Во время обеда стояла гробовая тишина, только был слышан голос читавшего Житие святого, которому в этот день совершалась память. Пища в обители всегда была постной и готовилась по монашескому уставу: рыбная или овощная, с маслом или без него – в зависимости от дня. Пища разносилась прислужниками, несшими послушание по кухне. По окончании обеда все пели «Достойно есть» и, положив семь земных поклонов, чинно относили икону в моленную, после чего расходились по кельям. Удары в доску созывали насельников Преображенской обители к вечерне и к келейному правилу.

На женской половине порядок был несколько иной. Женщинам не дозволялось участвовать в общественных молениях, но разрешалось лишь под надзором привратницы бывать при отпевании усопших и пении панихид. Впоследствии была устроена и женская моленная, в которой наставники по очереди отправляли богослужение. Что касается трапезы, то у женщин она была общая, а порядок хождения в нее после службы был такой же, как и у мужчин.

Для насельников обители была заведена особая одежда: для мужчин – кафтаны, отороченные черным шнурком, с тремя складками на лифе и 8 пуговицами, и сапоги на каблуках, а для женщин – черные повязки, платки и сарафаны.

Богослужение совершалось ежедневно по Поморскому уставу. Служили вечерню и павечерницу, утреню, часы, а после часов – молебен либо панихиду. С самого момента основания Преображенской обители в ней с необыкновенной точностью исполнялся богослужебный устав. Никакие упущения в совершении служб не допускались. Так же строго соблюдался и временной порядок богослужений. Всенощное бдение здесь всегда понималось в самом строгом, буквальном смысле слова – как богослужение, которое продолжается всю ночь и заканчивается утром. В соответствии с этим пониманием и всенощная служба начиналась не ранее 11 часов вечера, а заканчивалась часов в 5 или 6 утра. Всеми признавалось, что даже знаменитые староафонские монастыри не исполняют службу с такой точностью, как старообрядцы Преображенского кладбища. Такой порядок богослужения соблюдался практически до 1910-х гг., когда для заказных всенощных стал допускаться иной порядок, а именно: начало их приходилось на восемь часов вечера. (В наше время всенощные совершаются полностью вечером.)

Однако главным попечением Ильи Алексеевича Ковылина была благотворительная деятельность: забота о лучшем положении сирот и престарелых, проживавших в богадельне, устройство общих бесплатных столов для ежедневного кормления неимущих, независимо от их вероисповедания. Вместе с тем, Ковылин заботился и о религиозно-нравственном воспитании своих подопечных в духе древлеправославия. В обители проживало много детей-сирот, и Ковылин учредил для них постоянное училище, в котором под руководством опытных наставников подростки, достигая более зрелого возраста, кроме общих дисциплин обучались переписыванию книг в духе древнерусской книжности, знаменному пению по крюкам, иконописи. Для учащихся была открыта богатейшая библиотека Преображенской обители, собранная Ильей Алексеевичем.

Илья Алексеевич Ковылин был человеком высоких духовных дарований. Всякий, кому приходилось общаться с ним, отмечал его редкие человеческие и пастырские качества. «В церкви патриарх, а в мире владыка мира», «муж поистине апостольский», – так отзывались о Ковылине знавшие его люди. И он оправдывал это наименование. Борясь за единство Церкви, он сумел сплотить вокруг Преображенской обители староверов-старопоморцев почти всей России. Наставники с Преображенки отправлялись с проповедью древлеправославия в Нижегородскую, Тульскую, Воронежскую, Тверскую, Смоленскую губернии. За помощью и советом к Ковылину обращались староверы Саратова и Кубани, Дона и Сибири. По инициативе Ильи Алексеевича на Преображенском кладбище не раз собирались соборы для обсуждения насущных вопросов староверия, на которых поднимались вопросы объединения различных старообрядческих согласий.

Известен Ковылин и своей литературной деятельностью. Хотя из скромности он постоянно говорил о себе: «человек я не ученый, книжные премудрости не научен, учению школьному не искусен, простец есмь», недостатки образования постоянно стремился восполнить чтением лучших образцов древнерусской и старообрядческой литературы. Поучения его весьма назидательны и проникнуты глубоким религиозным миросозерцанием в традициях древлеправославия. Ковылина без преувеличения можно назвать образцом древнерусского начетчика, перечитавшего огромную массу христианской литературы. Он прекрасно знал Священное Писание, цитируя сочинения практически всех известных в России святых отцов: Иоанна Златоуста, Василия Великого, Ефрема Сирина, Кирилла Иерусалимского, Иоанна Дамаскина…

Произведения Ковылина никогда не были напечатаны в России, хотя в 1846 г. были изданы в Лейпциге на немецком языке. Между прочим, с этими сочинениями был знаком Ф. М. Достоевский, с большим уважением относившийся к памяти Ильи Алексеевича. Как-то раз, находясь в Москве на открытии памятника А. С. Пушкину, он пригласил своего друга, магистра древней философии И. К. Быковского посетить могилу Ковылина на Преображенском кладбище. При этом великий русский писатель сказал такие слова: «Если желаете поклониться праху великого русского благотворителя Ильи Алексеевича Ковылина, останки которого покоятся на старообрядческом Преображенском кладбище, то сегодня вечером (11-го июня 1880 г.) приезжайте ко мне; Иван Сергеевич Тургенев и Дмитрий Васильевич Григорович едут со мной. Мой незабвенный родитель знал лично И. А. Ковылина, и, благодаря его ходатайству, отец мой получил место доктора Мариинской больницы».

При жизни Илья Алексеевич Ковылин имел обширные знакомства в среде русской интеллигенции, вельмож и государственных сановников. Неоднократно он был представляем императрице Екатерине II, императорам Павлу I и Александру I. Столь обширные связи давали Ковылину возможность в тяжелое для старообрядцев время отводить угрозу от Преображенского кладбища, которое царское правительство неоднократно пыталось закрыть и уничтожить. Он оберегал созданную им обитель, постоянно раздавая «подарки» различным мелким чинам, которые на многие вещи смотрели «сквозь пальцы». Законодательство Екатерины II и Павла I не знало юридического понятия старообрядческой общины, и в течение 37 лет кладбище числилось собственностью Ковылина. Старообрядцам – как отдельным лицам, так и целым обществам – вменялось в обязанность лишь соблюдение общих законов и правил общего для всех благочиния. Это отдавало их в полную власть низших чиновников, которые внимательно следили за старообрядцами, истолковывая всякую мелочь как нарушение общего благочиния. Любая мелочь могла привести к разрушению кладбища. Однажды Ковылин вовремя не дал обычного подношения какому-то мелкому чину. Последовал донос о незаконных действиях на Преображенском кладбище. Дело попало на решение к императору Павлу I, который с присущей ему горячностью распорядился закрыть кладбище и снести все постройки. Кладбище удалось спасти ценою пирога с начинкой из 10 000 золотых полуимпериалов, поднесенного московскому обер-полицмейстеру генералу Воейкову. Пирог замедлил выполнение задуманного, а последовавшая смерть императора Павла и вовсе предала указ полному забвению…

После многих усилий 15 мая 1809 г. властями был утвержден выработанный И. А. Ковылиным и его помощниками «Устав Богаделенного дома на Преображенском кладбище». Кладбище впредь предписывалось называть «Преображенским богаделенным домом» с предоставлением ему всех прав, «коими пользуются подобныя частныя благотворительныя заведения и подчинением оного полицейскому надзору». Однако оставалось еще одно стеснительное для староверов требование – записываться в церковно-приходские ведомости. С целью добиться полной независимости обители от духовных властей Илья Алексеевич в феврале 1809 года отправился в Петербург. Вскоре был издан новый указ, которым Преображенское кладбище освобождалось от опеки со стороны Духовной консистории. Преображенцы теперь сами выбирали попечителей и были полностью автономны в своей внутренней жизни. Регистрация старообрядцев при этом была возложена на полицию.

С радостным известием об утверждении новых правил Ковылин поспешил в Москву. Но ему не суждено было воспользоваться преимуществами полученной свободы: в дороге он простудился и в родную обитель прибыл уже тяжело больным. Но даже находясь при смерти, Илья Алексеевич продолжал заниматься делами староверия. 21 августа 1809 г. он отошел к Богу.

Преображенская обитель огласилась скорбным плачем ее многочисленных насельников. «Ох! Увы! Злосчастное время настоящее! Ох! Увы! Плачевно дни насташа. Ох! Увы! Всеобщественный христианский ходатай, любезный дар церковный, неусыпный собратский попечитель, покров нищим, врач немощем, церковная соль, любезный наш господин Илья Алексеевич, ох! увы! Како изреку? Како язык настрою? Жалость наша неисповедимая, позван Богом к преселению на он век, в уготованное себе место», – так писал ученик И. А. Ковылина Лука Терентьев боровскому наставнику Василию Иванову.

На погребение Ковылина была написана стихера, за традиционными формами которой читается неподдельная скорбь насельников Преображенской обители о своем благодетеле: