Грабарь всегда очень тщательно выбирал сюжеты для своих картин. Он любил изображать на переднем плане деревья и растения. Такова уже упомянутая «Февральская лазурь» и картина «Золотые листья» (1901, Башкирский художественный музей им. М. В. Нестерова, Уфа), где главным предметом изображения становятся золотые листья, сквозь которые виден дом.

Важное место в творчестве Грабаря занимали натюрморты, включающие в себя элементы таких жанров, как пейзаж и интерьер («Хризантемы», 1905, Третьяковская галерея, Москва; «Дельфиниум», 1908, Русский музей, Санкт-Петербург). Помимо живописи, Грабарь занимался критической и исследовательской деятельностью. Иногда он на длительное время оставлял работу над картинами, но через несколько лет вновь возвращался к ним.

В 1920–1930-е годы Игорь Эммануилович создал множество портретов, изображающих ученых, музыкантов, а также его родных и друзей («Портрет С. С. Прокофьева», 1934, Третьяковская галерея, Москва; «Портрет М. И. Грабаря, сына художника», 1935).

К 1940–1950-м годам относится серия восхитительных пейзажей, показывающих природу Подмосковья («Березовая аллея», 1940; «Зимний пейзаж», 1954, оба – в Третьяковской галерее, Москва).