9 октября посольство Елецкого прибыло в Варшаву, 13 октября вручило Стефану верительные грамоты. После непродолжительного выяснения мелких территориальных споров вокруг границ Торопецкой и Велижской волостей 20 октября 1582 года Стефан присягнул на перемирных грамотах. Статейный список посольства Елецкого описывает процедуру следующим образом: справа от трона был поставлен стол, на котором на «фате турецкой» находился образ Богородицы с младенцем. По обе стороны образа установлены две свечи. Перед образом на блюде крест с Евангелием, по ту сторону стола стоял гнезнинский архиепископ Станислав Карнковский. Стефан сидел на троне, перед ним стояли русские послы, а рядом с ними О. Волович комментировал действия короля: вот он встал, вот идет к столу, вот берет грамоту, вот присягает…

Тут не обошлось без конфликта. Король не знал русского и хотел принести клятву по-латыни, а Елецкий требовал, чтобы Баторий клялся по-русски, поскольку не понимал латыни. В результате латинскую клятву короля послам перевел все тот же О. Волович. Второй скандал возник в связи с тем, что послы требовали присяги на обоих экземплярах грамоты, а Стефан собирался присягать только на литовском (в котором не было неприемлемого для Речи Посполитой титула русского царя). Паны пытались возражать послам, что содержание грамот практически одинаково и нет разницы, на каком экземпляре присягать. Однако Елецкий взял русский экземпляр и лично подсунул его под крест, правда, при этом оставив литовский список сверху. Согласно литовскому отчету, хитрость не помогла: Баторий заявил, что присягает только на литовском варианте и не будет подтверждать титулы Ивана IV, «того в присягу свою не вкладает». В русском отчете этот эпизод опущен, поэтому выходило, будто Елецкий заставил Стефана присягнуть на грамоте с царским титулом.

Русская сторона на переговорах в Киверовой Горке предложила следующий график вывода войск из Ливонии. Дворяне В. Петров и И. Милюков должны были сначала вывезти орудия и гарнизоны из Пернова, Феллина, Пайды, Тарваста, Лаюса и Полчева в Юрьев, откуда огромный обоз последует в Псков. Соответственно, литовцы будут постепенно занимать дальние города и последними войдут в Юрьев. Русская армия должна была покинуть Ливонию к 4 марта 1582 года. На вывод гарнизона из города в среднем давалась неделя. Такие же условия предоставлялись литовским отрядам, уходящим из Лук, Невеля, Заволочья, Холма и псковских пригородов.

В России не ощущали окончания войны — непрекращающееся военное противостояние с Литвой, длившееся с небольшими перемириями почти столетие (с начала первой порубежной войны в 1487 году), сформировало воинственную психологию пограничных жителей. Подписание перемирия на самом деле не означало окончания боевых действий. Помирились царь с королем. Для непосредственных участников столкновений — русских и литовских дворян, жителей литовских, русских и ливонских городов война продолжалась.

Русская армия впервые в истории покидала захваченные ей владения, не отступая в бою, но выполняя мирные договоренности. Опыта эвакуации не было. Русские стремились увезти с собой все, что можно, а литовцы и ливонцы хотели максимально этому помешать. Аналогичная ситуация, только с переменой действующих лиц, происходила в оставляемых рейтарами и жолнерами русских городах. Естественно, это приводило к многочисленным стычкам в пограничье, которые и составили историю вроде бы уже мирных лет.

25 января 1582 года отряды В. Чарторыйского и Б. Шинковского разорили смоленские и дорогобужские места. 5 февраля из Кричева, Пропойска, Чичерска и Бобрическа отряды под командованием Яна Оршевского совместным нападением разорили Северские места и сожгли Брянск. В плен попал брянский воевода Иван Лыков. Из Юрьева В. П. Головин писал, что литовцы не дают вывозить из города иконы, церковную утварь и артиллерию. В псковских деревнях в марте еще вовсю хозяйничали литовские войска, творившие над жителями насилие и угонявшие их в Литву. 13 февраля отряд Речи Посполитой напал на г. Выборец и выжег окрестные деревни. Воевода Богдан Глинский не желал отдавать Великих Лук, из которых совершал рейды по Великолуцкому и Холмскому уездам. В Заволочьинском и Ржевском уездах грабил русские села отряд под командованием перебежчика М. Сарыхозина. В марте черниговский воевода Иван Долгорукий сообщал, что литовцы из Лоевой Горы нападали на новгородские, почапские, черниговские места. За ними была послана погоня, которая отбила полон и заодно сожгла замок Лоеву Гору.

22 августа отряд литовцев в семьсот человек под командованием ротмистров Яна Горлинского, Никиты, Григория и Александра Буевских напал на поместья Лариона и Демьяна Извековых, Никиты Секерина и Семена Монастырева в с. Огрызково в Великолуцком уезде в целях своза крестьян. 11 сентября наместник Торопца И. С. Туренин сообщил, что литовцы ставят город на устье р. Межи, захватывают земли, «тянущие» к Торопецкому уезду, называя эти земли «велижскими», и заселяют территорию свезенными крестьянами. Литовские заставы берут пошлину с русских торговцев, ездящих из Смоленска к Великим Лукам и Торопцу. Виновником всех этих безобразий Туренин называл витебского воеводу Станислава Паца. В сентябре литовские отряды разоряли Порецкий уезд и Шучейскую волость.

17 сентября 1583 года состоялось совещание царя с Боярской думой «о луцких, торопецких и невельских задорах». Центральная власть наконец-то вмешалась в региональный конфликт, который грозил перерасти в новую войну. Русская сторона инициировала переговоры о мире на местном уровне, послав к Витебскому воеводе Ст. Пацу гонца Ивана Тархова. Для охраны границ были отправлены две тысячи детей боярских и стрельцов под командованием Д. Елецкого.

До этого ни одна из сторон не имела перевеса. Прибытие на театр действий русских войск переломило ситуацию: теперь стрельцы и дети боярские хозяйничали по литовским селам и сводили мужиков обратно в русские. Пац апеллировал к Баторию, но тому в это время было не до мелких пограничных конфликтов. В декабре 1583-го — феврале 1584 года с жалобами на действия Ст. Паца в Литву ездил А. Хрущов, который не получил удовлетворительных ответов. При Иване IV велижский конфликт так и не был разрешен и остался в наследство следующему царю, Федору Ивановичу.

Первые переговоры между московскими и шведскими дипломатами состоялись в мае 1583 года. На них было заключено двухмесячное перемирие и выражена готовность к проведению более крупномасштабных переговоров. Последние состоялись в августе на р. Плюссе. От Швеции в них участвовали Понтус Делагарди и Клаус Тотт, от России — князь Иван Лобанов-Ростовский, думный дворянин Игнатий Татищев и дьяк Дружина Петелин. Они заключили перемирие на три года, так и не договорившись о территориальном разделе и обмене пленными. В декабре 1585 года перемирие было продлено еще на три года.

Обстановка в Прибалтике после окончания «Мос­ковской войны» была нестабильной. Эвакуация русских войск проходила очень сложно, а приход поляков и литовцев казался вовсе не освобождением, а новой оккупацией. Взаимное раздражение сторон чуть не вылилось в новую войну. На переговорах с панами Рады в Гродно московское посольство Ф. М. Троекурова, Ф. А. Писемского и Д. Петелина услышало со стороны Стефана угрозы нападения на Россию. На это русские послы с достоинством ответили: «Мы хотим мира, но если вы хотите войны, вы ее получите». После возвращения в Москву Троекуров заявил, что новая война с Речью Посполитой кажется неизбежной. 25 декабря 1586 года была составлена «роспись» русских полков для похода против польского и, возможно, шведского королей.