В действительности Иоанн всё-таки встревожен загадочной кончиной бывшего митрополита и ждёт, может быть, что подозрительно настроенная Тверь окажет сопротивление. Опричники обступают город с разных сторон, однако бездействуют в ожидании повеления царя и великого князя. Сам Иоанн останавливается в Отрочь монастыре и проводит дознание, каким образом неустановленный зной так плотно заполнил тесную келью почившего старца, тогда как в соседних кельях не приключилось никакого угара. Дознание приводит к тому, что кончина Филиппа была подстроенной, преднамеренной, по злодейскому умыслу и что архиепископ Пимен, его давний враг, оказывается замешан и тут. У православной церкви на этот счёт не оказывается сомнений. «Четьи минеи» повествуют в день поминовения святого Филиппа:

«Царь положил свою грозную опалу на всех виновников и пособников его казни. Несчастный архиепископ Пимен, по низложении с престола, был отправлен в заключение в венёвский Никольский монастырь и жил там под вечным страхом смерти, а Филофей рязанский был лишён архиерейства. Не остался забытым и суровый пристав святого — Стефан Кобылин: его постригли против воли в монахи и заключили в Спасов Каменный монастырь на острове Кубенском. Но главным образом гнев царский постиг Соловецкий монастырь. Честолюбивый игумен Паисий, вместо обещанного ему епископства, был сослан на Валаам, монах Зосима и ещё девять иноков, клеветавших на митрополита, были также разосланы по разным монастырям, и многие из них на пути к местам ссылки умерли от тяжких болезней. Как бы в наказание всей братии разгневанный царь прислал в Соловки чужого пострижника для управления монастырём в звании строителя. И только под конец дней своих он вернул своё благословение обители, даруя её большими денежными вкладами и вещами для поминовения опальных и пострадавших от его гнева соловецких монахов и новгородцев...»

В наказание за то, что в стенах Отроча монастыря совершилось столь тяжкое преступление, при явном попустительстве или тайном участии иноков, Иоанн осуществляет своё давнее намерение, в знак наказания за столь тяжкий грех, хотя бы отчасти приблизить православные монастыри к первоначальной, спасительной бедности: он повелевает изъять казну и прочие монастырские ценности, а расположенное в Твери подворье архиепископа Пимена подвергает полному, беспощадному разорению и храмовые врата отсылает в Александрову слободу. Затем наступает затишье. «Граждане, и купцы, и ремесленники стали надеяться, что грабёж не распространится дальше». Надежды посадского люда сбываются полностью: расправы и грабежи не касаются ни рядовых жителей города, ни торговых людей, ни тем более мирных ремесленников. Иоанн действует так, как всегда: обдуманно, расчётливо, приготовясь загодя, издалека. По всему видать, что ему давно известны многие, если не все нити широко разветвлённого заговора. Его именем и в Твери, и в Торжке, и в Бежецком верхе, и в Великом Новгороде, и в Пскове подвергаются разорению и казни лишь те, кто стоит во главе заговорщиков или составляет их боевые дружины, без которых ни один сколько-нибудь серьёзный заговор не может существовать. Что бы ни затевала Литва, с одной стороны, что бы ни затевали Великий Новгород и Псков, с другой стороны, они не могут обойтись без тех, кто обижен, опален и отбывает наказание за прежние свои прегрешения, и два дня спустя опричники избивают татар и литовских пленников, присланных на строгое жительство в Тверь, причём обнаруживается, что пленные, которым надлежало жить в заточении или под строжайшим надзором местных властей, благоденствуют на свободе, вступают в дружеские сношения с тверскими боярами, а татары вооружены и изготовились воевать, собственно, против кого?

«Пленных поляков, которые после взятия Полоцка были уведены сюда, он рассёк на куски приблизительно в количестве 500. Он приказал также вывести 19 пленных татар, которые, услыша, что произошло с поляками, спрятали у себя в рукавах ножи. В то время как против них, поставленных подряд, обнажили мечи, каждый из татар по данному знаку схватывает нож и пронзает нападавших телохранителей, в особенности же вождя этого тиранства они пронзили так жестоко, что из него выпали внутренности. Он, уже раненный, видя себя попавшим в великую опасность, велит сообщить тирану, что сделали татары. Тот, получив известие, немедленно посылает стрельцов с приказом прикончить татар ружейными пулями, а затем рассечь на куски...»

В этой истории, оставленной Шлихтингом, множество несуразиц, бьющих в глаза, что выдаёт нелепые вымыслы не очевидца, а преднамеренного клеветника. Не может быть, чтобы против девятнадцати пленных татар Иоанн отправил такое же количество телохранителей, и если пленным татарам, пользуясь внезапностью нападения с их стороны, даже удаётся зарезать ровно столько же, то есть девятнадцать, из воинов, между прочим, хорошо подготовленных, вооружённых мечами, более смертоносным оружием, чем их ножи, то возникает вопрос, что после этого делают остальные? Разве они вкладывают в ножны мечи и терпеливо ждут, пока их зарежут? Или если предположить, что отборные воины особного двора перепугались как последние трусы и в панике разбежались, не страшась наказания со стороны «тирана», царя и великого князя, то чего ради татары, вооружённые только ножами, получив свободу на час или два, пока к Иоанну и от Иоанна скачут гонцы, остаются у той же стенки и ждут, когда на помощь перепуганным телохранителям примчатся стрельцы, чтобы их расстрелять, а не пытаются скрыться, пользуясь замешательством в рядах своих палачей?

Всё-таки из этого злонамеренного, однако придурковатого сочинения следует, что пленные татары, вместо того чтобы сидеть под замком, имеют ножи, стало быть, что они готовятся к какому-то вооружённому выступлению, понятно, что вместе с кем-то, кто их призвал и вооружил, поскольку, как известно, оружие не падает с неба, и этими кем-то могут быть только тверские бояре. Многие из них сохраняют самостоятельность времён Тверского великого княжества. Их наследственные вотчины занимают в два, в два с половиной раза больше земли, чем поместья московских служилых людей, обязанных службой царю и великому князю. Значительная часть сидящих на этих землях помещиков обязана службой тверским князьям и боярам. Некоторые из тверских князей, бояр и служилых людей вообще никому не обязаны службой и владеют землёй на правах удельных, вполне автономных владений. Это серьёзная вооружённая сила, которая, видимо, должна была в нужный момент пополниться пленными татарами, литовцами и поляками. Для чего? Только не ради того, чтобы участвовать в походах царя и великого князя против Литвы или крымских татар, и повелением Иоанна опричники разоряют дома тех тверских князей и бояр, кто успел породниться или вступил в иные близкие отношения с присланными под их надзор пленными татарами, литовцами и поляками. Очень возможно, что непредвиденное сопротивление татар и внезапная гибель нескольких ошеломлённых товарищей только разжигают жажду мести и безрассудную страсть к разрушению, которая, как известно, вспыхивает слишком легко и с трудом укрощается волей рассудка. Расправа с тверскими боярами приобретает характер погрома: опричники грабят амбары и торговые склады, в домах выламывают окна и двери, превращают в негодность домашнюю утварь, стремясь, обычное поведение Иоанна, надолго отбить охоту не только к заговорам разного рода, но и склонность с подозрительной быстротой прощать вчерашних врагов, что так свойственно простодушному русскому человеку, тем более оставлять оружие вчерашним врагам.