После того, как Гелдерланд присоединился к прочим провинциям в марте 1579 г., борьба за Утрехтскую Унию была, в сущности, выиграна, несмотря на то, что Штаты Фрисландии в полном составе так и не подписали текст соглашения до августа, а Штаты Дренте — до апреля 1580 г., тогда как Оверэйссел оставался слишком разделенным, чтобы принять участие в этом процессе, а город Гронинген — открыто враждебным к Унии, не из-за прокатолических симпатий — к 1580 г. большинство членов городского совета были протестантами, — но в знак протеста против поддержки Голландией оммеландских йонкеров в местном споре о штапельных привилегиях. Но, естественно, оппозиция «Голландской Унии» существовала не только на севере, но и на юге. Генеральные Штаты в Антверпене и принц Оранский были глубоко встревожены ею. На протяжении нескольких месяцев город Гент, бастион воинствующего кальвинизма на юге, был единственным, подписавшим соглашение об Унии. Понимая необходимость укрепления восточной границы, и успех инициативы, Оранский открыто не выступал против Унии, но отсутствие энтузиазма с его стороны было очевидным. Его главная забота, однако, заключалась в том, чтобы избежать расширения пропасти между севером и югом. Принц не видел причин сопротивляться Утрехтской Унии как таковой, при условии, что в новый союз войдут и южные провинции, но Союз, в целом остававшийся антикатолическим — и определенно притеснявшим католическое богослужение — неизбежно должен был оттолкнуть валлонские провинции, бросив их в объятия Испании, и посеять еще больший раздор в Брабанте и Фландрии, а также во Фрисландии, Гронингене, Оверэйсселе и Гелдерланде. Чтобы противодействовать этому, зеландские делегаты, отправленные в Антверпен в марте 1579 г. с миссией убедить принца одобрить Унию, указали, что задержка поощрит Мидделбург сопротивляться ей и вызовет разногласия в Зеландии.

Даже в апреле 1579 г. Оранский и Штаты Брабанта все еще занимались разработкой другой формы Унии, которая предусматривала передачу большего объема полномочий Генеральным Штатам в Антверпене и укрепление центральной власти, равно как и четко оговоренные гарантии терпимости к католическому богослужению в духе Гентского Умиротворения. Конкурирующие проекты союза представляли глубоко различные концепции формирования будущих Нидерландов: в основе одного находилась Голландия, в основе другого — провинции «юга». Но прохладное отношение Голландии к такому «новому тесному союзу» и решение валлонских провинций заключить в апреле Арраскую Унию с целью поиска примирения с Испанией похоронило эту инициативу и устранило большинство оговорок Оранского. 3 мая 1579 г. он, наконец, подписал Утрехтскую Унию и призвал те брабантские и фламандские города, которые имели возможность это сделать, также подписать ее. Таким образом, в мае и июне 1579 г. Антверпен, Бреда, Хертогенбос и несколько других городов формально присоединились к Утрехтской Унии, несмотря на то, что Штаты Брабанта и Фландрии в целом, и дворянство с духовенством этого не сделало. Усилиям Оранского по созданию общего северного и южного Восстания, допускавшего как католическое, так и протестантское богослужение на основе Гентского Умиротворения и концепции «Религиозного мира», был нанесен еще один сокрушительный удар. Но к маю 1579 г. у него не было другого выбора, кроме как признать реальность бескомпромиссно антикатолического Восстания с центром в Голландии, а не в Брабанте, а за нидерландской реформатской Церковью, организованной в Голландии и Зеландии, — статус официальной «государственной Церкви» Союза на практике, несмотря на то, что в тексте Унии об этом ничего не говорилось.

Тем не менее, хотя Вильгельм смирился с неизбежностью заключения Унии и главенством кальвинистов, он все еще пытался сделать Брабант политическим центром Восстания и отказывался признать запрет католицизма как пользующейся официальной веротерпимостью религии в новом государстве. Если бы он это сделал, это означало бы крах всех надежд вернуть обратно те части Брабанта и Фландрии, а вместе с ними и валлонские провинции, которые отныне перешли под власть Испании, и навсегда избавить все Нидерланды от испанского господства. Нетерпимость и теократические тенденции кальвинистского духовенства претили личным убеждениям принца, и он был решительно настроен не уступать слишком много влияния в новом государстве теологам и духовенству, к которому не испытывал особых личных симпатий. Позже, во время Нидерландского Золотого Века, даже самые антиоранжистские, республиканские писатели, такие как Пьер де ла Кур, восхищались тем, как Вильгельм Молчаливый в последние годы своей жизни продолжал сопротивляться притязаниям реформатского духовенства, вплоть до того, что навлек на себя его неугасающую враждебность.

В тех частях севера, где католическое богослужение еще было разрешено, положение католиков и «политиков» и таких либеральных протестантов, как Дирк Волкертсзон Корнхерт, которые поддерживали политику веротерпимости Оранского, быстро ухудшилось. После чистки городского совета в Амерсфорте в марте 1579 г. католическое богослужение сохранилось в ограниченном виде, но в апреле (а затем в июне) здесь снова произошли антикатолические беспорядки, и совершенно ясно, что это был только вопрос времени, прежде чем под народным давлением католическое богослужение в провинции Утрехт будет полностью запрещено. В Харлеме, последнем городе в Голландии, где разрешалось публичное отправление католических обрядов, на протяжении 1579 г. оно подвергалось все большим притеснениям, городские католики оказывались во все более опасном положении. Только в Оверэйсселе, северной провинции, больше всех пострадавшей от военных действий и желавшей вести переговоры с герцогом Пармским, католическое богослужение на некоторое время преобладало. Но даже здесь поддержка католицизма среди простого народа в целом была слабой. Более сильную католическую реакцию можно было найти только к югу от рек, главным образом, в валлонских городах, Мехелене и Хертогенбосе, городе, охваченном глубоким расколом, и в котором в июле 1579 г. происходили настоящие уличные сражения.

Сильное сопротивление Утрехтской Унии в Оверэйсселе и давление на переговоры об окончании войны ни в коей мере не свидетельствовало о возрождении католических симпатий в провинции. Напротив, консервативной, католической политике трех городских магистратов заметно не хватало поддержки. В июле 1578 г. магистрат Зволле признал назначенного Генеральными Штатами штатгальтера Оверэйссела Ренненберга при условии, что католическая вера останется единственной религией, разрешенной в Зволле. Но большинство горожан и членов ополчения выступило против городского совета и вскоре заставило последний признать восстановление Присяжного Совета, который был распущен в 1573 г., после того, как Альба покорил северо-восток Нидерландов. Когда цеха и ополчение взяли верх, председатель Хофа Оверэйссела, назначенный Альбой, бежал в страхе перед «fureur populaire» (фр. народным гневом — прим. ред.). В новом городском совете, избранном в январе 1579 г., сохранили свои места только шесть из бывших прокатолических магистратов. Две трети членов нового городского совета Зволле, избранного Присяжным Советом, были либо протестантами, изгнанными из него в 1573 г., либо новыми людьми. Главная церковь Зволле, уже захваченная для проведения кальвинистского богослужения в декабре 1578 г., была официально закреплена за реформатской Церковью.