После событий в Алкмаре стало ясно, что дальнейшее развитие арминиано-гомаристского спора приведет к крупным политическим потрясениям или увеличению трений в обществе. Если у кого и оставались на этот счет сомнения, они были быстро рассеяны в результате беспорядков, которые вспыхнули в следующем году в Утрехте. В течение столетий Утрехт был средоточием социальных и политических волнений и нестабильности. «Утрехт, — отмечал Яков I Английский, — всегда был подвержен бунтам и мятежам». В Утрехте давно существовали трения между гильдиями, которые с 1580-х гг. встали на сторону кальвинистской ортодоксии, и богатыми патрициями, которые по большей части склонялись к либеральной, миролюбивой теологической традиции Дуифния. Кроме социальных и теологических противоречий внутри города, имелись экономические трения между городом и остальной частью провинции. По контрасту с Гронингеном, Утрехт обладал несколькими важными привилегиями в отношении текстильного производства, и Штаты Утрехта, в которых доминировало дворянство, с 1572 г. неизменно блокировали все усилия города по сохранению за собой монополии на ткачество и другие «городские отрасли промышленности» в провинции.

Неудовольствие гильдий переросло в январе 1610 г. в восстание. Диссиденты, в рядах которых находилось большинство представителей городской милиции, под предводительством группы строгих кальвинистов во главе с бывшим бургомистром, Дирком Кантером, который поддерживал связи со штатгальтером, захватили город и изгнали тех регентов, которые были известны своим недружественным отношением к гильдиям и кальвинистской ортодоксии. Многие регенты и дворяне бежали из города, оставив в руках восставших контроль и над провинциальными Штатами.

Адвокат Штатов, Леденберг, обратился за помощью к Олденбарневельту. Генеральные Штаты назначили комиссию для встречи с «мятежниками» и «примирения» партий. Делегаты гильдий потребовали провести целый ряд перемен в администрации города, наложить запрет на занятие «городской промышленностью» в сельской местности и усиления представительства города в Штатах. Обнаружив, что компромисс труднодостижим, Олденбарневельт и Штаты Голландии убедили Генеральные Штаты подавить восстание гильдий, отправив против Утрехта войска. Мориц, под предлогом болезни, уклонился от командования экспедицией, предоставив своему младшему сводному брату, Фредерику-Хендрику, первую возможность выступить на политическую сцену. Пошли разговоры об осаде, но бравада жителей Утрехта быстро испарилась при приближении солдат. В город был введен гарнизон. Бежавшие регенты и дворяне вернулись. Наконец, в мае новый кальвинистский городской совет был смещен и к власти вернулась партия «вольнодумцев». Олденбарневельт одержал вторую победу.

Однако гомаристы, чувствуя, что располагают достаточной властью над умами, чтобы вызвать общественное недовольство против «вольнодумцев» и арминиан, постепенно стали настраивать общество против своих оппонентов в Церкви и правительстве, заклеймив их как «еретиков», пелагианцев и (в ряде случаев) социниан. Кампания, развернутая с целью помешать уклону теологии к арминианским воззрениям, постепенно стала носить характер массовой проповеди. Арминианская партия в церкви во главе с Уттенбогартом — сам Арминий умер в предыдущем году — опираясь на поддержку Олденбарневельта, решила, что лучшим образом действий в этот момент будет вступить вместе со Штатами в открытое сражение с верхушкой догматиков и разбить их, преобразовав общественную Церковь и искоренив конфессиональную ортодоксию, тем самым сведя к минимуму теологическую распрю и ее общественные последствия.

Результатом такой политики стала знаменитая «Ремонстрация» арминиан Штатам Голландии. Ее текст, составленный Уттенбогартом (вероятно, с подачи Олденбарневельта), призывал к пересмотру Нидерландского (Бельгийского) исповедания, признанию власти государства над Церковью и утверждения взглядов Арминия на предопределение. Ремонстрация, подписанная 44 проповедниками общественной Церкви, была представлена Штатам Олденбарневельтом в июле 1610 г. Тогда гомаристы приняли предложение Олденбарневельта провести теологический диспут на заседании Штатов для разрешения спорных вопросов, назначив для участия в нем по шесть человек с каждой стороны. Группу арминиан возглавил Уттенбогарт и молодой одаренный Симон Епископий (1583–1643), а гомаристов — амстердамский проповедник Планций и его лейденский коллега Фест Хоммий. Диспут начался с того, что гомаристы представили свою, в равной мере знаменитую «Контрремонстрацию», утверждавшую антиарминианскую позицию, отвергавшую пересмотр Нидерландского (Бельгийского) исповедания, отстаивавшую точку зрения Гомара по проблеме предопределения и предававшую осуждению призыв ремонстрантов к разрешению противоречий на Национальном Синоде, до созыва которого провинциальные синоды и классис должны были воздержаться от собственных суждений. Контрремонстранты настаивали на том, что Церковь имела полное право смещать священнослужителей, которые отвергали ее учение, а светские власти не должны были вмешиваться в этот вопрос.

Главным предметом ожесточенного спора между ремонстрантами и контрремонстрантами была трактовка догмата о предопределении и их противоположные позиции относительно государства и Церкви. В 1610 г. Уттенбогарт опубликовал в Гааге получивший широкую огласку трактат «О власти и полномочиях высшего христианского правительства в церковных делах», в котором отстаивал власть государства над Церковью в вопросах назначения священников, установления доктрины, созыва синодов и определения их полномочий, и право государства иметь своих представителей и оказывать влияние на работу церковных синодов. Программа Уттенбогарта, выдержанная в духе взглядов Эразма, стала теологической основой для усилий Олденбарневельта по пресечению того, что и его союзники рассматривали как потенциальную тиранию Церкви над верующими, обеспечению свободы личности, и максимальному охвату населения общественной Церковью. В глазах Уттенбогарта Церковь сама по себе не владела никакой частью суверенитета: она могла убеждать, но не принуждать, вразумлять, но не господствовать.

Первоначально борьба арминиан и гомаристов ограничивалась Голландией и Утрехтом. Но тесные связи между проповедниками в различных провинциях и между университетами, и попытки контрремонстрантов мобилизовать поддержку своих сторонников в соседних провинциях (где среди городских властей было меньше последователей Олденбарневельта, чем в Голландии и Утрехте) привели к тому, что противостояние вскоре распространилось по всей Республике и охватило все слои общества. Епископий, обучавшийся у Арминия и бывший одним из его лучших студентов, лично перенес разногласия во Франекер, куда он отправился продолжать свое образование в 1609 г. Вскоре после приезда он был втянут в столкновение с главным представителем взглядов гомаристской ортодоксии во Фрисландии, Сибрандом Люббертом. В сельской местности Фрисландии ремонстрантизм имел мало влияния. Но в Леувардене, Франекере и Доккуме арминиане нашли достаточно сторонников. В 1610 г., после волнений в Леувардене в нем взял власть придерживавшийся в религиозном смысле либеральных взглядов городской совет, который противостоял строгим кальвинистам, пользовавшимся покровительством ВильгельмаЛюдвига, и смягчил нажим на меннонитов, одновременно оказывая покровительство ремонстрантам. Эта партия в Леувардене стала известна как «политические гезы». Когда в 1615 г. Штаты Фрисландии, желавшие навязать кальвинистскую ортодоксию, вмешались, попытавшись вернуть старый магистрат — партию строго кальвинистского толка, известную как «женевские гезы», — «вольнодумцы» Леувардена обратились за помощью к Олденбарневельту. При посредничестве Генеральных Штатов Штаты Голландии отправили в Леуварден свою делегацию, предупредив Штаты о том, чтобы они не нарушали городских привилегий Леувардена. В сентябре 1616 г. Фрисландские Штаты запретили назначать во Фрисландии любого реформатского проповедника, прежде чем он не подпишет и не поклянется соблюдать верность Нидерландскому (Бельгийскому) исповеданию.