Иоанн впервые видит в действии своё опричное войско. На первый взгляд ничего особенного не происходит. Погрому подвергается несколько десятков знатных семейств, несколько сотен пленных и тех тверичей, кто с определённо недобрым намерением вступил с пленными в близкую связь, кстати, вопреки строжайшему запрещению церковных властей как-либо общаться, хотя бы попросту разговаривать с иноземцами. Куда более злодейскому, беспричинному, опустошительному погрому подвергли земские воеводы псковские земли, когда возвращались из провалившегося похода на Ригу: грабили, жгли, убивали без малейшей причины, бессчётно брали полон, правда, с той существенной разницей, что в Твери пострадали пленные поляки, литовцы, татары и вельможные их покровители и наниматели, заподозренные в крамольных сношениях с неприятелем, да ещё в крамольных сношениях с неприятелем во время войны. Тогда как в том походе будто бы славных одоленьями воевод пострадали ни в чём не повинные, случайные, простые русские люди, всего лишь некстати попавшие под жестокую руку разгулявшихся витязей удельных времён. Для Иоанна это первый, суровый, нежданный урок, ещё первая на этот счёт, но тяжёлая пища для размышления. Он ради того и выделяется из земства в особный двор, что прежнее, нерегулярное войско, ополчение сидящих по поместьям служилых людей, в своей большей части служивших собственным князьям и боярам, дающим землю и корм, износившийся пережиток безвозвратно уходящих удельных времён, сильно главным образом в грабеже и насилии, только что сносное для обороны, когда неподвижно стоит по украйнам, и совершенно беспомощно в наступлении, крепостей же прямо страшится и норовит обойти стороной всё, что хоть сколько-нибудь похоже на крепость. По его представлениям, в особном дворе он создаёт особое, новое войско, обустроенное, обеспеченное полным поместным окладом, отобранное по одному человеку и потому более надёжное, сплочённое, хотя бы с наклонностью к повиновению и дисциплине.

Опричное войско действительно повинуется царю и великому князю. Погром в Твери учиняется его повелением. И всё-таки это погром, чего он как будто не ожидал, чего прежде не имел возможности видеть своими глазами. И вот в его присутствии его воины повергаются в гнусную вакханалию, в бессмысленное разрушение, они упиваются ломанием, сокрушением неодушевлённых предметов, которые поистине не виноваты ни в чём. И выходит, что его особое, новое войско как две капли воды походит на старое, земское войско, на беспутных дружинников удельных времён, по крайней мере по части насилия и грабежа, потому что и оно составлено из тех же дружинников удельных времён, и ещё никому не известно, каким оно покажет себя в настоящем бою с настоящим врагом.

Он как будто задумывается. По-прежнему расправы в Медне, в Торжке, в Бежецком верхе ведутся по заранее составленным спискам, однако уже не переходят в варварский тарарам, то есть в бессмысленное выламывание дверей и крушение скамей и столов. Больше того, он старается не отставать от своего своеобразного воинства и следует за ним по пятам, точно желая быть постоянно у него на виду. К Великому Новгороду передовые отряды, ведомые Зюзиным, подходят второго января 1570 года и в тот же час делают то, что должны были сделать и не сделали новгородские власти по случаю мора: по всем дорогам и тропам выставляют заставы, чтобы ни один человек из города не мог ускользнуть, разумеется, в первую очередь заботясь о том, чтобы из Великого Новгорода не разбежались крамольники. Похоже, имена крамольников и здесь хотя бы отчасти известны. Опять, как в Твери, обвинение падает не на ремесленников, не на чёрный люд, не на торговых людей. Иоанн располагает доказательствами, имеет все основания обвинять в заговоре лишь новгородское духовенство, новгородских подьячих, новгородских бояр, и опричники Зюзина спокойно, никому не причиняя вреда, занимают монастыри, опечатывают казну во всех обителях и церковных приходах, берут под стражу игуменов, попов и соборных старцев, видимо, уже обличённых в ереси, в отрицании Евангелия и толковании Ветхого Завета как основы вероучения, передают арестованных приставам, набранным из новгородских служилых людей, знак намерения вести розыск и судить виновных с участием самих новгородцев, и поручают приставам держать обвиняемых в кандалах. Позднее местный летописец солжёт, будто всех взятых под стражу игуменов, попов и соборных старцев несколько дней спустя выводят связанными на рыночную площадь, забивают насмерть железными палицами. Числом более пятисот — таково количество игуменов, попов и соборных старцев в Великом Новгороде, а тела убиенных для погребения развозят по окрестным монастырям, однако пером новгородского летописца, тоже монаха, водит ненависть и месть, желание убедить тех, кто эти строки станет читать, что жертвы московского царя и великого князя многочисленны и, конечно, безвинны, что царские палачи действуют без малейшего основания, без малейшего смысла, единственно из слепой жажды смертоубийства, и что московский царь и великий князь невиданный миром злодей, видимо, ничего не слыхавший о кровавых подвигах герцога Альбы.

В действительности начинается следствие. Следствие ведётся неторопливо, обстоятельно, тщательно. Каждое слово заподозренных или обвинённых в измене и ереси записывается в следственный протокол. Позднее все наличные протоколы складываются в архивные ящики, точно бы для того, чтобы оставить верные свидетельства для потомков. Эти свидетельства правильного следствия и правильного суда хранятся в Москве по меньшей мере лет пятьдесят и лишь в середине XVII столетия таинственным образом исчезают. Всё-таки до нашего лживого времени доходит опись Посольского приказа, сделанная в 1626 году. Добросовестный дьяк перечисляет громадное количество дел, заведённых во время новгородского следствия:

«Столп, а в нём статейный список из сыскного же изменного дела 78-го году на ноугородского архиепископа на Пимина, и на ноугородских дьяков, и на подьячих, и на гостей, и на владычных приказных, и на детей боярских, и на подьячих, как они ссылалися к Москвы с бояры с Алексеем Басмановым, и с казначеем с Микитою с Фуниковым, и с печатником с Иваном Михайловым Висковатым, и с Семёном Васильевым сыном Яковля, да с дьяком с Васильем Степановым, да со князем Офонасьем Вяземским, о здаче Великого Новгорода и Пскова, что архиепископ Пимин хотел с ними Новгород и Псков отдати литовскому королю. И царя и великого князя Ивана Васильевича всеа Русии хотели злым умышлением извести, а на государство посадити князя Володимера Ондреевича, и в том деле с пыток многие про ту измену на новгородского архиепископа Пимина и на его советников, и на себя говорили, и в том деле многие казнены смертью, разными казнями, а иные разосланы по тюрьмам, а до ково дело не дошло, и те свобождены, а иные и пожалованы. Да тут же список за дьячьею пометою, и хто куда в тюрму послан и хто отпущен и дан на поруки, а которова дьяка помета, и тово не написано...»

Иоанн с отрядом опричной охраны прибывает в Великий Новгород спустя четыре дня на следствие и на суд и останавливается на Городище. И вовсе не беспорядочным избиением более пятисот новгородских игуменов, попов и соборных старцев занят он в первый же день, в чём обвиняет его впавший в грех летописец. Что-то иное занимает его. До нашего времени докатываются странные, смутные, таинственные свидетельства, смысл которых едва ли удастся когда-нибудь с полной достоверностью разгадать. Тем не менее эти свидетельства стоят того, чтобы на них указать. Так, Новгородский хронограф извещает о том, что шестого января 1570 года, то есть в тот самый день, когда он во главе отряда вступает на Городище, московский царь и великий князь «повеле убити брата своего благоверного и великого князя Владимира Андреевича Старицкого и в то время мнози по нём восплакалися людие». В Новгородской третьей летописи записано: