Но, несомненно, самый крупный очаг хронической нестабильности возник в конце 1620-х гг. в Амстердаме. К 1627 г. Роттердам открыто бросил вызов другим голландским городам, отказавшись разгонять ремонстрантские молитвенные собрания. Но в Роттердаме контрремонстранты не имели значительной поддержки. Совершенно иным было положение дел в Амстердаме. Когда арминиане заняли все ключевые места в городском управлении и вступили в борьбу за контроль над городской милицией, напряженность и взаимное озлобление возросли. Выбранные в феврале 1628 г. бургомистры во главе с Андресом Викером и Якобом де Греффом, возглавив городскую «арминианскую» фракцию, которая доминировала в амстердамской политике в течение следующего десятилетия. Городские проповедники, во главе со Смоутом, возмущенные тем, что город отказался от прежней позиции в пользу более либеральной политики и попустительства ремонстрантским собраниям, почти открыто стали подстрекать население против регентов. 8 марта 1628 г. молитвенное собрание ремонстрантов было снова разогнано бунтовщиками. Бургомистры, прекрасно знавшие о ненадежности своего положения и глубоких противоречиях в рядах городской милиции, попросили штатгальтера лично прибыть в город для наведения порядка. Фредерик-Хендрик появился в сопровождении двух членов Делегированных Советов — одного арминианина и одного контрремонстранта — и эскорта из дворян. Принц потребовал объяснений от обеих сторон: бургомистры жаловались на проблемы, которые создавали мятежные проповедники, возбуждавшие население, консистория — на терпимость городского совета к арминианским собраниям. Группа купцов-контрремонстрантов и директоров Амстердамской палаты Ост-Индской компании также обратилась к штатгальтеру с прошением возвратиться к политике его брата и запретить сходки ремонстрантов. Принц призвал обе стороны к умеренности и спокойствию.

Но эффект его приезда скоро сошел на нет. Новые беспорядки вспыхнули, когда бургомистры заменили контрремонстрантского капитана милиции хорошо известным «арминианом», Яном Клаусзоном Влосвиком, который был изгнан из амстердамской милиции в 1618 г. Тогда часть роты Влосвика отказалась служить под началом человека, которого они назвали «безбожным вольнодумцем» и также была уволена из милиции. Амстердамская милиция, насчитывавшая 800 человек, была охвачена опасным брожением. Появились памфлеты, открыто призывавшие к неповиновению, объявлявшие городскую милицию истинной защитницей народа, общественной Церкви и привилегий города, напоминая о той решающей роли, которую она сыграла в свержении католического городского совета в 1578 г. Бросив вызов бургомистрам, делегация мятежного контрремонстрантского ополчения и горожан во главе с врачом Карелом Ленарцем в декабре 1628 г. направилась в Гаагу, дабы формально подать свой протест Генеральным Штатам и получить ответ от штатгальтера. Податели петиции, утверждавшие, что представляют бюргеров Амстердама, жаловались, что городской совет нарушил свое обещание перед штатгальтером, сделанное в его присутствии в апреле, поддерживать общественную Церковь и «не вызывать неудовольствия» у населения. Они осуждали не только новоявленную снисходительность в отношении арминианских молитвенных собраний, но также терпимость к амстердамским католикам, которые, по их убеждению, пользовались теперь большей свободой, чем в любое другое время после 1578 г., предаваясь «своему суеверному идолопоклонству, словно находились в Испании», и регулярно проводили церковные службы в 40 различных домах города.

Податели петиции также подвергли нападкам конституционные принципы арминианской фракции, контролировавшей теперь Амстердам. Идеологическая схватка вращалась вокруг «Апологии за легитимное правительство Голландии» Гроция, тайно опубликованной в 1622 г., в которой утверждалось, что каждая из семи провинций обладает полным суверенитетом в своих границах, в том числе и в церковных делах. Книга, запрещенная Генеральными Штатами в ноябре 1622 г., была без колебаний изъята из продажи в нескольких городах Голландии, но мятежные горожане жаловались, что ее дважды издавали и свободно распространяли в Амстердаме, словно она была официальной версией событий 1618–19 гг. и связанных с ними конституционных вопросов. Они осуждали книгу Гроция как втройне подстрекательскую, ставящую под угрозу власть Генеральных Штатов, штатгальтера и общественной Церкви.

Подобно Гроцию, амстердамский муниципалитет считал городскую милицию чисто гражданской по своему характеру. С их точки зрения, она не представляла ни народ, ни Союз и не имела полномочий защищать общественную Церковь или обращаться к Штатам Голландии или штатгальтеру. Столкнувшись с неподчинением, принявшим такие угрожающие размеры, бургомистры серьезно встревожились и попросили штатгальтера прислать войска, чтобы помочь им овладеть ситуацией и восстановить порядок. Штатгальтер направил в Амстердам шесть рот регулярной пехоты. Зачинщики беспорядков были арестованы. Ленарц предстал перед судом, был приговорен к крупному штрафу и бессрочному изгнанию. Городская милиция подверглась дальнейшей чистке и принесла новую присягу.

Подавление бунта амстердамской милиции и поддержка штатгальтером городского совета войсками довела дебаты о Союзе, общественной Церкви и роли городской милиции до точки кипения. Из-под печатных станков хлынули бесчисленные теолого-политические памфлеты. Против «арминианских» городских властей выступали все более возмущенные контрремонстрантские городские советы Лейдена, Харлема, Гауды и Утрехта. В Штатах Голландии контрремонстранты отказались осудить действия амстердамской милиции, несмотря на то, что они представляли прямой вызов режиму регентов. Голландия была расколота противоречиями больше, чем другие провинции. Но, с оглядкой на бедственную внешнюю ситуацию Республики, ни одна из сторон не желала, чтобы эскалация противоречий дошла до такого уровня, когда она могла бы потрясти устои режима или вызвать крах государственного механизма.

В 1625–28 гг. Соединенные Провинции оставались в условиях осадного положения снаружи и возраставшей напряженности внутри. Почти не заметно было признаков облегчения упадка в торговле или мрачной стратегической ситуации, напротив, и то, и другое, в определенной степени, ухудшилось. Габсбурги распространили свою власть на северную Германию. Коммерческий упадок продолжался на протяжении 1625–29 гг., когда, кроме существующего эмбарго и расстроенной системы торговли, вызванной шведско-польским конфликтом на Балтике, испанцы установили речную блокаду и организовали морские экспедиции против Соединенных Провинций. Каперы, действовавшие из Дюнкерка и Остенде, захватили множество голландских судов в Северном море и Ла-Манше, что привело к повышению голландских ставок на фрахт и, особенно в 1625 и 1627 гг., нанесло крупный ущерб голландским рыболовецким флотилиям. Но при всем при этом пик кризиса миновал. Фредерик-Хендрик терпеливо и умело справлялся с трудностями, оказавшись более твердым и решительным государственным деятелем, чем Мориц в последние годы своей жизни. Что еще более важно, после захвата Бреды испанцы не смогли продолжать свое наступление по суше. Республика на этом этапе переживала серьезные трудности, и испанские министры знали об этом. Но расстроенное состояние испанских финансов, вызванное возобновлением войны в Индиях и тяжелыми потерями в людях и деньгах в ходе кампании против Бреды и Берген-оп-Зома заставили даже Оливареса признать, что наступление следует остановить. В мае 1625 г. Государственный Совет в Мадриде решил прекратить наступательную операцию против голландцев на суше, привести Фландрскую армию в оборонительное положение и сократить на 1/6 средства, поступавшие из Испании на ее содержание. Третий фактор, способствовавший смягчению кризиса, заключался в том, что, хотя испанская речная блокада парализовала речную торговлю Республики с южными Нидерландами и Рейнландом, ущерб был компенсирован, по крайней мере, в той части, в какой это касалось населения, возникновением излишков съестных припасов в самой Республике. Действия испанцев вызвали резкое падение цен на продовольствие, к большому облегчению страдавшего от тягот войны городского населения.