На Городище заводится следствие. На очную ставку предъявляют Василия Данилова, бывшего главу Пушкарского приказа, обличённого вора и заговорщика, двух пушкарей, литвина и немца, пойманных с грамотой, писанной к литовским властям, Сабурова, Юрьева, в обозе доставленных из Москвы, новгородского дьяка Бессонова, другого дьяка, Румянцева, и их подчинённых, уже сознавшихся участников заговора, пособников в финансовых махинациях новгородских монастырей и архиепископского двора. Пимен, видимо, свою вину признает, по крайней мере в нарушении льгот, прописанных в грамотах, полученных от царя и великого князя. Участников очной ставки, отыгравших свою последнюю роль, предают смертной казни и тела выставляют на всеобщее обозрение, как старинный обычай велит. Иоанн отправляет послание митрополиту Кириллу. В послании он извещает о том, что Пимен виновен, и просит пастырского совета, как с ним поступить. Митрополит Кирилл, не мешкая, созывает освящённый собор и предаёт гласности послание царя и великого князя. Освящённый собор приговаривает, не сморгнув глазом, а митрополит Кирилл утверждает в ответном послании, что «приговорили они на соборе новгородскому архиепископу Пимену против государевой грамоты за его бесчинье священная не действовать». Опираясь на приговор, вынесенный освящённым собором, подтверждённый митрополитом, Иоанн имеет право на месте, на площади Великого Новгорода, отнять у Пимена жизнь или на худой конец лишить его высокого сана. Он не делает ни того, ни другого. Больше всего он опасается быть обвинённым в бесчинстве, не столько здесь, на земле, сколько там, на беспристрастном небесном суде. Он находит необходимым, как поступил и в деле митрополита Филиппа, предать Пимена открытому, правильному суду, не говоря уж о том, что Пимен ещё нужен ему для обличительных очных ставок в Москве, и он вновь обращается к митрополиту Кириллу с письмом. Он извещает, что всего лишь «архиепископу Пимены служити не велено», и настаивает: «А сану бы с него до подлинного сыску и до соборного уложения не снимати». И не с одним митрополитом Кириллом он держит совет в этом сложном, тяжёлом, чрезвычайно запутанном, кровью пропитанном деле. Дознание обнаруживает, что едва ли не все новгородские монастыри повинны в неправом стяжании, заражены ересью и склонны к измене. Лишь одну-единственную обитель, поставленную в торговой стороне Великого Новгорода, не затронула прилипчивая зараза, может быть, усердием благочестивого старца Арсения, затворника, праведника, заслужившего почтенную славу святого. Время от времени Иоанн, неутомимый молельщик, посещает эту обитель и выслушивает советы Арсения, а заодно со смирением принимает и его жестокие обличения, отчего-то не давая воли своему будто бы неудержимому гневу, будто бы единственной причине безжалостной расправы с новгородским духовенством, подьячими и боярами.

Шаг за шагом нащупываются потаённые нити обширного, разветвлённого заговора и не менее обширного воровства из доходов казны. На Городище доставляют «владычных бояр, и иных многих служилых людей, и детей боярских, и гостей, и всяких градцких и приказных людей, и изрядных и именитых торговых людей», по свидетельству новгородского летописца, другими словами, вместе с архиепископом Пименом обвинёнными в измене и воровстве оказываются его бояре и его служилые люди, верхушка так называемого архиепископского полка, верхушка новгородского управления, новгородские бояре, наиболее влиятельные из богатых и именитых людей, ведущих западную торговлю и по этой причине больше других заинтересованных в объединении с соседней Литвой, перекрывающей прямую дорогу на Ригу и в ганзейские города. Что, в сущности, нужно этой церковной, приказной и торговой верхушке Великого Новгорода? Всем им, людям корыстным, и богатым купцам, и приказным, и казне архиепископа, и монастырям, которые давно превратились в переполненные ходовым товаром торговые лавки, по своим оборотам превосходящие самый богатый купеческий дом, необходимы прежние льготы и привилегии, прописанные в отобранных или исправленных грамотах, необходима свободная, желательно беспошлинная торговля, традиционно идущая сквозь Ливонию на Ревель и Ригу и сквозь Литву и Польшу по всему южному побережью Балтийского моря в умирающие, но ещё не умершие ганзейские города, а через них в Нидерланды и Англию, во Францию и Баварию, откуда рекой потекут барыши. Неожиданная война Московского царства с Ливонией, ещё более неожиданная война с Литвой и Польшей, отхвативших южные земли Ливонии, стесняют торговые связи с иноземными государствами, лишение привилегий влечёт за собой большие потери внутри Московского царства, вследствие чего истощаются, скудеют доходы, которыми выше всего святого дорожат и купцы, и монастыри, и архиепископский дом. И торговым людям, и приказным, и духовенству Великого Новгорода остаётся два выхода: либо сговориться с литовскими воеводами и вступить на равных правах в союз двух государств, получивший название Речь Посполитая, что, между прочим, можно перевести как республика, политическое устройство, бесконечно дорогое беспокойным сердцам вечно бунтующих новгородцев, либо сместить неуступчивого, упрямого Иоанна, принуждающего платить дани и пошлины в их полном объёме, впрочем, неимоверно далёком от разорения, заменить его на другого, ими самими избранного и потому покладистого царя и великого князя, возвратить прежние льготы и привилегии и любой ценой, на любых условиях заключить со Швецией, с Польшей, с Литвой вечный мир, к чему стремится и Иоанн, однако не любой, а достойной ценой, отчего никак никакого мира не может достичь. И в том, и в другом случае восстанавливается торговля в привычном направлении и привычным товаром, и в том, и в другом случае восстанавливаются благодатные новгородские вольности с неизменными потасовками на мосту и сбрасыванием неугодных сограждан вниз головой в воды Волхова, и в том, и в другом случае восстанавливаются прежние барыши, а ведь только ради вольностей, ради привилегий, ради барышей и составляются заговоры, какие бы ни произносились при этом красивые, звонкие, благородные, благочестивые обличения и обещания, какими бы клятвами ни скреплялись они.

Постепенно Иоанн убеждается, что его двоюродный брат Владимир Андреевич Старицкий, три месяца назад погубленный им по обвинению в заговоре и в покушении на его жизнь, по безволию стал лишь малозначительной пешкой, детской игрушкой в чужой и беспощадной игре больших интересов. Князя Владимира вовлекли, им вертели в нужную сторону, потому что этим слабодушным претендентом можно было вертеть, его подводили под преступление, которого он, может быть, не хотел совершать, но по слабости характера соглашался и мог совершить, несчастнейший человек, более жалкая жертва жестоких политических обстоятельств и жестоких, от жажды наживы теряющих разум людей, чем сознательный, деятельный участник раскрытого заговора, и уж никак не вождь, не глава, не предводитель ввергнувших его в грех заговорщиков, недаром его готовились заменить на какого-то самозванца, если он струсит или в самом деле сбежит на службу к польскому королю. Видимо, сделав это открытие, Иоанн испытывает раскаяние, что чересчур круто обошёлся с двоюродным братом, который хоть и грешил постоянно против него, но не по своей воле грешил, без желания зла. Отсюда, из Великого Новгорода, когда дознание ещё продолжается, двадцать третьего января 1570 года он даёт своему любимому Кириллову Белозерскому монастырю грамоту на село Ветлинское Дмитровского уезда, даёт на поминовение души убиенного князя Владимира.