Но ни один другой аспект восстановления юга не был столь внушительным, как возрождение старой веры и Церкви. Хотя ряд постановлений Тридентского собора был введен в действие только после 1609 г., решающие компоненты Контрреформации на юге — интенсивное переобучение и конфессионализация простого народа уже стремительно развивались задолго до этой даты. Школьное образование детей городской элиты решительно взяли в свои руки иезуиты, вырастив совершенно новое поколение, воспитанное в воинственном католическом духе. Иезуитские колледжи росли во всех крупных городах. Количество иезуитов в Антверпене выросло с трех человек вскоре после испанского отвоевания города в 1585 г. до тридцати одного к 1603 г. В 1608 г. антверпенский колледж иезуитов переехал в великолепное новое здание. Количество учеников иезуитов в Антверпене выросло с нуля в 1585 г. до 300 к 1591 г. и 600 к 1613 г. Из-под печатных станков Антверпена выходила масса литературы духовного содержания. Уже в 1587 г. были предприняты первые шаги, направленные на то, чтобы все дети в Антверпене, даже из самых бедных и нуждающихся семей получили католическое религиозное образование. К 1606 г. действовала система воскресных школ, финансируемая муниципалитетом и функционировавшая при приходских церквях, в которых дети обучались основам религиозным догм, свободные от родительского попечения. В целях максимального охвата подрастающего поколения католическим образованием была введена система переписи и штрафов тех родителей, которые уклонялись от отправки своих детей в еженедельные воскресные классы. К 1620 г. в одном только Антверпене эти воскресные школы посещали не менее 3 200 детей. В Хертогенбосе, где новая система воскресных школ была введена в 1595 г., было учреждено новое братство, занимавшееся, при поощрении иезуитов, сбором денег с состоятельных мирян для обеспечения беспрепятственного посещения воскресных школ детьми бедняков.

Тайное исповедание кальвинизма в городах Южных Нидерландов имело немаловажное значение на протяжении жизни следующего поколения. В годы перемирия до 400 человек за раз из Антверпена посещали реформатские церковные службы в гарнизонной церкви форта Генеральных Штатов около Лилло; и это были только самые набожные среди всех. В силу некоторых причин брюссельские власти на протяжении нескольких десятилетий опасались населения Антверпена. Еще в 1622 г. английский наблюдатель отмечал, что многие люди в городе надеялись, что голландцы снова его захватят, определенно симпатизировали Республике и протестантизму и желали, чтобы голландские победы над Испанией привели к снятию морской блокады с Шельды. Только в начале 1630-х гг. епископ Антверпена выразил уверенность в том, что протестантизм достаточно вытеснен из сознания горожан и больше не представляет значительной угрозы.

Существенным аспектом процессов католического перевоспитания и конфессионализации населения было использование наглядных методов, искусств, архитектуры и религиозной литературы. Как только началось печатание катехизисов и коротких текстов, предназначенных для детей и рядовых обывателей, которые зачастую были малограмотными, они начали выходить дешевыми массовыми тиражами, доступными для людей со скромными доходами. К 1617 г. в Антверпене было не менее десяти фирм (в ряде из которых трудилось помногу наемных работников), выпускавших большое количество репродукций с изображениями святых и религиозных сцен. Будучи также эффективным средством популяризации религиозного искусства — и труда современных печатников, — этот метод привлек внимание некоторых крупных южнонидерландских художников, включая Рубенса. Издававшаяся в Антверпене религиозная литература пользовалась таким успехом, что ее вывозили не только в Испанию и Португалию, но даже в Испанскую Америку и, разными путями, на Дальний Восток.

Также фундаментом новой культуры на юге было процветание новых церквей, капелл и монастырей. В ходе Революции и иконоборческих восстаний 1566, 1576–78 и 1580–81 гг. повстанцы безжалостно опустошали монастыри, выбрасывали изображения святых и алтари из приходских церквей и кафедральных соборов. Почти вся наглядная основа Церкви нуждалась в восстановлении. Оно не могло начаться сразу после падения Антверпена в 1585 г. из-за кризиса в экономике, продолжения военных действий и нехватки финансовых средств. Но с 1606 г. процессы перестройки и обновления стали набирать все больший оборот, и южные Нидерланды по масштабу и качеству производства предметов религиозного искусства и архитектуры оставили далеко позади все страны Европы, кроме Италии. В одном только Генте между 1590 и 1670 гг. появилось не менее 35 новых монастырских учреждений того или иного типа; немногим отставали от него по этой части и другие города. Нетрудно было найти художников для их украшения. По контрасту с представителями других профессий, многие художники в 1585 г. остались в Антверпене. Не было недостатка и в мастерах для обучения новых талантливых учеников. Дополнительный стимул росту Антверпена в качестве центра развития искусств придало возвращение многих художников, уроженцев Южных Нидерландов, из Италии. В 1616 г. в Антверпене насчитывалось не менее 216 художников, принадлежавших к гильдии Святого Луки, вдвое больше, чем в 1584 г.

Альберт и Изабелла поддерживали усилия по введению католического образования, конфессионализации населения, и повышению роли Церкви в жизни общества, не в последнюю очередь тем, что выделяли значительные средства на развитие религиозной живописи и зодчества. В обеих отраслях искусства, особенно в архитектуре, они благоволили новому барочному стилю, происходившему из Рима, и принимали большое личное участие в программе культурного обновления. В 1605 г. они вызвали назад из Рима в Антверпен художника-архитектора Венцеля Кобергера (1560–1634), назначив его своим придворным архитектором и советником по изящным искусствам. Кобергер и его младший брат Якоб Франкарт (1583–1651), также сыгравший немаловажную роль в формировании новой церковной архитектуры юга, обучались в Италии и перенесли на родную почву последние веяния искусства; но, начиная с 1615 г., они все более успешно смешивали итальянский барочный стиль с местными традициями, отражая ту тенденцию национального искусства, которая достигла наивысшего выражения в творчестве Рубенса, непревзойденного мастера живописи Южных Нидерландов, тесно связанного в художественном смысле с Римом, Мадридом и Веной.

Кобергер спроектировал многочисленные здания в Брюсселе, Антверпене и других городах, одним из наиболее поразительных была новая церковь августинцев в Антверпене, начатая постройкой в 1615 г. Франкарт также принимал участие во многих крупных проектах. Первым среди них была иезуитская церковь в Брюсселе, основания которой были заложены Альбертом и Изабеллой с пышной церемонией в 1606 г. и которую они торжественно освятили сразу после истечения срока перемирия в 1621 г. Самой же роскошной из всех была иезуитская церковь Св. Игнация в Антверпене, построенная по канонам римского барочного искусства и получившая одобрение генерала ордена иезуитов в Риме, освященная с большими торжествами вскоре после смерти Альберта в сентябре 1621 г.

Главной задачей нового мира искусств на юге было украшение алтарей и образов для столь многих новых и восстановленных церквей и монастырей. Художники повсеместно брались за работу, служившую новому крестовому походу. Сделанный Рубенсом для кафедрального собора в Генте набросок маслом обращения Св. Бавона(1611), изображающий Бавона, меняющим оружие на облачение прелата, прекрасно символизировал переход от оружия к войне, которая велась в духовной сфере, религиозной войне и культурной конфронтации с севером. Рубенс, вернувшийся из Италии в 1608 г., в письме к своему другу в Рим, написанном накануне заключения перемирия, предсказывал скорое окончание военных действий и выражал надежду, что «покорные провинции» будут «снова процветать». Искусство шло в авангарде духовного наступления, и власти Испанских Нидерландов, отдавая должное способностям Рубенса к созданию необычайно крупных холстов, неоднократно привлекали его, начиная с 1609 г., к выполнению работ, оказывавших наибольшее эмоциональное воздействие на публику — больших картин благочестивого содержания для главных церквей. Алтарные картины Рубенса, написанные в годы перемирия, превосходят по количеству и размаху те, которые он создал на протяжении остальной части своей творческой карьеры, совершив тем самым настоящий переворот в религиозном искусстве католической северной Европы. Многие его работы были предназначены для соборных церквей в Антверпене, но он писал также алтарные картины для Брюсселя, Мехельна, Лилля и Камбре, а также церкви Св. Франциска в Кельне, городе, где он родился в общине нидерландских беженцев. Для работы над этими широкомасштабными полотнами ему требовались дюжины помощников — некоторые из них впоследствии сами стали прославленными живописцами. В контракте Рубенса с иезуитами Антверпена о росписи плафона в церкви Св. Игнация в качестве его главного помощника фигурирует одаренный молодой Антонис ван Дейк (1599–1641).