В марте 1923 года проводилась первая конференция представителей южных среднеазиатских республик – Туркестанской АССР, Бухарской народной республики и Хорезмской народной республики. Перед участниками конференции была поставлена задача разработать основы общей экономической политики, и с этой целью был учрежден Среднеазиатский экономический совет. Надлежало интегрировать в российскую систему финансы, общественный транспорт и связь Бухарской и Хорезмской народных республик. Приоритетной сферой деятельности юга Средней Азии стали орошение, торговля, сельское хозяйство и др. Еще сохраняя в правовом отношении статус независимых государств, Бухара и Хорезм включились в безвозвратный процесс объединения. Более того, в преддверии интеграции в 1923 году значительное внимание уделялось предотвращению сопротивления со стороны местных кадров.

В Хорезмской республике после чисток 1921–1922 годов число противников советских планов резко сократилось. В начале 1923 года в Хиву прибыло около 30 русских коммунистов. В октябре 1923 года четвертый съезд изменил республиканскую конституцию, лишившую «паразитические» элементы права голоса, а годом позже пятый съезд принял решение под давлением Красной армии (позже описанное в красочном и, видимо, сомнительном отчете) преобразовать народные республики в социалистические для последующей интеграции в Советскую федерацию.

Преобразование Бухарской народной республики проходило с некоторыми трудностями. После бегства некоторых членов правительства вместе с Энвер-пашой новое правительство формировалось под руководством Фаизуллы Ходжаева. Абдурауф Фитрат занял в нем пост министра иностранных дел. Оставшись в Бухаре, они пытались сохранить то, что осталось от независимости, искали помощи отовсюду. Неформальные контакты с Турцией и Афганистаном не дали положительных результатов.

После 2 февраля 1922 года, когда Бухарская компартия вошла в компартию России, чистки бухарских коммунистов происходили так же, как в коммунистических организациях Туркестанской АССР и Хорезмской республики. На четвертой «расширенной конференции ответственных рабочих республик и национальных регионов» в июне 1923 года Сталин, подвергая критике Султана Галиева, осудил правительство Бухары, в котором, по его мнению, не было ничего народного. В июле Я. Е. Рудзутак, председатель Тюркской комиссии, добился при содействии Бухарской компартии ареста всех ведущих деятелей правительства и всеобщей чистки административного аппарата. Затем все бывшие чиновники, служащие, состоятельные торговцы и земельные собственники были исключены из политической жизни и лишены права голоса. Крупные предприятия и личные состояния зажиточных людей были конфискованы. В то же время было объявлено о начале аграрной реформы.

Наконец, 19 сентября 1924 года делегаты V съезда единодушно проголосовали за упразднение народных республик и замену их социалистическими республиками. Они выразили желание, чтобы различные национальности бывшего эмирата отныне стали гражданами в собственных национальных государствах. Через семь лет после революции, расколовшей Российскую империю на части, большевистское руководство занялось восстановлением единства и реорганизацией в рамках Советской федерации национальностей. В то время как советское правительство вышло победителем в болезненном процессе формирования СССР, поражение коренных жителей Средней Азии было тем более тяжелым, что они приняли его вполне сознательно.

Создание автономного туркменского региона в 1921 году, а затем в апреле 1922 года киргизского региона открыло путь к реорганизации Средней Азии на национальной основе. Советская власть, встревоженная попытками объединения мусульман в 1920 и 1924 годах, признавала необходимость территориальной и политической реорганизации, но ее проекты не совпадали с местными чаяниями. Казахские националисты отстаивали идею великого Казахстана. Соответственно киргизы и узбеки выступали за великую Киргизию и великий Узбекистан. Младохивинцы боролись за великий Хорезм, объемлющий узбеков Туркестанской АССР. Между тем большинство в Бухаре разделилось на тех, которые поддерживали идею независимого исламского государства, и тех, которые выступали за великий Туркестан, объединяющий узбеков Туркестанской АССР, башкир и киргизов.

После упразднения народных республик позицию Советов прояснил последний съезд, следовавший политике, проводившейся с 1922 года: замена единой Средней Азии небольшими национальными республиками. В октябре 1924 года ЦИК СССР проголосовал за учреждение двух социалистических республик. Это – Узбекистан, включавший центральную часть бывшего Бухарского ханства, южную часть бывшего Хивинского ханства и Самаркандскую, Ферганскую, Амударьинскую и Сырдарьинскую области, прежде входившие в Туркестанский край, а также Туркменистан, который охватывал туркменские районы западной части Бухарского ханства, Хорезм и бывшую Закаспийскую область. Проголосовали также за две автономные республики: Таджикистан, включавший горные районы бывшего Бухарского ханства в основном с шиитским, ираноязычным населением, и за Казахстан, который заменил республику, созданную в 1920 году. Наконец, дали рекомендации по двум автономным регионам: Кара-Киргизский регион стал 25 августа 1925 года Киргизской автономной областью, а 25 мая 1926 года был преобразован в Киргизскую автономную республику. Каракалпакская автономная область, сначала входившая в Казахскую АССР, стала затем в 1932 году Каракалпакской Автономной Советской Социалистической Республикой, включенной в состав РСФСР, перед тем как стать частью Узбекской ССР в 1936 году. В последующие годы конструкция была завершена принятием отдельных автономных республик и регионов в состав федеративных социалистических республик. 5 декабря 1929 года Таджикистан стал 17-й республикой Советского Союза. 5 декабря 1936 года тот же статус получили Киргизская республика и Казахстан.

Тем не менее такое территориальное размежевание не поколебало сплоченность, не устранило национальных лидеров, которые боролись за единство или независимость. Две организации курировали вопрос о переходе всего юга Средней Азии под управление Советов – Экономический совет Средней Азии и Среднеазиатское бюро компартии Советского Союза. Весьма полезные до 1924 года, позднее они стали придерживаться политики, направленной против русских. В 1934 году их распустили по причине несоответствия современному этапу развития республик Средней Азии.

Единство существовало также на религиозном уровне. Ликвидация арабского алфавита имела по сути политическое значение. Были приняты жесткие меры в отношении ислама, объединяющего фактора, поскольку он создавал особенно серьезные проблемы почти на всей территории Средней Азии. Вера людей в ислам не имела границ, и новая власть долго не решалась противиться настроениям народа. Впрочем, созданные в 1924 году группы аллахсизларов и ходасизларов (безбожников) открыто не появлялись до 1928–1930 годов, когда власти занялись вопросами вакуфа и шариата. Экспроприация осуществлялась поэтапно, но лишь в 1930 году вакуфы исчезли.

Границы, установленные в 1936 г., призванные отразить дальнейшие изменения