Прекращение огня в 1607 г. и начало мирных переговоров с Испанией, которые привели к заключению перемирия в 1609 г., считались по всей Европе сенсационным успехом для Олденбарневельта и голландских регентов. Перемирие окончательно подтвердило обособление севера и юга и сохранение, по меньшей мере, к северу от рек, достижений Революции. Более того, перемирие было несомненным триумфом не только для Олденбарневельта и голландских регентов, но и для Республики в целом, управлявшейся на основе коллегиальности и совещательного принятия решений без какого-либо «выдающегося главы» или монархического элемента. Но в этот самый момент уже проявились тревожные симптомы растущих трений в молодой Республике, которые, по мнению многих, в недалеком будущем могли перечеркнуть все ее достижения. Молодой Гуго Гроций (1583–1645) был всего лишь одним из многих, кто предсказывал в 1607 г., что перемирие с Испанией распечатает сосуд фракционной борьбы, несогласия и народных волнений.

С одной стороны, режим Олденбарневельта столкнулся с антагонизмом штатгальтера, принца Морица, потенциальной квазимонархической фигуры, и, с другой стороны, растущей враждебностью многих проповедников реформатской церкви, вызванной его политикой терпимости в церковных вопросах. Оба противника правящей группы пользовались значительной народной поддержкой. Действительно, уже в 1607 г. было видно, что две великих драмы, разворачивавшихся соответственно в светской и церковной политике, неизбежно сообща ввергнут режим в глубокий государственный кризис. Соединенные Провинции с 1598 г. были полноправной республикой, и в первом десятилетии нового века обладали, особенно (но не только) в сочинениях Гроция, республиканским политическим кругозором, соответствующим реальности. В своей «Parallela Rerumpublicarum» (1602), от которой сохранился только один фрагмент, «De Antiquitate Reipublicae Batavicae» (1610) и других письменных трудах тех лет, Гроций развивал идею, что свобода, стабильность, доблесть и процветание лучше всего сохраняются в том случае, когда управление государством носит коллегиальный характер и ограничивается замкнутой олигархической группировкой, такой, как регенты, которые благодаря имевшимся у них средствам, свободному времени и образованию могли всецело посвятить себя государственным делам, с должным уважением соблюдая конституционные процедуры республики. В этом отношении Гроций сравнивал Соединенные Провинции с древней Иудеей, Афинами и Римом в эпоху наивысшего процветания и стабильности в их истории. В его глазах Соединенные Провинции были далеки от совершенства как республика и должны были только выиграть от сильной центральной власти. В своем неопубликованном эссе «De Republica Emendanda», написанном где-то между 1600 и 1610 гг., он призывал с этой целью наделить большими полномочиями Государственный совет. Но существование Соединенных Провинций воплощало те ценности, которые Гроций считал наиболее существенными для настоящей республики. В своем трактате 1610 г., (который пользовался большой популярностью у читателей в голландском переводе) он доказывал, что свои республиканские традиции голландцы не только успешно защитили от испанской тирании, но и унаследовали с древнейших времен, возводя их происхождение к вольностям, которые древние батавы — управляемые, по его убеждению, не королями, aprimores (знатнейшими) — отстояли в ходе своего восстания против римлян.

Для сохранения этой патрицианской республики, превозносимой Гроцием, Олденбарневельт должен был, с одной стороны, не допустить усиления власти штатгальтера и, с другой, сдерживать притязания реформатских проповедников, оппозиционно настроенных к политике регентов. В начале переговоров с Испанией, в 1607 г., Олденбарневельт уже одновременно пытался договориться с Морицем и сгладить растущие трения в общественной Церкви. На том же этапе он планировал найти выход из трудностей в церковной сфере путем созыва Национального Синода, который пересмотрел бы Бельгийское исповедание (Confessio Belgica) и сделал его в теологическом плане более гибким. В качестве первого шага он созвал подготовительное собрание в Гааге в мае 1607 г., намереваясь склонить ортодоксальную кальвинистскую партию к участию в Национальном Синоде, который позволил бы ему сделать общественную Церковь более широкой в доктринальном отношении и в большей степени подчинить ее провинциальным ассамблеям в институциональном смысле. Но большая часть собрания высказалась за то, что вероисповедание и катехизис должны остаться неизменными и что единственной задачей проектируемого Национального Синода должно быть их подтверждение. Энтузиазм Олденбарневельта к Национальному Синоду быстро охладел.

Тем не менее, необходимо было предпринять какие-либо меры, чтобы покончить с распрями, кипящими в общественной Церкви. Уже стычка между Гомаром и Арминием вызвала сильные волнения в обществе, и ропот против Арминия и его приверженцев все больше нарастал. В прошении о сложении с него обязанностей ректора Лейденского университета в феврале 1606 г. Арминий осуждал теологический раскол между христианами как худшее из зол, как разъедающую язву в теле Церкви, порождающую сомнение, атеизм и отчаяние. Но это лишь поощрило слухи, что он был нетверд в доктрине и увлекался социнианством. К 1607 г. ему открыто угрожали горожане и студенты. Арминий и его сторонники обратились за помощью к Голландским Штатам.

Олденбарневельт пытался сбить накал страстей, вынеся противоречия на суд Штатов Голландии. Это дало возможность Арминию продемонстрировать миролюбивый характер своего учения и уважение к гражданским властям, право которых на надзор над общественной Церковью и изучение доктрины он одобрял. Регенты, что вполне объяснимо, отдали предпочтение его взглядам перед убеждениями Гомара, что гражданские власти не должны вмешиваться в церковные доктрины и что Арминию, впавшему в чудовищное заблуждение пелагиан и иезуитов о свободе воли, благодати, и Спасении, необходимо запретить публично излагать свои взгляды.

Проблемы, с которыми столкнулся Олденбарневельт в теологической политике, обострились в 1608 г., в то самое время, когда противоречия по поводу перемирия достигли своего апогея. Те же самые жесткие кальвинисты, которые противились всякому мирному соглашению с Испанией, утверждая, что оно поставит под угрозу безопасность государства, одновременно стремились мобилизовать провинциальные синоды против Арминия и планов по пересмотру доктрины и управления общественной Церковью. Южноголландский синод потребовал, чтобы любой проповедник, у которого имелись оговорки в отношении конфессии, должен открыто заявить о них. Классис Алкмара, охваченный глубоким расколом, даже потребовал от своих проповедников подписаться под существующим вероисповеданием заранее или подвергнуться временной отставке. Этот выпад был направлен не только против арминианской фракции, но и против Олденбарневельта и Штатов, которые надеялись установить контроль над церковными делами.

Из 25 священнослужителей классиса 5 отказались поставить свою подпись, включая Адольфа Венатора, влиятельную личность в Алкмаре. Тогда классис, поддержанный Северголландским синодом, отстранил их от кафедр; в ответ вмешались Штаты, отменив эту отставку. Синод ответил, что Церковь не должна подчиняться власти государства и не может быть лишена права смещать священников, нетвердых в доктрине. Штаты остались непоколебимы. Венатор (который отошел от ортодоксальной доктрины еще дальше, чем Арминий) при поддержке городского совета вернул свою кафедру. Но последний остался охваченным расколом, и в декабре 1609 г. штатгальтер, который после 1617 г. лишь изредка проявлял свое предпочтение к гомаристам, использовал свои полномочия выбирать членов совета после ежегодных выборов по «двойным» спискам, чтобы привести к власти преимущественно гомаристский городской совет. Как этот ход, так и последующая отставка Венатора стали явным поражением для Штатов. Но в этот момент вмешалась городская милиция, захватила ратушу и потребовала удаления жестких кальвинистов — которые в целом были непопулярны в Алкмаре — из состава городского совета 11. Олденбарневельт с радостью пошел им навстречу, отразив вмешательство штатгальтера, несмотря на то, что это означало вопиющее нарушение прерогатив последнего и создавало опасный прецедент, позволявший городской милиции навязывать свои политические и теологические взгляды и проводить чистки правительства регентов.