Стараясь балансировать между этих двух сторон, Генеральные штаты назначили Морица «управляющим» наследием Вильгельма Молчаливого и «первым дворянином» штатов Брабанта, но в то же самое время ни в коей мере не отменили требований Вильгельма и Марии. Также регенты Голландии не желали воплотить в жизнь желание Морица о том, что штаты Брабанта должны стать голосующей провинцией в Генеральных штатах, так как это одним ударом сильно ослабило бы власть Генералитета и усилило власть Оранской династии. Поэтому прошения о принятии этого изменения в статусе штатов Брабанта, поданные Берген-оп-Зомом в 15871588 гг., Берген-оп-Зомом вместе с Бредой в 1596 г., и двумя этими городами вместе с Граве и Виллемстадом в 1607–1608 гг. и спонсируемые Морицем, были твёрдо отклонены голландскими регентами. Тем не менее Генеральные штаты не оспаривали право принца Оранского назначать бургомистров и магистратов городов, владыкой которых он был, а также назначать дроста Бреды. В течение многих лет с 1590 г., когда он захватил Бреду и Стенберген, Мориц назначал людей на эти посты. Тем не менее в 1606 г. Филлип-Вильгельм был признан Республикой как владыка Бреды и Стенбергена, и за ним признавалось право назначать людей на эти посты, если, как подчеркивал Олденбарневельт, он будет пользоваться этим правом во имя поддержки «Унии и реформатской церкви». Филипп-Вильгельм должным образом провел торжественный въезд в свой город Бреда в июле 1610 г., и с этого момента и до своей смерти регулярно назначал магистратов в своем владении. Хотя он и возобновил католические службы в замке в Бреде, он не пытался оспаривать господство реформатской церкви в городе. Однако когда в 1613 г. умер дрост, он попытался поставить на его место католика, шаг, с которым Генеральные штаты решительно отказались соглашаться. Католический преемник Вильгельма Молчаливого, как принца Оранского, был обязан Генералитетом выбирать дроста только из последователей реформатской церкви.

Подобные эпизоды демонстрировали, что Генералитет имел высшую власть в Бреде и штатах Брабанта, несмотря на обширные права и силы Оранской династии, осуществляющей свою власть через гарнизоны и военных губернаторов. Военный губернатор Бреды Юстин Нассауский, незаконнорожденный сводный брат Филиппа-Вильгельма и Морица, никогда не давал усомниться в своей верности Генеральным штатам. В Берген-оп-Зоме, Граве и Виллемстаде ситуация была аналогичной. В то время как в действиях штатов Брабанта был конфликт интересов за власть и решения не всегда были чёткими, в течение 1590-х гг. могущество Генеральных штатов и их административного органа, Государственного совета, стало неоспоримым. Это означало, что, в конечном счёте, всё контролировали их движущие силы — Олденбарневельт и штаты Голландии.

В теории Генеральные штаты, заняв место короля Испании как правителя штатов Брабанта и Фландрии, были обязаны соблюдать те же самые лимиты власти, каких поклялся придерживаться габсбургский монарх. Среди многого другого это предполагало, что у Генералитета не было прав взимать налоги, не согласованные со штатами Брабанта и Фландрии. Генеральные штаты обошли это препятствие, указав на то, что эти провинции, вступив в члены Генеральной Унии, одобрили принцип «генеральных доходов» в 1583 г. Города штатов Брабанта возражали, что согласие 1583 г. не распространялось на согласие с большими повышениями налогов, вводимыми Генералитетом с этой даты, но такие возражения обычно игнорировались.

Завладев Гелдерандом в 1543 г., Карл V создал прецедент группирования провинций Нидерландов, находящихся на севере от рек, под властью трёх штатгальтеров. Таким образом, северные Нидерланды были намеренно разделены на 3 отдельные относительно военного командования, покровительства, закона и порядка блока. Назначая трёх штатгальтеров на север, Император предотвратил становление любой из провинций чрезмерно могущественной.

После 1572 г. роль штатов провинций заметно усилилась, но это не означало, что штатгальтеры теряли свою прежнюю важность. С 1572 по 1576 гг. в бунтующих Нидерландах был только один штатгальтер — Вильгельм Молчаливый, но он был главенствующей фигурой режима. Позже Генеральные штаты в Брабанте назначили Ренненберга штатгальтером Фрисландии, Гронингена и Оверэйссела, в то время как Иоганн Нассауский стал штатгальтером Гелдерланда, так что в северных провинциях снова было три штатгальтера. Все же в одном отношении Утрехтская Уния расширила власть штатгальтеров. Так как больше не было короля, чтобы посредничать между провинциями, провинции согласились, что «их разногласия должны временно относиться и отправляться на рассмотрение к настоящим штатгальтерам провинций, которые их урегулируют или по своему усмотрению вынесут свое решение по поводу этих разногласий.

После отступничества Ренненберга штатгальтером самых северных провинций стал Вильгельм Молчаливый, но после его убийства провинции возобновили традицию назначения трёх разных штатгальтеров. ВильгельмЛюдвиг, штатгальтер-заместитель Вильгельма Молчаливого во Фрисландии, был провозглашён штатгальтером Фрисландии и Оммеландов, Мориц стал штатгальтером Голландии и Зеландии, в то время как штатгальтером Утрехта, Гелдерланда и Оверэйссела был назначен немецкий кальвинист граф Адольф фон Нойенар (1583–1589 гг.). Важность штатгальтеров была признана договором в Нонсуче, в котором обговаривалось, что губернаторы должны назначаться Государственным советом, бывшим в то время исполнительным органом Генералитета. Английская королева не признавала ни Генералитет, ни провинции, как независимые регионы северных Нидерландов, продолжая видеть Филиппа II законным повелителем. Она предпочитала считать Генералитет чем-то вроде доверенного лица для короля, и так как она действовала через Генеральные штаты, её желанием было, чтобы назначение штатгальтеров оставалось функцией Генералитета. Тем не менее Голландия возражала против этого, потому что «граф Мориц и другие губернаторы получали свои полномочия от штатов провинций, в которых они были штатгальтерами, и так как провинции были, как правители, преемниками короля Испании, полномочия Морица должны остаться в силе и в будущем провинции сами должны назначать штатгальтеров».

Хотя Лестер и не оспаривал назначение Морица на пост штатгальтера Голландии и Зеландии, он также не отказывался от принципа, что штатгальтеры должны назначаться Генералитетом, а не отдельными провинциями. Как и Ренненберг и Нойенар в своих провинциях, Вильгельм-Людвиг получил свои полномочия штатгальтера Фрисландии от Генеральных штатов, а не штатов провинции. Лестер тоже подтвердил эти полномочия, хотя Карел Рорд и его последователи убеждали, что Фрисландия была не менее суверенной, чем Голландия и что полномочия Вильгельма-Людвига от Генералитета должны быть переизданы от имени штатов провинции.

После отъезда Лестера штатгальтеров всё ещё было три, но оставалось неясно, принадлежало ли право назначения будущих штатгальтеров Генералитету или штатам провинций. Более того, следование системе трёх штатгальтеров, безусловно, дезориентировало военное командование, как этого и хотел Карл V, но что было едва уместно в существующей на тот момент ситуации. Смерть Нойенара в октябре 1589 г. предоставила возможность сделать Республику более сплоченной, а также расширить влияние Голландии, посредством назначения трёх провинций Нойенара — Утрехта, Оверэйссела и Гелдерланда, под руководство штатгальтера Голландии и Зеландии. Но штаты Фрисландии тоже увидели эту возможность и отправили делегацию в Оверэйссел, чтобы попытаться убедить местные штаты возобновить традицию времен Габсбургов и Ренненберга, и выбрать штатгальтера Фрисландии, а не Голландии. Однако Оверэйссел был более заинтересован в сохранении помощи Голландии, чтобы выгнать фризов из Хасселта и Стенвийка, чем в объединении с Фрисландией против Голландии. Поэтому Оверэйссел, как и Утрехт назначили штатгальтером Морица. Хотя и в обоих случаях выбор был одобрен и провозглашён Генералитетом, оставляя нерешённым конституционный вопрос.