Раздел сфер влияния продолжался в Италии и в конце XVI века, но гегемония Испании вопросов почти не вызывала. В 1564 году Франция и турки оказали помощь восстанию корсиканцев против генуэзского владычества, при этом генуэзцев поддержали испанские войска. Мятежники, возглавляемые Сампьеро Корсо, умело использовали особенности ландшафта, однако Испания обладала на тот момент самой обученной профессиональной армией в Европе, к тому же сами корсиканцы, увы, не были едины (сказывались последствия многолетних междоусобных раздоров), и к 1569 году генуэзский контроль был восстановлен. Междоусобицы были и в других местах, особенно на Сардинии. В 1560-х годах в ходе восстания в лигурийском маркграфстве Финале был изгнан жестокий правитель Альфонсо дель Карретто, но в 1571 году вмешался Филипп II, и власть была возвращена представителю старинного аристократического рода. В Казале-Монферрато испанские войска помогли герцогу Мантуанскому Гульельмо Х (пр. 1560–1587) подавить восстание, вызванное его действиями по ограничению налоговых и судебных льгот. События на Корсике, в Финале и Казале стали важными примерами проявления и демонстрации испанской власти. Генуя выполняла функцию банка испанской империи, Корсика находилась на важном пути передвижения испанских войск в Италию, Финале был портом для высадки войск с острова, а Казале – крепостью, которая стояла на пути их следования на север.

Впрочем, не всегда для подавления восстаний было необходимо вмешательство Испании. В 1573 году Гвидобальдо II, герцог Урбино, самостоятельно прекратил мятеж против введения новых налогов. После смерти бездетного герцога Феррары и Модены Альфонсо II д’Эсте в 1597 году законная линия династии д’Эсте оборвалась. Император Священной Римской империи Рудольф II признал наследником Чезаре д’Эсте, двоюродного брата умершего. Однако папа римский Климент VIII воспротивился и посчитал власть Чезаре незаконной. В 1598 году, несмотря на усилия молодого герцога Чезаре, просившего помощи у соседних правителей, Феррарское герцогство перестало существовать и стало частью Папской области. Семейство д’Эсте продолжило править Моденой до 1803 года. Республиками продолжали оставаться Венеция, Генуя и Лукка, но такая модель правления в Северной Италии в целом не была распространена, не говоря уже о других странах.

В это же самое время Италия была вторым после Испании центром контрреформации – церковно-политического движения по борьбе с протестантизмом и возрождению былого влияния католицизма. В Италии протестантов никогда не было, потому что ортодоксальный католицизм там всегда поддерживался церковными властями, а затем и инквизицией. Так, к примеру, по указу папы Климента VIII был сожжен на костре Доменико Сканделла, или Меноккио (1532–1599), занимавшийся самообразованием мельник из деревушки Монтереале во Фриули, который отринул идею о сотворении мира Богом и держался своеобразных пантеистических убеждений. Инквизиция, новый институт, учрежденный папской властью, в одних регионах встречал поддержку (Неаполь), в других же – активное сопротивление (Венеция).

Контрреформация зародилась в епископском городе Тренто, в котором с 1545 по 1563 год проводился знаменитый Тридентский собор. Со временем движение приобрело немалый масштаб, включив в свою «программу» строительство новых храмов и восстановление старых. В Риме дух контрреформации вкупе с возрождением власти Папской области выразились в перестройке города в новом стиле барокко. Происходило это главным образом в период правления папы Сикста V (1585–1590). Изменились и обрядовые конвенции: в частности, бо́льшую роль стало играть таинство евхаристии. Следовательно, стал меняться и внутренний облик храмов. Например, в соборе Святого Иоанна Крестителя на Латеранском холме в Риме с 1599 года новым средоточием храма стал алтарь Святого причастия. Если говорить в максимально общем смысле, то новая архитектура стала воплощением изменившихся функций и переосмысленных откликов. Новые тенденции выразились и в такой науке, как фортификация: строительство равелинов и других сооружений alla moderna, обеспечивающих прикрытие от артиллерийского огня, позже они войдут в историю как итальянская «бастионная система укреплений» (trace italienne).

Политическое значение веяний в искусстве было налицо по всей Италии, и особенно в Венеции, нарочито отказавшейся от стиля церковной архитектуры, который ассоциировался с лояльностью к папской власти. Вместо этого акцент был сделан на реформы в области религии и культуры: в частности, была перестроена церковь Сан-Сальвадор, более строгая и аскетичная, чем собор Святого Петра в Риме. То же касалось и храмов на материковой территории республики, например Дуомо Нуово (1604) в Брешии. Его высота, олицетворявшая помимо прочего и могущество, должна была превосходить мирские постройки раннего Средневековья, такие как Палаццо Бролетто и Торре-дель-Пеголь («народная башня»).

В период контрреформации интерьеры многих средневековых зданий были расписаны фресками, а в храмах появились новые алтари (например, в Веронском соборе). В более общем плане искусство контрреформации выражало масштаб самого явления, а также опиралось на ряд традиций, в том числе страстное стремление к преобразованиям, гуманистическому идеалу многознания и чувственной утонченности. Эти противоречия отражались, в частности, в знаменитой светотени одновременно натуралистической и театральной живописи Микеланджело Меризи да Караваджо (1573–1610). Среди ярких образцов могут быть названы его «Обращение Савла» и «Распятие святого Петра», находящиеся сейчас в римской церкви Санта-Мария-дель-Пополо, а также «Семь деяний милосердия», находящаяся в Неаполе в церкви Пио-Монте-делла-Мизерикордия, в которой с 1601 года располагалась благотворительная организация, созданная для предоставления займов беднякам.

Однако религиозными учреждениями все не ограничивалось. В Милане, бывшем одним из центров контрреформации, талантливые архиепископы из семейства Борромео занялись вопросом воспитания детей. Карло Борромео (1538–1584), племянник папы Пия IV, был в возрасте двадцати двух лет назначен архиепископом Милана и приложил немалые усилия в деле оказания помощи бедным во время голода 1570 года и чумы 1576 года. В 1610 году он был канонизирован, а облик его запечатлен на многочисленных портретах.

Важной частью поддержания католических традиций была благотворительность; если же говорить о чтении проповедей, то эта деятельность должна была сочетать в себе идеал нравственной жизни и пафос духовного обновления. Бесспорно, положительной стороной контрреформации было стимулирование реформ существующих церковных институтов. Церковь играла решающую роль в сфере социальной защиты и в деле объединения мирской духовности с церковной бюрократией.

При этом всякие попытки восстановить церковное единство посредством доктринального компромисса с протестантством были отвергнуты, а все усилия были направлены на уточнение и закрепление основных постулатов католического вероучения. Подход был жестким и нетерпимым, став предтечей папской политики XIX и большей части XX века. В 1564-м по итогам Тридентского собора был подтвержден Никейский символ веры с добавлением filioque, папа Пий IV (1559–1565) принял «Указатель запрещенных книг», а Карло Борромео работал над созданием нового катехизиса 1566 года. В 1570 году Пий V отлучил от церкви английскую Елизавету I, что ознаменовало начало очередной Религиозной войны. В 1712 году он был причислен к лику святых.