В середине XVI в. Европа оказалась в центре политических потрясений, которые имели далекоидущие последствия. Эти события причинили Ганзе серьезный вред. В конце XV в. наступление русских на Балтике было остановлено ливонским отделением Тевтонского ордена. Падение Новгорода принесло процветание ливонским городам, к которым перешла основная часть новгородской торговли с Западом. Однако 50 лет мира закончились после того, как Иван IV Грозный возобновил политику экспансии. В 1558 г. он неожиданно напал на Ливонию, которую не в силах был защитить Тевтонский орден. Русские завоевали Нарву, Дерпт, который был полностью уничтожен, и почти всю страну. Захвата избежали только Рига и Ревель. Ландмейстер Тевтонского ордена искал союзников. Любек и другие ганзейские города ограничились тем, что прислали деньги и снаряжение. В обмен на территориальные уступки военную помощь оказали Дания и Польша, но им не удалось остановить развитие событий. В 1562 г. ландмейстер Кеттелер секуляризировал то, что осталось от его государства, под именем герцогства Курляндия и Семигалия, вассальное по отношению к Великому княжеству Литовскому. Остров Эзель (Сааремаа) перешел под власть Дании, а Ревель попал под шведский протекторат. Наступил конец Тевтонского ордена.

Русско-ливонская война имела серьезные последствия по всей Европе. Вначале предлагали крестовый поход, затем разрыв торговых отношений с Русью. Но события обернулись иначе. Иван Грозный пощадил Нарву; вместо того чтобы разрушить город, как он разрушил Дерпт, он помог ему восстановиться и сделал Нарву русским портом на Балтике. Торговля в Нарве стремительно развивалась; скоро Нарва затмила Ревель, поскольку ее посещали купцы из стран Прибалтики, датчане, голландцы, англичане, шотландцы и даже французы и испанцы. Все они привозили ткани и соль, а вывозили меха и воск, который они покупали в Нарве дешевле, поскольку им уже не приходилось вести дела через посредников-ливонцев. Спустя короткое время в Нарву ежегодно заходили сотни кораблей. Нарва превратилась в важный международный порт на Балтийском море.

Любек не замедлил воспользоваться создавшимся положением. Город был серьезно встревожен известием об экспедиции Ченслера. Мореплаватель обогнул с севера Скандинавию и Кольский полуостров и в 1553 г. достиг устья Северной Двины. В Москве его принял Иван Грозный; Ченслер получил грамоту на право свободной торговли с Московским государством. Вскоре после возвращения Ченслера в Лондон была создана Московская компания. Все выглядело так, будто англичане, получив новый торговый путь через Архангельск, скоро перехватят всю торговлю России с Западом. Уже в 1556 г. Ганзейский собор строго запретил своим членам ездить новым путем. В результате Любек постарался как можно быстрее установить отношения с Нарвой. Любекские купцы прекратили ездить в Ревель, где за последние полвека они претерпели немало притеснений. Любек посылал все больше своих кораблей в новый русский порт, чтобы возобновить прежнюю торговлю. Любек даже обвинили в том, что он, вопреки имперскому запрету, продает русским стратегические военные товары. Впрочем, все обвинения Любек с негодованием отвергал.

Едва успели привыкнуть к новому положению, как возникла новая угроза: на сцене появились шведы. Шведам как защитникам Ревеля и его интересов хотелось господствовать в Финском заливе и получать свою долю прибыли от торговли с русскими. Их столкновение с Любеком было неизбежным. В 1565 г. шведы захватили 32 любекских корабля, возвращавшихся из Нарвы. Когда на следующий год, в начале северной Семилетней войны (или Войны трех корон, как ее называли, потому что войну объявили под ложным предлогом, что Фредерик II Датский якобы упорно размещает на своем гербе три скандинавские короны), начались военные действия между Данией и Швецией, Любек решительно встал на сторону Дании, упрекая Швецию в том, что она домогается их владений на Балтике. Любек выступал поборницей ганзейских прав и свобод. Такое отношение не вызвало ни сочувствия, ни подражания со стороны других городов сообщества, которые не желали разрывать торговые отношения со Швецией. Встав на сторону Дании, Любек оказался в еще более изолированном положении, чем при Вулленвевере.

Тем не менее Любек вел войну с поразительной энергией. Он оснастил четыре военных корабля, в том числе «Адлер», один из крупнейших в тот период 68-пушечный трехпалубный корабль грузоподъемностью в 3 тысячи тонн, и какое-то время ему сопутствовала удача. Но в 1566 г. Любек потерпел решительное поражение у берегов Готланда, когда затонул его флагманский корабль «Мориан». С ганзейской точки зрения красноречивее всего безжалостная ярость, с какой два члена сообщества нападали друг на друга. В 1569 г. любекская эскадра бомбардировала Ревель и захватили или сожгла 100 судов.

Хотя условия Штеттинского мира (1570) нельзя назвать неблагоприятными, они остались только на бумаге. Любеку не удалось сохранить торговые отношения с Россией. В 1581 г. шведы оккупировали Нарву, и все надежды на развитие торговли с этим городом подошли к концу. Ревель вернул себе функции города-посредника и снова начал процветать. Торговля Любека с русскими землями всегда зависела от доброй воли либо Швеции, либо Польши. Война снова сыграла на руку купцам тех стран, которые сохраняли нейтралитет, то есть голландцам и англичанам, и окончилась новым наступлением конкурентов Ганзы. Кроме того, война лишний раз продемонстрировала отсутствие единства в Ганзейском союзе и показала, насколько невозможно примирить разные интересы его членов. Ливонские города, подвластные Швеции или Польше, больше нельзя было считать ганзейскими.

С военной точки зрения хуже всех пришлось Любеку. Жертвы, на которые готов был пойти город, оказались напрасными. Любек усвоил урок и оставил все попытки отстаивать свои коммерческие интересы с помощью силы. Таким образом, Война трех корон знаменует собой конец Ганзы как военно-морской державы на Балтике.

В то время как на Востоке сила Ганзы подвергалась суровому испытанию, большие надежды возлагались на реорганизацию конторы в Антверпене. С начала XVI в. ганзейские купцы, как и купцы из других стран, оставили Брюгге и перебрались в Антверпен. Город процветал, и купцов там оказалось столько же, сколько раньше было в Брюгге, – в обычные времена больше ста. Но они больше не составляли организованного сообщества, отчасти потому, что Ганза так долго сохраняла фикцию конторы в Брюгге. Три старшины, которые образовали совет конторы, не обладали никаким авторитетом, и в их распоряжении была лишь смехотворно малая сумма денег, так как никто, кроме кёльнских купцов, не удосуживался платить налог на деловые операции. Средства, необходимые для содержания принадлежащих Ганзе зданий в Брюгге, приходилось занимать у городов. Немецкие купцы, которым не терпелось образовать компании с гражданами Антверпена или иностранцами, позволяли своим компаньонам пользоваться ганзейскими привилегиями и облегчали им торговлю с Северной Германией.

Возможным представлялось единственное решение. Ганзейским купцам пришлось перегруппироваться в сообщество, организованное в соответствии с традициями. В 1540 г. начались переговоры с Антверпеном в надежде получить подтверждение и продление прежних привилегий. После значительных отсрочек город обещал Ганзе важные льготы в том случае, если в нем появится постоянная контора. Дело сдвинулось с мертвой точки, лишь когда его исполнение поручили синдику Зюдерману. На Ганзейском соборе 1555 г. постановили восстановить контору. В том же году в Антверпен послали делегацию; так учредили новый совет конторы, состоящий из трех старшин и четырех советников. Они имели власть над всеми ганзейскими купцами в городе. Главной задачей конторы были начисление и сбор налога с оборота (schoss).