Гомар отстаивал ортодоксальную кальвинистскую доктрину «абсолютного предопределения», в соответствии с которой вера является «плодом» предопределения, и человеку заранее уготованы вечное спасение или погибель, а Страшный Суд рассматривается как вневременной процесс, а не конкретное событие. Арминий радикальным образом изменил эту доктрину, дав Благодати Божьей такое определение, по которому она не лишает человека свободы выбора в вопросах веры. Основой теологии Арминия было его убеждение, что Всевышний не должен считаться автором грехопадения человека и что не следует полностью отрицать свободу воли индивида.

В скором времени распря между Арминием и Гомаром спровоцировала богословский конфликт, который не только целиком охватил реформатскую церковь во всех Соединенных Провинциях (и соседних территориях Германии), но и вторгся в голландскую внутреннюю политику. К 1605 г. Олденбарневельт, Уттенбогарт и их союзники пришли к выводу, что лучший способ успокоить бушующие страсти, угрожавшие единству господствующей Церкви, заключается в пересмотре вероучения и катехизиса таким образом, чтобы их теологическая база стала более гибкой и приемлемой для большего разнообразия взглядов. Решить эти проблемы, уточнить вопросы вероучения и урегулировать разногласия предполагалось посредством созыва Национального синода.

Но большинство служителей реформатской церкви в Голландии, как и в остальных провинциях, противились пересмотру вероучения и катехизиса; южноголландский синод потребовал, чтобы священнослужители, подчинявшиеся его юрисдикции, и профессора теологии в Лейдене подписали существующее вероисповедание до созыва Национального синода. В апреле 1606 г. северои южно-голландский синоды отказались участвовать в Национальном синоде, если не будет оговорено заранее, что это собрание подтвердит существующее вероисповедание и катехизис. Это завело ситуацию в тупик и только обострило конфликт (см. стр. 436–47 ниже), который в конечном итоге привел к масштабному политическому кризису 1617–18 гг.

Свержение Олденбарневельта в 1618 г. позволило гомаристам добиться прекращения споров в официальной Церкви, изгнав своих оппонентов. Благодаря этому Церковь стала более устойчивой и внутренне однородной. Но новый режим не смог создать в Голландских Штатах новую жизнеспособную правящую группировку, приверженную идеям реформатской церкви (см. ниже, стр. 495–97), поэтому несмотря на то, что антикатолическая направленность режима усилилась и политика нетерпимости все больше набирала обороты, в скором времени в некоторых голландских городах вновь одержали верх более толерантные группы регентов, вызвав распад, по меньшей мере в Голландии, сложившегося после 1618 г. политико-теологического консенсуса. Соответственно, некоторые города отныне стали более терпимо относиться к инакомыслящим, чем другие, и процессы конфессионализации вступили в совершенно новую фазу. В результате реформатская церковь стала внутренне более сплоченной, хотя и не добилась более жесткого контроля над процессом конфессионализации в целом и оттолкнула от себя большое количество людей, которые ранее принадлежали к официальной Церкви. Покинувшие ее ряды двигались теперь в конфессиональном смысле в разных направлениях. Некоторые в конечном итоге примкнули к новой ремонстрантской церкви, когда она сумела открыто заявить о себе в конце 1620-х гг. Но в то время, когда ремонстрантизм подвергался суровым гонениям, многие из тех, кто разделял его принципы, обратились к другим религиозным течениям и были окончательно потеряны как для кальвинистской ортодоксии, так и для ремонстрантизма.

Многие люди, жившие в городах, в которых до 1618 г. преобладали ремонстрантские проповедники — таких, как Роттердам, Гауда, Гаага, Алкмар и Хорн, — после этого времени навсегда порвали с официальной Церковью, так что католическое руководство недвусмысленно приписывало стремительное увеличение числа католиков в Роттердаме около 1620 г. возвращению в лоно старой Церкви большого количества бывших ремонстрантов. Но некоторые прежние роттердамские ремонстранты перешли к лютеранам. В Гааге и Гауде также большое число верующих после 1618 г. перешло к католикам и, в меньшей степени, к лютеранам. Лютеранские проповедники, жаждавшие воспользоваться благоприятной ситуацией, делали упор на близости учения Арминия о свободе воли и предопределении учению Лютера. Выяснилось, что лютеранский священнослужитель в Харлеме в 1624 г. даже раздавал арминианские памфлеты, чтобы привлечь больше новообращенных.

Но не только католики и лютеране обрели новую паству в результате изгнания и преследования ремонстрантов. В окрестностях Лейдена, вначале в деревне Вармонд, а затем, на более постоянной основе, в соседнем Рейнсбурге, образовалась группа свободомыслящих арминиан, которые впоследствии отказались вступить в ремонстрантскую церковь, когда та сумела открыто организоваться с конца 1620-х гг., предпочитая оставаться в стороне от какого-либо формального церковного объединения и обходиться без духовенства и четко установленного вероисповедания. Это была первая конгрегация «рейнсбургеров», более известных под именем «коллегиантов». В 1630-х гг. это движение распространилось на Роттердам, вербуя новых собратьев из рядов меннонитов и ремонстрантов. В 1646 г. третья «коллегия» рейнсбургеров была основана в Амстердаме. Впоследствии к этому движению проявляли сильную симпатию некоторые представители регентского класса, в особенности семья Пессеров и Адриан Пац в Роттердаме, а также Кунрад ван Бёнинген в Амстердаме. Их характерными чертами оставались свободный характер богослужения и чрезвычайная гибкость в конфессиональных вопросах. Джон Локк отмечал в 1684 г., что на их молебнах «может свободно говорить всякий, кто находит в себе такое побуждение», добавляя, что «они допускают к своему причастию всех христиан и считают нашим долгом объединяться в любви и милосердии с теми, кто расходится [с нами] во взглядах». Хотя в середине столетия насчитывалось только три «коллегии» — в Амстердаме, Роттердаме и Рейнсбурге — и число коллегиантов было невелико, они стали оказывать значительное влияние на религиозные споры в Республике и отношение к церковным делам, особенно среди ремонстрантов и меннонитов.

Большинство церквей в Республике, включая реформатов, католиков, лютеран и иудеев, могли обращаться за наставлениями и помощью по конфессиональным, организационным и теологическим проблемам к своим прочно обосновавшимся единоверцам в соседних странах, таких как Франция, Германия, Южные Нидерланды и Швейцария. В голландском контексте это имело принципиальное значение для всех, за исключением официальной Церкви, так как все прочие были диссентерскими Церквями, которые не имели поддержки государства и каких-либо политических средств для обуздания своих диссидентов и сохранения дисциплины в собственных рядах. Анабаптисты, а после 1618 г. и ремонстранты также имели общины своих братьев по вере за границей, по крайней мере, в северо-западной Германии, где обе группы обосновались в ряде мест. Но эти немецкие ответвления голландского ремонстрантизма и анабаптизма не были ни достаточно многочисленными и стабильными, ни достаточно авторитетными, чтобы инструктировать и поддерживать своих братьев на территории Республики. Эта проблема была особенно острой для голландского анабаптизма, который рассредоточен по обширной территории и происходил от различных корней и традиций.