас испустил дух».

Только девять рыцарей Святого Иоанна было найдено в крепости живыми. Турки потеряли много тысяч своих людей. Подсчитывая, во что обошлось падение крепости, Мустафа смотрел с ее разрушенных стен на все еще невредимые бастионы форта Святого Анджело, которые грозно возвышались на противоположном берегу Большой гавани. Взывая к своему Богу, он воскликнул: «Если этот маленький сын стоит так дорого, сколько же мы заплатим за отца?»

И Мустафа, помня о прецеденте со сдачей Родоса, предложил рыцарям свои условия. Презрительный ответ Великого магистра заключал предложение ему рва у подножия укреплений Иль-Бурго, если он заполнит его телами янычар. Взбешенный оскорблением Мустафа, подобно Мехмеду Завоевателю в Стамбуле, перебросил по суше из Средней гавани в Большую флот из восьмидесяти галер. Там во взаимодействии со своей армией со стороны суши он подготовился одновременно осадить две твердыни — Иль-Бурго и Сенглию — соответственно с фортами Святого Анджело и Святого Михаила.

В качестве защиты со стороны моря небольшая бухта между двумя укрепленными мысами была перекрыта рыцарями с помощью бонового заграждения. Турки послали туда саперов с топорами, чтобы разрушить его. Погрузившись в воду, те оказались втянутыми в рукопашные схватки с «боевыми пловцами» — мальтийцами, вооруженными в буквальном смысле до зубов — кинжалы и ножи они держали зажатыми в зубах. Эти сыны моря, находящиеся в естественной для себя среде, вступили в неистовую схватку с врагом и сохранили бон в целости.

Тогда турки предприняли серию штурмов, нацеленных на различные укрепленные пункты Большой гавани Мальты, которые с небольшими перерывами продолжались почти два месяца. Они применяли изощренную тактику и проявляли непреклонную решимость, но по-прежнему без решающего успеха и все так же несли потери, намного превосходившие потери христиан. Рыцари в смертельной схватке оставались несгибаемыми. Их гарнизон, хотя его моральный дух оставался высоким, тем не менее испытывал сильное давление. Но то же самое можно было отнести, хотя, быть может, и в меньшей степени, и к осаждавшим, корабли поддержки которых перехватывали христианские корсары. У них началась нехватка продовольствия и боеприпасов. К тому же они, не имея такой медицинской службы, как у рыцарей-госпитальеров, страдали от лихорадки и дизентерии, страшась вспышки чумы. Моральный дух турецкой армии стал падать, горевший в их сердцах огонь затухал. Кроме того, шел уже сентябрь, погода ухудшалась. Эта перспектива послужила новым источником конфликта между сухопутными и морскими командующими.

Мустафа-паша был готов при необходимости провести на острове всю зиму, надеясь взять гарнизоны христиан измором и занять старую столицу Мдину в качестве базы для своих войск. Но Пиале-паша, доказывая, как и раньше, что флот значит больше, чем армия, настаивал, что не будет подвергать свои корабли риску пребывания в этих отдаленных мальтийских водах без надлежащей якорной стоянки, средств поддержки и ремонта, дольше чем до середины сентября. Теперь с ними не было Драгута, чтобы уладить разногласия.

Ситуация неожиданно разрешилась, к большой радости рыцарей, прибытием христианского флота с Сицилии с вооруженным отрядом численностью около десяти тысяч человек под командованием дона Гарсии де Толедо, преемника Андреа Дориа в качестве имперского командующего на Средиземноморье. Флот проследовал мимо форта Святого Анджело, произведя трехзалповый салют. Пиале-паша, который не сделал попытки перехватить его, теперь был полон готовности уйти и не предпринял никаких шагов, чтобы атаковать. Христианская армия, таким образом, высадилась на берег без помех в северной части острова. Мустафа немедленно снял осаду и отдал приказ об эвакуации с Мальты. Его лагерь был уничтожен, орудия сняты с позиций и переправлены на корабли, войска погружены.

Затем он понял, что прибывшее подкрепление было намного меньше, чем его заставили поверить (ловким маневром Великого магистра). Он немедленно высадил войска на берег, чтобы вновь вернуться к боевым действиям. Но только солдаты были уже деморализованы и не хотели больше сражаться на Мальтийской земле. Атакованные отрядом внушавшей страх, хорошо обученной испанской пехоты, турки дрогнули и побежали. После отчаянных рукопашных схваток на берегу войска турок снова погрузились, понеся потери, на корабли, которые отошли к северу, чтобы ожидать войска в укрытии залива Святого Павла.

Вскоре турецкая армада уже плыла прочь на восток, начав тысячемильный переход к Босфору. Уцелело не больше четверти ее общего состава. Опасаясь приема, который им окажет султан, оба турецких командира приняли меры предосторожности, выслав впереди себя с депешами быстроходную галеру, чтобы сообщить новости и дать гневу султана время остыть. Достигнув территориальных вод, они получили приказ, чтобы флот ни в коем случае не заходил в гавань Стамбула до наступления темноты. Сулейман действительно был взбешен новостью о втором бесславном поражении от рук христиан. В свое время после отступления из Вены он нашел способ сохранить лицо. Но в случае с Мальтой унизительный факт, что турки получили решительный отпор, невозможно было скрыть. Это стало началом конца попыток султана установить османское господство над Средиземноморьем.