В той ситуации, в которой находились голландские анабаптисты, теологическая и организационная однородность была недостижимой, и поэтому нет ничего удивительного, что они были более подвержены дроблению и в то же время более озабочены сохранением конфессиональной дисциплины, чем их соперники. В противовес хаотическому разнообразию 1530-х гг., анабаптизм под главенством Дирка Филлипса и Ленарта Баувенса в 1540-х и 1550-х гг. стремился к доктринальному и организационному единству. Баувенс, который обратил в анабаптизм свыше 10000 человек, между 1551 и 1582 гг., в северных Нидерландах и Восточной Фрисландии, основал много новых конгрегаций, проявляя заметные авторитарные тенденции и часто пользуясь правом отлучения для изгнания тех сочленов, которые оказывались неспособны жить в соответствии с его взыскательными стандартами. Но его строгость вызвала обратную реакцию. В среде анабаптистов в 1550-х гг. возникло более либеральное течение, подвергавшее критике Филлипса и Баувенса и ставшее известным под именем «ватерландцев», по названию сельского округа к северу от Амстердама. Ватерландцы отстаивали менее тотальное подчинение индивида конгрегации и власти старейшин. Собрание руководителей меннонитов со всех Нидерландов и северной Германии (среди них был и сам Менно), в Харлингене в 1557 г. попыталось уврачевать раскол. Но Менно, в то время уже старый и дряхлый, потерпел неудачу, и трещина между консерваторами и ватерландцами продолжала расширяться.

Миграция фламандских и антверпенских анабаптистов в северные Нидерланды и Восточную Фрисландию после прихода герцога Альбы увеличила старые и создала новые противоречия в отношении доктрины, организации и образа жизни. Названия «фламандцы» и «фризы», которые постепенно вошли в обиход в последней трети XVI в. для определения различных течений консервативного анабаптизма, хотя первоначально указывали на географическое происхождение, вскоре стали обозначать принадлежность к тому или иному конфессиональному блоку, в точности, как и «ватерландцы». Так, Филлипс, хотя и не был уроженцем южных Нидерландов, стал духовным вождем «фламандских» анабаптистов, которые откололись от «фризов» под главенством Баувенса после еще одного собрания в Харлингене в 1566 г., при этом каждая из сторон подвергла другую отлучению.

К концу 1580-х гг. «фламандцы» и «фризы», в свою очередь, распались и те и другие на воинственно-бескомпромиссную и умеренную фракции. Всего внутри голландского анабаптизма к 1590-м гг. фактически сформировалось не менее шести основных конфессиональных групп: «ватерландцы», «старые фризы», «старые фламандцы», «молодые фризы», «молодые фламандцы» и так называемая «верхненемецкая» группа. Большинство из них продолжало в той или иной форме существовать на протяжении всего XVII в., хотя ситуация по-прежнему была очень подвижной, и на местном уровне постоянно продолжали выделяться, откалываться и сливаться различные новые группы. Величайший из поэтов Республики, Йост ван ден Вондел (1587–1679), родившийся в Кельне, чьи родители были беженцами-анабаптистами из Антверпена, в молодости принадлежал к общине ватерландцев в Амстердаме. Карел ван Мандер (1548–1606), художник, поэт и автор знаменитой книги о художниках и живописи, изданной в 1604 г, был фламандским беженцем, принадлежавшим к общине «старых фризов» в Харлеме, городе, где была представлена вся палитра самых различных групп, и где в начале XVII в. все анабаптисты в совокупности составляли второй по численности церковный блок после реформатов, насчитывавший в 1620 г. около 14% от общей численности населения. В Харлеме община анабаптистов, подобно католической, была намного крупнее, чем в большинстве других голландских городов. Саломон ван Рёйсдал (1602–70), художник-пейзажист, принадлежал к харлемским «молодым фламандцам», как, вероятно, и его брат, отец величайшего из всех художников-пейзажистов, Якоба ван Рёйсдала (1629–82). Многие другие люди искусства имели похожее происхождение. Говарт Флинк (1615–60), самый успешный из учеников Рембрандта в Амстердаме, родился в семье меннонитов в Клеве. Дордрехтский художник Самюэл ван Хогстратен (1627–78), еще один ученик Рембрандта, также автор искусствоведческих трудов, родился, как и Вондел, в семье беженцев-анабаптистов из Антверпена. Талантливый автор городских пейзажей, а также изобретатель, Ян ван дер Хейден (1637–1712) был сыном «старого фламандца» из Утрехта и рос среди «фламандцев» в Амстердаме.

Стремясь к большей доктринальной стабильности, а также дисциплине повседневной жизни и подчинению общине, все эти группы пытались, часто в диалоге друг с другом, определить и выработать собственную конфессиональную позицию. Среди ватерландцев двумя ведущими теологами были Ханс де Рис (1553–1638) и Любберт Герритс. Де Рис, уроженец Антверпена, с 1598 г. работал главным образом в северной Голландии, особенно в Амстердаме, Харлеме и Алкмаре, до самой своей смерти в 1638 г. Герритс, ткач из Амерсфорта, перешел к ватерландцам от «молодых фризов» и был главным проповедником амстердамской общины с 1591 г. до своей смерти в 1612 г. Де Рис и Герритс совместно написали в 1610 г. Ватерландское исповедание, один из наиболее важных конфессиональных документов голландских анабаптистов Золотого Века. В определении Троицы они стояли ближе к «молодым фризам» и «верхненемецкой» общине, чем к общинам «фламандцев». Главным различием между ватерландцами и остальными группами оставалась их концепция общины, не так сильно настаивавшая на безоговорочном послушании индивида авторитету старейшин. Это стало главным камнем преткновения на пути к объединению двух крупнейших группировок анабаптистов, возникших позднее. Дело в том, что в течение первой половины XVII в. в Амстердаме и других местах многие из «молодых фризов» примкнули к ватерландцам, а в 1632 г. большинство «старых фламандцев» воссоединились с «молодыми фламандцами»; со временем оставшиеся «молодые фризы» слились с «объединенными фламандцами». Хотя некоторые остатки старых групп по-прежнему упорно держались за свои убеждения, к 1640-м гг. подавляющее большинство из примерно 75000 анабаптистов в Голландской республике — что составляло около 5% населения — принадлежало либо к новому умеренно-консервативному блоку «объединенных фламандцев», «фризов» и «верхненемецкой» группы, либо к ватерландцам. Осколки ультраортодоксальных групп, отвергавших диалог и примирение, кое-где сохраняли свою силу на локальном уровне, включая Гронинген, который долгое время оставался оплотом «старых фламандцев».

Несмотря на впечатляющие экономические успехи, достигнутые после 1596 г., Соединенные Провинции, как объяснял Олденбарневельт в 1605 г. в письме к голландскому послу в Париже, с 1598 г. столкнулись с серьезными проблемами, связанными с растущими затратами на войну против Испании: «во внутренних делах нам приходится ныне преодолевать чрезвычайные трудности, но мы не решаемся поднять налоги в городах и деревнях из-за страха перед народными волнениями». Олденбарневельт добавлял, что «более чем половина жителей в городах и сельской местности склоняется к миру, и… если нас и дальше будут преследовать неудачи, то и остальные падут духом, особенно по той причине, что провинции из-за [мирных договоров] с Францией и Англией лишены всех деловых сношений, процветания и большей части мореплавания». Здесь Олденбарневельт подразумевал растущее влияние испанского эмбарго на голландскую экономику и отклонение торговых путей от Республики после восстановления коммерческих связей между Англией и Испанией по договору 1604 г.