Между тем в начале мая 1962 года в Москву был вызван советник советского посольства в Гаване, а по факту кадровый чекист и резидент советской разведки Александр Иванович Алексеев, который был сразу принят самим Н. С. Хрущевым, от которого узнал о своем назначении новым советским послом на Кубу. Дело в том, что первый советский посол С. М. Кудрявцев, в отличие от А. И. Алексеева, так и не смог установить доверительных личных отношений с кубинским руководством, что, по мнению Москвы, было большим минусом в деле реализации задуманного плана. Именно поэтому, напутствуя нового посла, Н. С. Хрущев дословно заявил ему следующее: «ваше назначение связано с тем, что мы приняли решение разместить на Кубе ракеты с ядерными боеголовками», так как «только это может оградить Кубу от прямого американского вторжения»[609]. Через пару дней он вновь был вызван в Кремль, где прошла еще одна конфиденциальная встреча, но теперь уже с участием Н. С. Хрущева, А. И. Микояна, Ф. Р. Козлова, Ш. Р. Рашидова, А. А. Громыко, Р. Я. Малиновского и С. С. Бирюзова. Теперь же в ходе нового приватного разговора были согласованы все детали операции, и, вопреки устоявшемуся мнению о некой «фронде» А. И. Микояна, никто реально не высказался против установки ракетных комплексов с ядерными боеголовками. Правда, А. А. Громыко и А. И. Алексеев все же высказали робкие сомнения относительно того, что их удастся разместить скрытно, но на этот веский довод уже никто внимания не обратил. Лишь после этого решения Н. С. Хрущев по приглашению Первого секретаря ЦК Компартии Болгарии Тодора Живкова и вылетел с официальным визитом в Софию. Как позднее вспоминал сам А. И. Алексеев, несмотря на его первоначальный скептицизм, «Фидель, к удивлению, спокойно воспринял советские соображения» и после небольшого раздумья заявил новому советскому послу, что «это очень смелый шаг, и, чтобы сделать его, мне необходимо посоветоваться со своими ближайшими соратниками. Но если принятие такого решения необходимо социалистическому лагерю, я думаю, мы дадим свое согласие на размещение советских ракет на нашем острове».

Судя по документам, окончательное решение по Кубе было принято 24 мая 1962 года на совместном заседании Президиума ЦК и Совета Обороны СССР[610]. А уже 28 мая для согласования всех вопросов с кубинским руководством в Гавану вылетела представительная делегация в составе кандидата в члены Президиума ЦК, Первого секретаря ЦК Компартии Узбекистана Шарафа Рашидовича Рашидова, назначенного в целях конспирации главой этой делегации, зам. министра обороны, главкома РВСН маршала Советского Союза Сергея Семеновича Бирюзова, зам. начальника Главного штаба ВВС генерал-лейтенанта С. Ф. Ушакова и сотрудника Главного Оперативного управления Генштаба генерал-майора П. А. Агеева, которые для сокрытия истинных целей визита тоже летели под вымышленными фамилиями. Вместе с ними на Кубу вылетел и новый советский посол А. И. Алексеев. Несмотря на изначальный скепсис по поводу позиции кубинского руководства, которое вначале было явно озадачено советским предложением, после многочасовой личной встречи с Фиделем и Раулем Кастро, а затем и с Че Геварой и детальных разъяснений со стороны Ш. Р. Рашидова было получено полное согласие на размещение советских баллистических ракет и принято решение, что для уточнения конкретных деталей предстоящей операции в Москву вылетит министр Революционных вооруженных сил Рауль Кастро.

Во время этого визита, прошедшего в начале июля 1962 года, и ряда встреч с Н. С. Хрущевым и Р. Я. Малиновским был согласован текст секретного договора о размещении советских Вооруженных Сил на территории Республики Куба. Сам Р. Кастро предлагал придать ему гласный и официальный характер, однако Москва не пошла на этот шаг. И в результате, парафировав данный договор, он повез его в Гавану для согласования со своим братом и другими членами высшего кубинского руководства. И только после этого, уже в конце августа того же года, в Крымскую резиденцию Н. С. Хрущева прибыла новая делегация кубинцев во главе с Эрнесто Че Геварой, которая привезла ему отредактированный текст этого договора. Однако он так и не был подписан, поскольку Н. С. Хрущев почему-то побоялся дать козыри в руки противников Дж. Кеннеди на промежуточных выборах в Конгресс США, и это дело ограничилось только публикацией совместного Коммюнике, а вся дальнейшая работа шла уже исключительно на базе устных договоренностей между Москвой и Гаваной[611].

Между тем, как свидетельствуют очевидцы, в частности генерал А. И. Грибков[612], уже в конце мая 1962 года, сразу после окончания заседания Совета Обороны СССР, его секретарь начальник Главного Оперативного управления Генштаба ВС генерал-полковник Семен Павлович Иванов дал указание своим подчиненным в строго секретном режиме срочно готовить план операции по переброске советских войск на Кубу. В рамках ГОУ ГШ был даже создан специальный отдел во главе с полковником И. Г. Николаевым, который уже к 10 июня представил подготовленный план такой операции, получивший кодовое название «Анадырь». Причем ввиду особой спешки он был принят без утверждения в вышестоящих инстанциях и после получения согласия Ф. Кастро стал быстро претворяться в жизнь.

В тот же день, 10 июня 1962 года, состоялось заседание Президиума ЦК, где после подробного доклада Ш. Р. Рашидова о его визите на Кубу министр обороны маршал Р. Я. Малиновский доложил план операции «Анадырь», согласно которому на Кубе создавалась новая Группа советских войск (ГСВК) численностью 50 870 человек. Командующим этой Группой был назначен очень опытный военный генерал армии Исса Александрович Плиев, возглавлявший Северо-Кавказский военный округ, а его заместителем стал генерал-лейтенант Павел Борисович Данкевич, который до этого командовал 43-й (Винницкой) ракетной армией. В состав этой группы вошли 51-я сводная ракетная дивизия генерал-майора И. Д. Стаценко, на вооружении которой находились 40 ЗРК с 36 ракетами Р-12 и 24 ракетами Р-14, снабженными ядерными боеголовками; четыре отдельных мотострелковых полка — 302-й, 314-й, 400-й и 496-й, — каждый из которых по своему составу де-факто был мотострелковой бригадой; 10-я зенитная и 11-я зенитно-ракетная дивизии ПВО, в составе которой были 12 ЗРК С-75 со 144 тактическими ракетами; 32-й гв. истребительный авиационный полк в составе 42 новейших моделей фронтовых истребителей МиГ-21; 437-й отдельный вертолетный полк в составе 33 вертолетов Ми-4; 561-й и 584-й полки крылатых фронтовых ракет и другие части и соединения. Причем для обучения кубинских летчиков на остров Свободы была направлена группа советских асов из Кубинского авиацентра во главе с маршалом авиации Евгением Яковлевичем Савицким. Кроме того, предполагалось сформировать в морской акватории Кубы отдельный 5-й флот ВМФ во главе с вице-адмиралом Георгием Семеновичем Абашвили.