Но даже Гроций внес определенный вклад в те крупные дебаты о терпимости, которые начались одновременно с приходом к власти Фредерика-Хендрика и которые (хотя и шли на протяжении всех 1630-х гг.) достигли высшего накала в конце 1620-х гг. Гроций советовал своим идеологическим союзникам в Соединенных Провинциях начать собственную кампанию с распространения терпимости на лютеранское богослужение. Гроций, зная, что учение Лютера о свободе воли и Божьей милости близко к доктринам арминиан, считал, что большая терпимость к лютеранству в Республике в конечном итоге приведет к признанию Генеральными Штатами учреждения отдельной Ремонстрантской Церкви.

Между тем Уттенбогарт выступал за более широкую терпимость, и его мнение разделяли коллеги, среди них Паше де Фейне, который в своих трактатах этих лет горячо осуждал нетерпимость и «кальвинистский пыл» контрремонстрантов, а вместе с ними и все религиозные преследования как губительные для человеческой свободы и для экономического процветания. Подобно Уттенбогарту и Епископию, он указывал на коммерческий и промышленный упадок, охвативший Голландию и Зеландию в 1620-х гг. как неопровержимое доказательство вредных последствий религиозных гонений, приписывая экономическое бедствие преследованию купцов и ремесленников, придерживавшихся арминианства, некоторые из которых предпочли эмигрировать. И Уттенбогарт, и де Фейне настаивали на терпимом отношении к другим Церквям, кроме Ремонстрантской. Уттенбогарт пошел даже дальше, и в своем трактате, адресованном Фредерику-Хендрику в 1639 г., призывал предоставить католикам в Соединенных Провинциях полную и неограниченную свободу богослужения. Но только Епископий среди ремонстрантских публицистов конца 1620-х–1630-х гг. выработал полноценную доктрину терпимости, отбросив все предпосылки прошлого и ратуя за неограниченную свободу как совести, так и церковных обрядов, признавая равную ценность различных форм религий и верований. Он был также первым, кто после Корнхерта и до Уттенбогарта недвусмысленно высказывался в пользу терпимости католического богослужения, в отличие от тайных молитвенных собраний. Епископий, возродив дух Корнхерта, стал поборником широкой концепции терпимости, традиции, нашедшей продолжение в трудах Филиппа ван Лимборха в конце столетия, и позднее оказавшей влияние на Локка.

Различие между взглядами Епископия, выраженными в его ключевом трактате «Vrye Godes-dienst» (1627) и «Apologia pro Confessione Remonstrantium» (1629), и взглядами Уттенбогарта и де Фейне заключались в том, что амстердамец черпал свои принципы терпимости из своей теологии, разработав отдельные ее положения, чтобы сделать ее внутренне непротиворечивой. Согласно Епископию, христиане в целом не имели разногласий между собой в отношении сущности своей веры. Большинство современных теологических диспутов возникало из-за второстепенных, малосущественных вопросов, консенсус по которым был необязателен и невозможен. Широкое разнообразие взглядов могло с полным правом происходить из Священного Писания, и это означало, что многообразие вероучений не несло в себе вреда и даже представляло определенную ценность в глазах Бога, так как каждое из них содержало в себе крупицы истины. Соответственно, взгляды каждой отдельной личности на Писание должны быть значимы в глазах других людей, Церкви и государства. Таким образом, разногласия в истолковании Священного Писания Епископий считал позитивным благом, тогда как Арнольди и другие контрремонстранты рассматривали такие расхождения как проклятие. С самого начала Епископий уделял столь же много внимания свободе совести личности и недопустимости принуждения в любой данной Церкви, как терпимости к богослужению для других Церквей.

«Vrye Godes-dienst» («Свобода религии») Епископия, написанная в форме диалога между двумя мирянами — ремонстрантом и контрремонстрантом, вызывает воспоминания о бесчисленных мирских стычках, в течение двух десятилетий пронизывающих всю жизнь голландского общества — как под сводами городских ратуш, так и в тавернах и на пассажирских баржах. Контрремонстрант доказывает, что общество будет более стабильным, а государство — сильнее, только если одной Церкви будет разрешено публично совершать богослужения, проповедовать, издавать духовную литературу и учить своей вере, при поддержке государства. Напротив, арминианин у Епископия придерживается мнения, что предоставление свободы богослужения всем Церквям и свобода проповеди и учения освободит общество от постоянного напряжения и угнетенности, неизбежной в тех случаях, когда существует много точек зрения и верований, но только одно истолкование Священного Писания считается общепринятым. Там, где государство принуждает кого-либо к конкретной конфессии, запрещая все другие воззрения, внутри общественной Церкви неизбежно будут расти сопротивление и разочарование, так же как вне ее, у тех, кто отвергает ее в своем сердце. Но точно так же ошибочны и нарушают свободу личности все усилия задушить внутреннюю критику положений веры со стороны церковных властей и в диссентерских Церквях, в их желании сохранить единообразие учения и чистоту веры. Ни один человек не может судить другого или считать свои религиозные убеждения единственно верными. У каждого есть равный доступ к Слову Божьему и Божественной истине. Не только преследования, но и церковная власть, навязывающая принуждение в любой его форме, является ошибочной и наносит вред обществу, не только потому, что она вызывает сопротивление и подрывает основы политической и экономической жизни, но, в еще большей степени, потому, что принуждение препятствует истинному исследованию Писания и превращает человека в бездумное ничтожество, или, еще того хуже, в лицемера, отвергающего в своем сердце то, о чем он заявляет публично.

Толерантность, по мнению Епископия, укрепляет государство, потому что государство находится в безопасности лишь тогда, когда его граждане живут в согласии, а это может быть достигнуто лишь там, где не существует препятствий и ограничений в отношении свободы совести, изучения Священного Писания и отправления церковных культов. В свободном обществе никто не будет сопротивляться государству и желать свергнуть его. Напротив, его граждане, какого бы вероисповедания они ни придерживались, будут дорожить им и защищать его. Ненависть к государству, которая порождает заговоры и мятежные настроения и делает граждан нежелающими защищать его — это продукт нетерпимости и недостатка свободы. Только «свободные умы и сердца, — настаивал он, — готовы поддерживать общее благо». Как же Епископий примирял это с той угрозой, которую представляла среди войны с Испанией и Южными Нидерландами враждебность голландских католиков? Он берет быка за рога, доказывая, что католики должны пользоваться такой же свободой культа, как и представители других конфессий, при условии, однако, что будут приняты политические предосторожности. Для обеспечения безопасности государства Епископий предлагал, чтобы католики «объявили, что будут вести себя как честные и верные подданные, соблюдая законы страны», и принесут клятву верности перед магистратом, «отринув все положения, которые могут освободить их от такой клятвы».

Какой же должна была стать общественная Церковь в условиях предложенной Епископием терпимости, если она не могла иметь ни конфессиональной дисциплины, ни церковной власти? Епископий отвечал, в своей «Apologia», что ремонстранты не отрицают за общественной Церковью, или любой другой Церковью, права следить за дисциплиной вероучения и поведения, основанной на духовной власти. Они отвергают только то, что общественная Церковь, или любая другая Церковь, могла на законных основаниях принуждать, или наказывать своих членов — при поддержке светских властей или без нее. Единственная власть, которая оставалась у Церкви — это власть учить и убеждать, осуществляя чисто духовное воздействие. Только этот вид власти мог вызвать истинное и искреннее согласие. Таким образом, светские власти не только не имели права навязывать народу какие бы то ни было церковные доктрины, но и не должны были пытаться влиять, на теологических основаниях, на его образ жизни и личную мораль.