Крах Тевтонского ордена стал роковым для положения немцев на востоке, однако нельзя утверждать, что он пагубно сказался на ганзейских интересах. В некоторой степени Ганза пострадала от последствий плохой репутации, которую приобрел один из ее самых ярких участников. Зато она освободилась от торговой конкуренции и эгоистичных методов правления. Амбициозные планы Тевтонского ордена часто становились поводами для страха. Судя по тогдашним хроникам, общественное мнение в ганзейском мире в целом было враждебным по отношению к ордену. Хотя прусские города пострадали за время войны, упадок Тевтонского ордена был им выгоден, как и смена правления. В особенности выгадал Данциг, который получил такую автономию, о какой раньше не мечтал. Кроме того, город получил расширенные торговые привилегии, особенно право определять статус иностранных купцов по своему усмотрению. После заключения мира торговля Данцига стремительно пошла в рост. Однако развитие других городов на Висле, получивших такие же привилегии, постепенно клонилось к закату. Торн несправедливо обвинял в своих трудностях Тевтонский орден. Очутившийся между двумя крупными рынками, Краковом и Данцигом, он продолжал приходить в упадок при польском правлении, как и большинство немецких городов, расположенных в удалении от моря.

Освободившись от опеки Тевтонского ордена, прусские города по-прежнему сохраняли предубеждения по отношению к Ганзе. В вопросах, касавшихся прохода через Зундский пролив, отношений с англичанами и голландцами, их интересы часто противоречили интересам вендских городов. В 1450 г. один купец из Торна обобщил прусские жалобы, с горечью заявив: «Когда вендские города воюют [с Данией], они получают от этого выгоду, потому что вся торговля на Балтике направляется через Любек и Гамбург, а оттуда посуху во Фландрию; те города богатеют, а мы, бедная Пруссия, гибнем». Растущее расхождение интересов между различными группами городов в XV в. в самом деле здесь было особенно очевидным.

То же можно сказать о Ливонии и Руси. Ливонские города значительно расширили торговую деятельность, во многом благодаря иностранным купцам, голландцам и выходцам с юга Германии. Но Ревель, Дерпт и Рига противились тому, что их купцов вытесняют иностранцы. Особую тревогу Риги вызывало то, что Полоцк систематически благоволил своим купцам в ущерб ливонским. Кроме того, Рига пыталась воспрепятствовать проникновению голландских купцов в свои края, где они вели дела напрямую с производителями зерна и льна. В 1459 г. Рига запретила всем иностранцам, в том числе купцам из ганзейских городов, напрямую торговать с другими иностранцами на своей территории. Особенно пагубным ее запрет оказался для Любека, чьи купцы свободно ходили по Двине на протяжении двухсот лет. Любек выразил протест против такого отсутствия ганзейской солидарности, но не получил помощи от других ливонских городов. Тогда Любек обратился за поддержкой к ландмейстеру (заместителю великого магистра) Тевтонского ордена. Однако такой шаг вызвал скандал. Обращение к местному правителю с тем, чтобы тот рассудил спор между двумя городами, считалось серьезным нарушением принципов Ганзейского союза. В ответ Рига закрыла любекские склады и, несмотря на постоянное давление, сохранила полный запрет на торговлю между иностранцами, что больше повредило уроженцам Любека, чем голландцам.

Очевиднее всего соперничество между ливонскими и остальными ганзейскими городами проявилось в Новгороде. Ливонцы как могли старались взять тамошнюю контору под свой контроль и даже монополизировать торговлю с Русью. Так, в 1416 г., в ответ на нарушения ганзейского устава русскими, они запретили всю торговлю с Новгородом по суше и по морю. Вместе с тем они позволили русским торговать в Ливонии, тем самым возложив бремя блокады на другие ганзейские города. Ганзейский собор сурово осудил их и приказал всем своим членам, в том числе Ливонии, прекратить торговлю с Русью; однако приказ успеха не возымел. Ланд-мейстер Тевтонского ордена заключил мир с Новгородом по собственной инициативе. Любек протестовал, но ему пришлось смириться с совершившимся фактом. Любек терял контроль над «Немецким подворьем» в Новгороде с конца XIII в. и в 1422 г. вынужден был передать Дерпту контроль над тамошней конторой и позволить ливонским городам решать, торговать ганзейцам с Новгородом или нет. Любекские и вестфальские купцы по-прежнему приезжали в Новгород, но с тех пор играли там лишь незначительную роль.

Несмотря на условия Нибурского мира, отношения Ганзы и Новгорода весь тот период отличались крайней нестабильностью. Договоры нарушались, на купцов нападали, или они участвовали в распрях, из-за которых приостанавливалась торговля – иногда на годы. В 1424 г. один из самых тяжелых конфликтов, последовавших после нападения на русские корабли, привел к аресту 150 немцев, из которых 36 умерли в плену. В середине XV в. война Тевтонского ордена с русскими князьями вынудила Ганзу ввести блокаду, которая продолжалась пять лет. В 1468 г., после ареста немецких купцов, начался новый кризис в отношениях. Контору перевели в Нарву, но торговля возобновилась лишь через четыре года.

Эти затруднения помогают объяснить упадок новгородской конторы, который стал особенно заметным со второй половины XV в. Однако главной причиной такого упадка стал закат самого Новгорода. Он больше не был крупным центром торговли, каким был 300 лет. Торговля воском и мехами все больше и больше переходила к финским и ливонским городам. Упадок ускорился конфликтом Новгородской республики с Великим княжеством Московским. В 1471 г. войско Ивана III разбило новгородское ополчение в Шелонской битве. Семь лет спустя он захватил город, приказал выслать часть боярских семей на территорию Московского княжества. С независимостью Новгородской республики было покончено. Стремясь благоприятствовать торговле Московского княжества, Иван выказывал большую враждебность по отношению к иностранным купцам. С тех пор дни немецкой конторы в Новгороде были сочтены.

В XV в., как и в XIV, главной политической проблемой Ганзы оставалась проблема отношений с Данией. Штральзундский мир знаменовал период дружбы между двумя державами, который продолжался до смерти королевы Маргариты в 1412 г. Ганза не сопротивлялась союзу трех скандинавских королевств; после того, как она помогла Дании вернуть Готланд, показала, что предпочитает дружить с Данией, а не с Тевтонским орденом. Но политика, которую преследовали миролюбивые патрицианские советы вендских городов, не пользовалась единодушной поддержкой всего Ганзейского союза. В самих городах гильдии испытывали большую ксенофобию, чем купцы, и в глубине души были по-прежнему враждебно настроены по отношению к датчанам. Отношения Дании и Ганзы всегда были непростыми, а в годы правления Эрика Померанского (1412–1438), который был менее дружественно настроен к ганзейцам, снова разгорелся традиционный конфликт.

Главным камнем преткновения стало герцогство Шлезвиг, феодальное владение Дании, которое на протяжении 100 лет было практически независимым и управлялось князьями Гольштейна. Сначала Маргарита, а затем Эрик тщетно пытались восстановить там свою власть. Эрик даже встал на сторону мятежного правительства Любека в надежде, что восстановленная Ганза признает его права на Шлезвиг и поддержит его против Гольштейна. Но хотя его права были признаны императором, Любек и особенно Гамбург не собирались содействовать его амбициям. Они довольствовались тем, что предлагали помощь обеим сторонам. Такие действия восстановили Эрика против Ганзы. Он заключил союз с Польшей против Тевтонского ордена, привечал голландских и английских купцов в Норвегии и Дании и изводил немецких купцов. В 1426 г. он издал эпохальный указ, который наделял его властью облагать сбором все корабли, проходившие через Зундский пролив. Позже к первому сбору добавили пошлину от стоимости грузов. «Зундские пошлины» взимались более 400 лет. Их отменили лишь в 1857 г.