Понимая всю опасность распространения «вакулинской смуты», власти стянули для ликвидации мятежного атамана крупные воинские формирования (77-ю и 78-ю бригады ВНУС, три батальона из 178-го и 232-го полков, батальон милиции, отряд матросов с танком и тремя броневиками, четыре бронепоезда и бронелетучка — всего 1500 бойцов). Кроме этих сил был создан летучий конный отряд из отборных бойцов 21-й кавдивизии (около 1000 сабель), взвода артиллерии и батальона стрелков 22-й стрелковой дивизии. У вакулинцев к тому времени было около двух тысяч штыков, 700 сабель, 20 пулеметов и два орудия.

Развязка наступила 16 февраля 1921 года. Из Савинки мятежники ворвались в село Водянка, где в жестоком бою они потеряли погибшими до 300 и пленными 200 человек. Артиллерией красных был разбит обоз повстанцев, они захватили 12 пулеметов и одно орудие. Вырвавшись из окружения, мятежники ушли пятью группами. Головной отряд Вакулина в 250 сабель отступил на восток, на территорию Саратовской губернии. На следующий день, 17 февраля, у станции Гмелинская Вакулин был убит «в рукопашном бою», а его отряд полностью разгромлен. Армия вакулинцев на время рассеялась и исчезла, большинство мятежников, вернувшись в Донскую область, сформировали на местах очаги сопротивления большевистскому режиму: свободные зоны, новые мелкие отряды местных партизан.

После катастрофы «армии» атамана Вакулина командование повстанцами взял на себя атаман Федор Григорьевич Попов. В 1918-м он воевал у атамана Красного, но в конце года добровольно перешел в большевистские части Филиппа Миронова (23-ю кавдивизию). В Красной армии Попов прошел путь от комвзвода до комполка 1-й Конной армии. В 1919-м он вступает в РКП(б). После демобилизации в 1920 году Федор Попов избран председателем совета хутора Муравлевского станицы Малодельской. В момент начала восстания Вакулина ему было приказано организовать борьбу против своего друга. Но вместо этого Попов присоединился к вакулинцам, став командиром эскадрона восставших.

Под руководством Федора Попова разрозненные и деморализованные разгромом группы повстанцев превратились в армию численностью около 8 тыс. конников, прошедшую рейдами по заволжским и казахским степям, землям Дона, Саратовской и Пензенской губерний.

Уже через две недели после разгрома у Водянки Попов собрал вооруженных повстанцев, сформировав полки по принципу землячеств: 1-й Усть-Медведицкий, 2-й Астраханский, 3-й Самарский, 4-й Пугачевский полк (из уроженцев Самарского Заволжья), а также кавалерийский полк (500 сабель при шести пулеметах). Полки состояли из трех батальонов, каждый из которых был поделен на три роты. В каждом полку имелось по пять пулеметов, отдельно была создана пулеметная команда (15 пулеметов). Между пулеметчиками была установлена связь посредством восьми телефонов. Агенты и шпионы Попова действовали во всех округах Донской области и в Саратовской губернии: «посланы старики и молодежь под видом бежавших, собирают нужные им сведения» (структура подобной разведки с успехом использовалась и в повстанческой армии батьки Махно). Попов сохранил вакулинскую систему местной власти в виде «Совета пяти» и «Совета трех».

В своей Декларации атаман Попов «отменил» диктатуру пролетариата и «передал власть самому народу без всяких подразделений на классы и партии». В идеологии повстанцев переплетались различные лозунги: анархии, «многопартийного коммунизма», парламентской буржуазной республики с Учредительным собранием, свободной торговли и «социалистической кооперации». Признание мелкой частной собственности, артели и кооперативных организаций дополнялось борьбой с крупным капиталом и государственной монополией.

Армия Попова имела пять «тыловых» центров: в Иловатской волости структуры местных атаманов Пятакова и Муравьева (до 1,5 тысячи бойцов); на левом берегу Волги, в саратовском Заволжье — повстанцы атаманов Аистова и Сарафанкина (700 бойцов), организовав базовые районы в окрестностях Красного Кута, Золотого Лесного Карамыша, Умета, Дворянского. Интересно, что местные атаманы, которые поддерживали Попова, также были из вчерашних красных: Михаил Пятаков — бывший командир отряда продразверстки, Аистов — комбат РККА.

В середине марта 1921 года, когда в воздухе витали надежды на смену режима и победу восставшего Кронштадта, губернский Саратов оказался в тисках повстанческих сил атамана Попова. Пройдя рейдом Самарскую и Саратовскую губернии, 17 марта его соединения заняли Хвалынск.

Под Саратов из Петрограда на борьбу с повстанцами Попова прибыла 27-я стрелковая дивизия, из Сибири — 1-я кавалерийская дивизия, кроме этих сил были присланы два бронепоезда и бронелетучка, четыре бронеотряда и два отдельных полка. Руководителем группы войск РККА, выступивших против поповцев, был назначен командир 27-й дивизии В. Путна.

С конца февраля 1921 года, когда уже стало известно о неудаче восстания в Кронштадте и начале политики нэпа, атамана Попова преследовали системные неудачи. Соединения красных в боях под Саратовом и Вольском серьезно потрепали поповцев, вынудив их уйти в Пензенскую губернию, 28 марта «армия» Попова заняла Сердобу (Сердобск). Однако поход на соединение с повстанцами Антонова ни к чему не привел: красные перекрыли Попову путь в тамбовские леса. К этому времени стало заметно разложение в рядах повстанцев, между полками начались конфликты, перераставшие в перестрелки. Сказывался острый дефицит патронов, снарядов, медикаментов. Саратовские крестьяне все чаще отказывали в поддержке поповцам, забиравшим у них лошадей, семенной хлеб, фураж, одежду.

В этой ситуации Попов посчитал, что спасти «армию» можно только удачным походом на Дон. 12 апреля он объявился в Хоперском округе. Но уже в боях 15–16 апреля части Попова потерпели поражение, атаман был тяжело ранен в голову и отошел от управления «армией», которая распалась на две части: «волжане» (1,5 тысяч штыков и сабель) ушли на север к Волге, «донцы» (500 сабель, 250 тачанок) устремились на юг.

18–28 апреля отряды Попова рейдировали в Усть-Медведицком округе, у Ольховки, по берегам реки Медведицы. Часть повстанцев разбежалась по хуторам и станицам, многие направились на Урал и Волгу. Саратовская группа была разгромлена, а атаман саратовцев Еремеев оказался в плену. Самарская группа (тысяча штыков и сабель, девять пулеметов) сумела пробиться к Волге, в Камышинский уезд.

В мае 1921 года небольшой отряд Попова в 17 сабель появился у станицы Малодельской. Целью атамана была организация новой «армии» взамен разбежавшейся. Но все попытки сформировать новые части не имели результата, крестьяне отказывались бунтовать — амнистия, введение нэпа и общая усталось от войны сделали свое дело. В конце мая еще недавно грозное восстание Вакулина–Попова прекратилось, Попов распустил своих бойцов и тайно поселился в Царицыне. Через месяц он был арестован местной ЧК и через полгода расстрелян по приговору ревтрибунала.

Местные группы вакулинцев–поповцев весной 1921 года еще продолжали борьбу. Отряд атамана Аистова в конце марта был разбит, атаман Сарафанкин увел 200 повстанцев в Нижинские степи. В апреле отряды атаманов Аистова, Сарафанкина и Сафонова и мятежный Первый революционный отряд из восставшего 49-го кавалерийского дивизиона РККА под командованием Охранюка-Черкасского ненадолго объединились в довольно мощную группу (1600 сабель и штыков). Атаман Охранюк-Черкасский — в прошлом белый офицер, перешедший в РККА, где он стал командиром эскадрона Преображенского укреппункта, членом РКП(б).