Пять коллегий размещались в Амстердаме, южной Голландии (Роттердам), северном районе (совместно в Хорне и Энкхёйзене), Зеландии (Мидделбург) и Фрисландии (Доккум). Все устья, точки входа на суше и на воде, все дороги в Республике находились под юрисдикцией какой-либо из пяти коллегий, которые обслуживали таможенные посты, речные канонерские лодки на внутренних границах и на берегах. Поручение управления военно-морским флотом и таможней пяти коллегиям в некоторых отношениях означало, что у Республики было пять отдельных управлений военно-морским флотом и таможней. Каждая назначала своих собственных адмиралов и капитанов и нанимала своих моряков. Каждая содержала свои собственные верфи, арсеналы и склады и вела свои собственные учёты. Каждая имела свои флаги и гербы, хотя флаги ясно показывали, что коллегии были органами Генералитета, а не провинций.

Провинциальный и местный партикуляризм влиял на функционирование адмиралтейских коллегий, и иногда между их действиями возникали серьёзные несоответствия. Тем не менее в главных вопросах это были органы Генералитета, а не провинциальные или местные органы. Именно Генералитет устанавливал тарифы, военно-морскую политику и наблюдал за работой коллегий. Для того чтобы усилить их федеральный характер, указания 1597 г. закрепили состав коллегий. Самая важная коллегия, находящаяся в Амстердаме, состояла из 12 делегатов — половина была голландцами, половина — неголландцами. В Голландской половине было по одному делегату из Амстердама, рыцарства, Харлема, Лейдена, Гауды и Эдама. Коллегия Роттердама тоже состояла из 12 делегатов, на этот раз 7 голландцев и 5 неголландцев. В неголландской части было по одному делегату из Зеландии, Гелдерланда, Утрехта, Фрисландии и Оверэйссела; в голландской — по одному из Роттердама, рыцарства, Дордрехта, Делфта, Схидама, Горинхема и Бриля — все из южной Голландии. Коллегия северного района состояла из 11 делегатов — 6 голландцев и 5 неголландцев, в последнем было по одному делегату из Зеландии, Утрехта, Фрисландии, Гелдерланда и Оверэйссела. Коллегия Зеландии, единственная в большинстве своём имеющая провинциальный характер, состояла из 9 зеландцев и 3 незеландцев, в последнем — по одному из Амстердама, южной Голландии и Утрехта. Коллегия Фрисландии, напротив, состояла из 4 фризов и 6 нефризов, во второй половине было 2 делегата из Гронингена (один из Оммеландов, другой из города), и по одному из Голландии, Утрехта, Гелдерланда и Оверэйссела.

Помимо регентов-членов совета, каждая адмиралтейская коллегия состояла из значительного количества административных сотрудников, нанятых Генералитетом. Сюда входили получатель, секретарь, клерки, мастер по аукционам для трофеев и захваченных товаров, специалисты по арсеналу и снаряжению, старшее судебное должностное лицо и его помощники, курьеры и судебные приставы. Кроме этого, у каждого таможенного поста был свой начальник или специалист по конвою и штат должностных лиц для проверки кораблей, речных барж и повозок. В 1600 г. в Республике было 67 таких таможенных постов, чьё количество выросло до 91 в 1650 г. и 127 в 1700 г.

Одной из главных функций Генералитета было администрирование так называемых земель Генералитета. Эти территории, которые к 1648 г. включали в себя почти треть территорий Республики, состояли из четырёх частей — штатов Фландрии, штатов Брабанта, Маастрихта и Овермааса (захвачены в 1632 г.) и Ведде-Вестерволде. В 1713 г. сюда также была добавлена пятая — штаты верхнего Гелдерланда (Рурмонд и Венло). Но до захвата Хертогенбоса в 1629 г. (см. карту 10) земли Генералитета имели сравнительно малую территорию, с фрагментами штатов Брабанта, после 1648 г. уже включёнными в Республику. Хотя чтобы исправить это, в 1597–1605 гг. округ Линген тоже присоединили к Генеральным землям.

На этой территории были не отдельные провинции, но Генералитет, который формально был руководителем вместо лишённого этой собственности короля Испании. Хотя и изначально власть Генералитета, как чего-то отдельного от независимых провинций, управляющих своими землями от лица Генералитета, была больше теоретической, чем реальной. Отсутствие какой-либо эффективной проверки того, какое влияние оказывают соседние провинции, позволило Зеландии властвовать над штатами Фландрии и до определённой степени в Берген-оп-Зоме, штатах Брабанта; Голландии удерживать власть над северными границами штатов Брабанта; и Фрисландии — над Ведде и Вестерволде. Только постепенно в течение 1590-х гг. Олденбарневельту и штатам Голландии удалось создать реальное правительство Генералитета, управляемое Государственным советом из Гааги, которое было способно сдерживать влияние меньших провинций в их сферах влияния. Ключевым шагом была передача управления крепостями в Ведде и Вестерволеде напрямую Государственному совету в 1596 г.

Тем не менее Генералитет не всегда успешно справлялся с работой в землях Генералитета, и некоторые несоответствия и остаточные признаки ситуации до 1590-х гг. оставались вплоть до распада Республики Соединённых провинций в 1795 г. Например, в штатах Фландрии замена власти штатов Зеландии на власть Генеральных штатов и Государственного совета распространилась далее на главный орган штатов Фландрии, кроме пяти гарнизонов так называемого «коммитимус» (committimus) — Акселя, Тернёзена, Бирвлита и двух речных укреплений на Шельде под Антверпеном — Лилло и Ливкенсхук. В большей части штатов Фландрии (в 1591–1596 гг., атак же снова после 1645 г.) бургомистры и магистраты в таких городах, как в Слёйс, Арденбург, Эйзендийк и Хюлст, не только подтверждались или менялись каждый год делегатами Генеральных штатов, но и все аспекты управления контролировались и проверялись Гаагой. Многие бальи региона, включая «верховного бальи» юрисдикции, известного как «Vrije van Sluis», который включал остров Кадзанд, назначались на пост Генеральными штатами на пожизненный срок. Во главе судебной администрации штатов Фландрии стоял так называемый Совет Фландрии (Raad van Vlaanderen), который находился в Мидделбурге. Это был высший суд, изначально состоящий из шести магистратов, который занимался крупными случаями, спорами и обращениями, возникавшими в штатах Фландрии. Зарплаты этим членам совета выделялись Генералитетом из налогов, собранных в штатах Фландрии. В большей части штатов Фландрии, так же как и в большей части земель Генералитета, налоги не только взимались во имя Генеральных штатов, но и собирали их служащие Генералитета, нанятые Государственным советом. Гарнизоны тоже управлялись и оплачивались Государственным советом, так же как и проповедники-реформаторы, и школьные учителя.

Напротив, в пяти точках «коммитимуса», штаты Зеландии на основании временного разрешения Государственного совета 1588 года и просьбой этих мест составлять в «бастион Зеландии» настаивали на управлении гарнизонами напрямую и собственной ответственности за сбор налогов, хотя и от имени Генеральных штатов. Остальные провинции оспаривали этот выход множество раз в течение XVII в., но ситуация в целом оставалась неизменной. Тем не менее бальи (в Тернёзене) назначался Генеральными штатами, и магистраты города оставлялись на пост или менялись каждый год представителями Генеральных штатов. Реформатским проповедникам тоже платил Генералитет.

Изначально в штатах Брабанта ситуация была далеко не ясной. Так как не только штаты Зеландии, Голландии и Гелдерланда желали усилить своё влияние во многих районах, но также существовало соперничество за влияние между штатгальтером Морицем с одной стороны и его старшим сводным братом католиком Филиппом-Вильгельмом (1554–1618 гг.) — с другой. Хотя Филипп-Вильгельм оставался в Испании до 1596 г. (затем он вернулся на юг Нидерландов), нельзя было отрицать тот факт, что он был законным принцем Оранским — поэтому английские члены Государственного совета всегда обращались к штатгальтеру как «граф Мориц», пока не умер Филипп-Вильгельм в 1618 г. В Республике его интересы энергично защищала его сестра Мария Нассауская, которая была еще одним выжившим ребенком Вильгельма Молчаливого от первого брака. Несмотря на сложности в 1590-х гг. Олденбарневельту и штатам Голландии удалось расширить власть Генералитета, в частности посредством передачи контроля за фиксированными гарнизонами и финансовым режимом в руки Государственного совета. В 1591 г. они также передали власть назначать магистратов в Совете Брабанта (Raad van Brabant), от штатгальтера Генеральным штатам. Но главенствующие права Оранской династии оставались непоколебимыми, не в последнюю очередь в вотчине и городе Бреда, и непрекращающиеся разногласия между Морицем и его старшим сводным братом и сестрой, хотя и в некоторых отношениях ослабили позицию Морица, также принесли трудности Генеральным штатам. Олденбарневельт и голландские регенты оказались меж двух огней. С одной стороны им было необходимо не обижать Морица, но с другой стороны требовалось предотвратить расширение его власти в ущерб Генералитету.