Лерма знал, что без комплексного урегулирования стычки в Индиях рано или поздно неизбежно перерастут в новую полномасштабную войну. В 1611 г. он установил тайную связь с Олденбарневельтом, снова предлагая заключить «полный мир» и признать Соединенные Провинции «свободным государством» в обмен на эвакуацию голландских сил из Индий. Англичане вскоре узнали об этих переговорах, из которых были намеренно исключены французские и английские союзники Республики. Свои закулисные контакты Спинола и фаворит Лермы, Родриго Кальдерон, вели через португальского монаха из «новых христиан», Мартина дель Эспириту-Санту, которого сопровождал в дом Олденбарневельта в Гааге и обратно купец-еврей из Амстердама, один из старейшин первой амстердамской синагоги, по имени Дуарте Фернандес. На более поздней стадии другим посредником был голландский поэт и драматург Дирк Роденбург, свободно владевший испанским, который в 1610–11 гг. находился в Испании в качестве неофициального голландского представителя. Он часто виделся с Лермой, и в мае 1611 г. получил аудиенцию у Филиппа III. После возвращения в Амстердам в 1614 г. он стал центральной фигурой в амстердамском сценическом мире, подвергаясь при этом яростным нападкам контрремонстрантов. Этот тайный диалог между Мадридом и Гаагой продолжался некоторое время, но, вероятно, был изначально обречен. Стороны так и не смогли достичь согласия по двум существенным проблемам: должны ли голландцы уйти из Индий, и должны ли они разрешить свободное исповедание католической веры у себя на родине? Ни по одному из этих пунктов Олденбарненвельт не мог пойти на уступки, которые устроили бы испанцев.

Голландская заморская торговля и зеландский транзит товаров в Южные Нидерланды понесли немалый ущерб от Двенадцатилетнего перемирия. Отменив планы создания Вест-Индской компании в 1607 г., Олденбарневельт вместе с ними разрушил надежды голландцев на создание обширной империи в Новом Свете, ибо перспективы экспансии в этом регионе были намного лучшими в это время, чем позднее, в 1620-х гг. Между 1607 и 1621 гг. испанцы и португальцы успешно расширили свою сеть фортов на территориях, куда проникли голландцы — островах Карибского моря, Венесуэле, Гайане и Амазонии, — тогда как голландцы лишились достигнутых преимуществ, особенно в торговле с Каракасом и в торговле солью с Пунта-де-Арайя и в Амазонии. В Восточных Индиях Ост-Индская компания на некоторое время утратила инициативу, тогда как португальская торговля в Восточных Индиях испытала (временное) возрождение, и Лиссабон снова, благодаря продолжительности перемирия, стал соперничать с Амстердамом в качестве основного центра привоза и последующей поставки по всей Европе перца и пряностей. Цена котировок акций Ост-Индской компании на амстердамской бирже, к 1608 г. подскочившая до 200% от их первоначальной стоимости, снизилась, вследствие перемирия, до 132% и впоследствии продолжала падать до 1620-х гг.

Это были существенные неудачи. Но предсказание Олденбарневельта, что выгоды перевесят потери, как мы видели (см. выше, стр. 325–326), оказалось верным, по меньшей мере, для Голландии. Расцвет, который пережила голландская торговля с южной Европой в результате возвращения их кораблей и возобновления поставок грузов в Испанию и Португалию, низкой стоимости фрахта и страховых платежей, и последовавшего роста голландской торговли с Левантом, в свою очередь укрепил голландское господство на Балтике и в российской торговле. Из всех фаз истории Республики годы перемирия стали наиболее успешными для голландской морской коммерции в европейских водах от Португалии до Архангельска и от Шотландии до османского Ближнего Востока.

Двенадцатилетнее перемирие стало решающей фазой в процессе восстановления и внутренней перестройки южных Нидерландов. Оно предоставило первую настоящую передышку от продолжавшихся почти сорок лет военных действий и драгоценную возможность для возрождения пришедших в упадок городов, экономики и культуры. После 1609 г. города быстро восстановились. В то же самое время это возрождение принесло с собой далеко идущие религиозные и интеллектуальные перемены, создав новое восприятие связей между «югом» и «севером» в глазах жителей первого, основанное на идее общего расколовшегося «Отечества» из семнадцати провинций.

Состояние войны закончилось — пусть временно — с заключением перемирия 1607 г. Со вступлением соглашения в силу в 1609 г. Фландрская армия, крупнейшая в северной Европе, была сокращена с 60 000 до 20 000 человек. Это создало условия для ослабления налогового бремени, лежавшего на разоренной войной стране, позволив в то же самое время без дополнительной налоговой нагрузки резко увеличить расходы на церковное и светское зодчество, патронаж образования и искусств, и создание новых придворных и чиновничьих должностей, в некоторых случаях направив на эти цели средства, поступавшие из Испании для содержания фортификаций и армии. Альберт и Изабелла стремились снискать расположение местной знати и городской элиты, как к ним самим, так и к Контрреформации, и прилагали все усилия, чтобы привлечь на свою сторону местное общественное мнение. Хотя Альберт после 1609 г. и не созывал снова Генеральных Штатов Южных Провинций, он в то же время предпринял несколько шагов по укреплению хороших отношений с различными провинциальными Штатами. Он консультировался с ними, расширил их полномочия в налоговой сфере и разрешал публично высказывать их конституционные притязания. После смерти Альберта один испанский гранд саркастически заметил по этому поводу, что он был таким «добрым принцем», что относился к населению южных Нидерландов «скорее как к детям, чем к подданным».

Даже до 1609 г. появлялись многочисленные признаки коренной перестройки политической, экономической и культурной среды, сложившейся на юге, и новой стабильности структур в Нидерландах в целом, так же как и больше возможностей для рассмотрения будущих взаимоотношений между обеими частями Нидерландов. Уже в «Politicorum Libri Sex» (1598), написанной на севере, Липсий призывал современных ему правителей (особенно правителей Нидерландов) сделать своими высшими приоритетами упрочение гражданского мира и восстановление порядка. Но те атрибуты, которые он считал существенными для достижения этих целей — монархическая власть, не считающаяся с традиционными процедурами, законами и принципами, и принудительное насаждение чисто внешнего религиозного единообразия — полностью расходились с основанным на совещательных процедурах правлением олигархии на севере. Возложив вначале свои надежды на герцога Анжуйского, а затем на Лестера, и дважды испытав горькое разочарование, Липсий постепенно перенес свои упования на испанских Габсбургов, полагая, что государи из этой династии обладают наиболее выгодным положением для того, чтобы подняться над борьбой идеологий, пропаганды и конфессиональных различий, и утвердить новый порядок стабильности и мира.

После своего возвращения на юг в 1591 г. Липсий обратился в своих научных занятиях и сочинениях к изучению исторического феномена, силы и устойчивости Римской республики, которые производили глубокое впечатление на мыслящих людей среди кажущихся бесконечными раздоров Революции. Его исследования увенчались появлением «De magnitudine Romana» (1598), — труда, посвященного истокам величия Римской империи, где в качестве главных факторов грандиозных успехов этой империи указывались ее огромные размеры и численность населения, стирание местных различий и дисциплина. Опыт и политические методы императорского Рима представали в его глазах ключом к прекращению ужасающих конфликтов, сотрясавших Европу того времени. В конечном итоге, необходимым условием порядка Липсий считал имперское величие, основанное на военной организации, которой был бы не страшен ни один мятеж.