В детстве Васенька был вялым и хилым по здоровью, часто капризничал. Как всякий первый ребёнок в разросшейся впоследствии семье, с трудом делился родительским вниманием с младшими братьями и сёстрами. Мать, тревожась за состояние и поведение сына, писала в дневнике: «Мой старшенький сыночек меня огорчает своим непослушанием и очень смущает своим неумением ничего делать, всё ему лень, всё ему скучно». Тревожился и отец. В 1920 году в своём «Завещании детям» он особенно поминает Васю: «Милые мои детки! Привыкайте, приучайте себя всё, что бы ни делали вы, делать отчётливо, с изяществом, расчленённо; не смазывайте своей деятельности, не делайте ничего безвкусно, кое-как. Помните, в „кое-как“ можно потерять всю жизнь… более всего опасаюсь, что мой первенчик Васенька оплошает и будет жить спустя рукава. Дай Господи чтобы то было не так. Но опасаюсь, что Вася выйдет в своего дядю Шуру».

Сложно сказать, что имел в виду отец Павел, сравнивая Василия со своим средним братом. Может быть, и брат отличался какой-то несобранностью в детстве, но в молодости это был смелый, по-кавказски решительный человек, побывавший на фронтах Первой мировой и Гражданской войн. Позже брат Шура стал крупным геологом и этнографом, обрёл в Тифлисе множество единомышленников среди своих учеников.

Именно в этой страстной увлечённости геологией Василий Флоренский в итоге, действительно, оказался подобен дяде Шуре. Кандидат геолого-минералогических наук, он сделает немало открытий в области петрографии осадочных и метаморфических пород, будет проводить исследования в Средней Азии, Поволжье, Приуралье и на Кавказе. Будет деканом геологоразведочного факультета Московского нефтяного института им. И. М. Губкина в самое тяжёлое время — с 1938-го по 1947 год. Примет активное участие в эвакуации института в Башкирию, наладит учебный процесс на новом месте, возглавит комиссию по реэвакуации. Организует студенческий кружок «Петрограф», который существует и по сей день. Василия Павловича Флоренского наградят медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне» и двумя орденами «Знак почёта». Но главное — наука, главное — страсть к недрам земли, к её тайнам. И эта страсть для Флоренских — семейная, родовая. Это важнейшая область знаний и для отца Павла.

Становление Василия Павловича как учёного во многом определилось письмами отца из заключения — с Дальнего Востока и Соловков. Отец делился с сыном научными наблюдениями, присылал наброски статей и рисунки по минералогии, размышления по поводу вечной мерзлоты и агрегатных состояний воды. Отец всячески вдохновлял сына и призывал не размениваться на мелочи, направлял его научные поиски, подсказывал полезную литературу, наставлял в том, как выстроить методологию и образ жизни учёного, сформировать мировоззрение исследователя: «В области, над которой ты работаешь, необходимо воспитать в себе чувство пейзажа, и тогда многое из достающегося без этого чувства путём кропотливым и легко ведущим к заблуждению, даётся само собою. Поэтому было бы очень полезно, если бы ты старался формулировать, чем характеризуется стиль пейзажа, виденного тобою, — сначала отдельными штрихами, несистематичным перечнем отдельных, всплывающих в сознании признаков, а затем постепенно сращивая эти признаки в единое описание типа».

В свою очередь сын был надёжной связью с тем миром идей, который много лет созидал Флоренский в Сергиевом Посаде и от которого с 1933 года был оторван. Василий как никто другой знал, как сберечь отцовское наследие, как воплотить естественнонаучные идеи отца. Этих идей хватило семье на два поколения: три сына, большинство внуков, часть внучек и правнуки Флоренского связали свою жизнь с геологией.

Старшего внука, своего тёзку Павла — первенца собственного первенца Василия, — Флоренский застал как будущее рода. Он знал о нём только из писем, видел его лишь на фотографиях, присылаемых из дома, но при этом чувствовал с внуком неразрывную духовную связь. Дед писал сыну и невестке о том, в какой атмосфере следует растить ребёнка, как благотворны для него будут классическая музыка и русская литература. Дед вымолил младенца во время тяжёлой болезни, помогал выбирать для него имя.

Василий же стал отцом не только сыну, но и всему семейству. Подобно тому, как отец Павел после смерти своего отца взял на попечение мать, младших братьев и сестёр, Василий должен был выполнить наказ отца, оказавшегося в заключении: «Ты должен думать о маме и о братьях и сестрах. Говорю „должен“ не в моральном смысле, о котором можешь догадываться и сам, а в смысле твоих собственных интересов, так как, утратив живую связь с мамой, братьями и сёстрами, ты потом уже не сумеешь её возобновить и останешься в пустоте».

На протяжении всей жизни слабый здоровьем, к тому же изнуривший себя самоотверженным трудом во время войны, Василий Павлович Флоренский умер в возрасте сорока четырёх лет от скоротечной болезни. Судьба отца, финал его жизни остались сыну неведомы. Но за свой недолгий век он успел выполнить отцовский завет: никогда не оставлял мать, взрастил не только собственных детей, но и братьев и сестёр.

При этом Василий Павлович всегда ощущал отцовскую поддержку. И главным стало даже не научное и житейское наставничество, а непрестанная молитва. На семилетие сына Флоренский составил сугубую молитву. Звучит она так:

«Господи Боже наш, Великий и Многомилостивый, милосердствующий над созданием Своим и не дающий ему впасть в отчаяние! Со слезами горькими и тоскою просил Тебя, недостойный раб Твой, о младенце, сем Василии — да дашь мне его, — и дал мне его. И колькраты молил Тебя, да исцелишь его, — и исцелял его. И утешал им меня, и помогал мне ради него. Ныне, Господи, се предстал я пред Тобою с любезным чадом моим Василием, Тобою посланным мне на радость души моей, и [пред] Престолом святым Твоим преклонив колена, молю Тебя, приими его, свершившаго первую седмицу лет своих и ныне вступающаго в сознание свое, приими в служение Твое, дай силу ему ходить пред лицем Твоим и работать славе Твоей, да исполнит заветы Твои, Господи, и да возлюбит Тебя всем сердцем своим и всею душою своею и всем разумением своим, и да получит блаженства Твои неизреченныя и да молит Тебя, Владыку Всемилостиваго, о грехах родивших его — недостойнаго иерея Павла и Анны, и дедов своих Александра, Ольги, Михаила, Надежды, и прадедов своих Иоанна, Анфисы, Павла, Софии, Феодора, Агафии, Петра, Анны и всех предков своих, ибо первенец рода есть, и да продлит род свой непресекновенно. Пресвятая Владычице Богородице, спасай сына моего, блюди его от прегрешений отрочества его! Преподобнии и богоноснии отцы наши Серафиме, Саровский чудотворче, и Сергие, Радонежский чудотворче! Святии святителие Василие Великий и Василие Рязанский! Святии равноапостольнии цари Константине и Елено! Святая Равноапостольная Марие Магдалино и святая царице мученице Александро и вси святии — молите Бога о