В 1921–1923 годах обстановка постепенно менялась. Советская власть отразила иностранную интервенцию и стала сильнее. Одна за другой терпели поражение революции в Европе. Становилось ясно, что социализму пришлось отступать, по крайней мере на время, на завоеванные позиции и попытаться продвинуться на Востоке. В этих условиях, как их представляли себе марксисты, абсолютно необходимы были сила и единство советского правительства. Заново приходилось отстраивать сильное государство, подавлять центробежные тенденции. Следовало также покончить с социализмом «применительно к конкретным условиям Востока», чтобы не показывать внешнему колониальному миру пример искаженного, антизападного социализма, который противоречил марксистскому принципу пролетарского единства. Необходимо было провести реорганизацию всех национальных правительств на территории бывшей Российской империи. Тем не менее в то время правильным считалось использовать Красную армию для ликвидации правительств, которые не отвечали социалистическим требованиям, но недопустимо было подавлять военной силой народные республики. Вот почему интеграция Средней Азии осуществлялась главным образом политически, путем борьбы с «отклонениями», отмечаемыми с 1922 года, склоняя тем самым восточные территории скорее к национализму, чем к социализму и классовой борьбе.

Советскую интеграцию осложняло басмаческое движение, рожденное в Фергане. Тот самый регион, который за несколько лет до революции был свидетелем протестного движения дехкан, переживал волнения в обстановке отчуждения собственности и нищеты местных жителей. Протестное движение так и не исчезло и с течением времени приобретало отчетливо антирусский характер. После падения кокандских властей многие мусульманские лидеры, спасаясь от карательных действий Красной армии, объединялись с дехканами, что придавало борьбе как националистический, так и религиозный характер. Меры большевиков с 1919 года были направлены на подавление басмаческого движения, но от этого популярность басмачей среди местного населения не уменьшилась.

После 1920 года революции, произошедшие в Хиве и Бухаре, способствовали распространению басмаческого движения на другие регионы. К нему присоединились новые сторонники, сначала Джунаид-хан, Алим-хан и их сподвижники, а затем и большое число представителей среднего класса, которые находились во власти в 1920 году и переметнулись к басмачам после столкновений с русскими. Наконец несчастные дехкане народных республик, обманутые обещаниями аграрной реформы, которая так и не осуществилась, были также вовлечены в движение.

Тем не менее до конца 1921 года басмачи, весьма многочисленные и пользующиеся сочувствием населения, оставались слабыми из-за внутренних разногласий. Движение представляло собой конгломерат отдельных и часто соперничающих банд. В Фергане несколько предводителей пытались достичь единства. В горной части Восточной Бухары мулла Мохаммед Ибрагим-бек продолжал старые распри с другими родами. Это не упрощало задачу Ибрагим-бека, которого назначил главнокомандующим повстанческими войсками Алим-хан, свергнутый эмир Бухары.

В начале 1921 года советские войска явно торжествовали. В 1920 году они были основательно укомплектованы рекрутами во всей Фергане, где сформировались даже отряды «советских басмачей». В сентябре 1920 года они неожиданно повернули оружие против властей, но тогда движение еще было слабым. В Бухаре тоже Красная армия добилась сначала успехов, и пресса в Москве смогла написать: «Территория эмира сокращается изо дня в день… у него теперь имеется лишь группа численностью около 600 человек».

Но обстановка в Бухаре, где сопротивление басмачей вызвало правительственный кризис, быстро менялась. Мирза Абдулгадир Мухитдинов, один из ведущих деятелей Младобухарской партии, и Мухитдин Максумов, министр полиции республики, присоединились к мятежникам, захватив с собой группу стойких сторонников, в частности полицейских. Единство младобухарцев было подорвано, и встал вопрос поддержки повстанческого движения или сохранения верности революции. В конце 1921 года, несмотря на внутренние распри мятежников, басмачество распространялось и крепло.

Вскоре обнаружился и Энвер-паша (1881–1922), лидер, обеспечивший на некоторое время единство басмаческого движения. Сложная карьера этого удивительного турецкого авантюриста состоялась задолго до того, как советские власти позвали его умиротворить Среднюю Азию. Его амбициям положил конец триумф его соперника Мустафы Кемаля Ататюрка. Знакомство Энвера-паши с Радеком в Берлине, видимо, частично объясняет принятие им приглашения большевиков. Возможно, он также полагал, что сможет прославиться в Турции, утвердившись сначала среди тюркских народов за ее пределами. Когда советские лидеры попросили его использовать свой авторитет для сплочения среднеазиатских повстанцев вокруг Советской власти, он еще не знал, как ему удастся объединить тюркские народы в большое среднеазиатское государство.

Прибыв в ноябре 1921 года в Бухару, Энвер-паша увидел в повстанческом движении возможность осуществить в конце концов свою мечту отомстить Мустафе Кемалю. Вместо выполнения порученной ему миссии он воспользовался мнимой поездкой на охоту, чтобы присоединиться к мятежникам. Он участвовал в бухарском правительстве вместе с военным министром Абдул Хамидом-эфенди и министром внутренних дел Али Реза-беком. Его примеру последовал Усман Ходжаев, председатель республики. Он совершил поездку в Стамбул, чтобы основать Комитет освобождения Бухары.

Кроме того, Энвер-паша старался объединить басмаческое движение призывами к «борьбе всех мусульман» и «созданию в Средней Азии мусульманского государства». Он даже предъявил России ультиматум с требованием покинуть Среднюю Азию. После ряда первоначальных успехов Энвер-паша разошелся с некоторыми своими союзниками из-за своих претензий и просчетов. Подписи приказов с напыщенным титулом «главнокомандующий всех мусульманских войск, зять халифа и представитель пророка» осложнили его отношения с эмиром Алим-ханом. Постепенно коалиционные силы раздробились, и ему пришлось выступить против своих союзников. Разбитый при Байсуне и попав в изоляцию, Энвер-паша сражался еще несколько месяцев, прежде чем был убит в апреле 1922 года в бою при Бальджуане.

Советские войска под командованием Семена Буденного воспользовались замешательством, вызванным гибелью этого лидера, чтобы совершить ряд атак на басмаческие банды. В то же время правительство, как и в 1919 году, старалось привлечь на свою сторону коренных жителей, отменив ряд непопулярных мер, принятых после революции. Тюркское бюро ЦК Российской компартии и Тюркская комиссия решили, что конфискация вакуфных земель, которая вызывала болезненную реакцию мусульман, должна быть отменена, следовало открыть заново мусульманские учебные заведения и восстановить шариатские суды. Новая экономическая политика (НЭП) Ленина способствовала оздоровлению экономического положения в Средней Азии. Политика умиротворения принесла плоды. Люди устали от войны, и басмаческое движение, лишившееся народной поддержки, постепенно слабело, хотя и не исчезало. Решение проблемы с мятежниками после 1923 года позволило советскому руководству начать интеграцию Средней Азии в СССР.