Это стало основой ее защиты и одновременно источником обвинений в подделке. Большие сомнения вызывал постскриптум, который главный дешифровщик Уолсингема добавил к «аутентичной» окончательной версии письма, прежде чем спрятать его в коробочку в пивном бочонке для последующей передачи Бабингтону. Вся теория заговора основывалась именно на нескольких строчках примечания — на этом основании дешифровщика обвиняли в «фабрикации» основной части письма с намерением сделать Марию соучастницей заговора с целью убийства. Однако не существует никаких доказательств того, что текст самого письма был изменен, и поэтому постскриптум — явная и наглая подделка, которой Филипс хвастался, о чем осталась его запись в архивах — не использовался против Марии. На самом деле это был неуклюжий тактический ход: попытка заставить Бабингтона раскрыть «имена и звания» упомянутых «шести джентльменов», а также их сообщников, чтобы Сесил и Уолсингем могли арестовать всех. Хитрость не сработала — у Бабингтона возникли подозрения, и он бежал. Десять дней спустя его поймали в амбаре; он коротко остриг волосы и испачкал лицо, чтобы его приняли за батрака.

Уолсингем не торопился предать заговорщиков суду. Его главной добычей была Мария, которую перевезли в дом сэра Уолтера Астона в Тиксолле, приблизительно в трех милях от Чартли. Цель этой уловки — разлучить ее с секретарями и захватить все документы и шифры, прежде чем она узнает, что Бабингтон и его сообщники пойманы и приговорены к смерти. Мария пребывала в необычно приподнятом настроении. Когда Паулет пригласил ее участвовать в охоте на оленя в близлежащем парке, принадлежавшем сэру Уолтеру, она с радостью воспользовалась этой возможностью. Боль в ногах уменьшилась, и Мария смогла сесть верхом на лошадь — последний раз в жизни.

11 августа Мария вместе с Паулетом и его приближенными отправилась на охоту; ее сопровождали секретари, верный слуга Бастиан Паже и врач, Доминик Бургойн, которому мы обязаны подробным описанием последних семи месяцев жизни Марии. Отъехав на небольшое расстояние, Паулет и его люди немного отстали. На горизонте появилась группа всадников. Вероятно, сердце Марии переполнилось радостью. Это было почти апокалиптическое видение — именно так она представляла отряд, который Бабингтон пошлет для ее освобождения. Капитан, командовавший отрядом, о чем-то поговорил с Паулетом, затем направился к Марии. Спешившись, он сообщил ей, что заговор с целью убийства Елизаветы раскрыт, и что ему приказано арестовать секретарей Марии, а ее саму под охраной препроводить в Тиксолл.

Мария попыталась выпутаться из беды. Она разгневанно заявила, что Елизавету ввели в заблуждение. «Я всегда была ей доброй сестрой и другом», — заявила она. Мария приказала слугам обнажить мечи, чтобы защитить ее, но на стороне врага было численное превосходство, усиливавшееся заряженными пистолетами. После того как всех разоружили, Мария спешилась и села на землю. Она отказалась куда-либо идти, заявив, что предпочитает умереть здесь. Паулет пригрозил, что пошлет за каретой и увезет Марию силой. Мария не двигалась, пока к ней не подошел Бургойн, который начал уговаривать ее. В конце концов она уступила, но сначала встала на колени перед деревом, чтобы помолиться. Паулету и его людям пришлось ждать, когда она закончит.

Марию держали в Тиксолле две недели. За это время ее покои в Чартли тщательно обыскали, а все документы сложили в три больших сундука. Секретарей препроводили сначала в соседнюю деревню, а затем в Лондон — для допроса. За секретарями последовали документы Марии. Все найденное было конфисковано: письма, черновики, блокноты, протоколы, записки, а также ключи и таблицы к почти шестидесяти шифрам. Материалы доставили Уолсингему, который председательствовал в комиссии Тайного совета, назначенной для изучения всего архива и поиска доказательств, которые могут быть использованы для обвинения.

25 августа Марию снова перевезли в Чартли. Когда она выезжала из ворот Тиксолла, посмотреть на нее собралась небольшая группа зевак. Воспользовавшись возможностью, Мария крикнула нищим: «У меня для вас ничего нет! Я такая же бедная, как вы. У меня все отняли». Потом, со слезами на глазах, обратилась к остальным: «Я ничего не замышляла против королевы и ничего не знала». Но унижение Марии только начиналось. Вернувшись в Чартли, она увидела разграбленные шкафы и ящики письменного стола и крикнула: «Кое-кто об этом пожалеет!» Потом заявила, что есть две вещи, которые у нее невозможно отнять — королевскую кровь и религию, «которые я сохраню до самой смерти».

5 сентября Паулету приказали конфисковать деньги Марии и по возможности максимально изолировать ее от слуг. Даже Уолсингем был встревожен такими мерами, опасаясь, что «они вызовут ее болезнь». Если Мария неожиданно умрет, то превратится в мученицу для католиков, и ее имя будет на устах у всех. Такого развития событий он хотел избежать любой ценой. Но Елизавета была тверда. Впервые за все время ссор с кузиной, начиная с ратификации Эдинбургского соглашения, она проявила бессердечие. Наконец она со всей серьезностью отнеслась к предупреждениям Сесила относительно ее безопасности. Елизавета боялась, что сама падет жертвой яда или пули убийцы и укрылась в Виндзорском замке, больше похожем на крепость, чем на удобный дворец — туда она приезжала крайне редко, только когда считала, что ее жизнь в опасности. Она понимала, что рано или поздно Марию предадут суду. Тайный совет выступал за созыв парламента, и было очевидно, чего потребует Сесил и его верные союзники — вспоминались жесткие призывы казнить Марию в 1572 г. В отличие от Сесила и Уолсингема, Елизавета предпочла бы смерть Марии от естественных причин. Идея заключалась в том, что если конфисковать у шотландской королевы деньги и содержать ее в условиях, максимально приближенных к одиночному заключению, это до такой степени деморализует ее, что существующие болезни резко обострятся и станут роковыми.

Елизавета могла себе позволить выступить против Марии, которая стала ненужной после того, как Яков VI подписал сепаратный договор с Англией. Тем не менее ей не хотелось официально отдавать под суд свою кузину и «сестру королеву». Щепетильностью она не отличалась, но тем не менее не желала нести ответственность за казнь помазанной королевы, понимая, какие последствия это будет иметь для идеи монархии. Елизавета почти не скрывала, какое развитие событий она предпочла бы в том случае, если Мария не умрет естественной смертью. Она хотела, чтобы шотландскую королеву выследили и убили на основе договора об Ассоциации.

Елизавета прекрасно понимала сложившуюся ситуацию. Она знала, что убийство королевской особы, одобренное законодательным актом парламента, изменит будущее монархии на Британских островах. Правитель станет в большей степени подотчетен парламенту, навсегда утратив «божественность, венчающую короля». Но это почти не беспокоило Сесила, который почти двадцать лет добивался казни Марии, что гарантировало бы передачу трона протестантам.

Мария заболела и слегла. Когда Паулет явился, чтобы конфисковать ее наличные деньги, она обрушилась на него и его хозяев. Последовала душераздирающая сцена — Мария отказалась отдавать ключи от шкафа, но Паулет приказал взломать дверь. Тогда Мария уступила и попросила камеристок отдать ключ. Когда люди Паулета забирали деньги, Мария встала с кровати и «не надев шлепанцев или туфель, последовала за ними, с трудом дотащившись до шкафа». Какое-то время она пыталась разжалобить их, но сердце Паулета было сделано из камня.