После падения Нанкина в июле 1864 года к северу и югу от Янцзы ещё сражались две крупные группировки тайпинских войск. Южная группировка, насчитывавшая свыше ста тысяч бойцов, но не имевшая единого руководства, в августе–октябре того же года была разбита. Две её колонны все же вышли из-под удара и отступили далее на юг. Одна из них, в составе 50 тысяч бойцов, пробилась в провинцию Фуцзянь и, захватив ряд небольших городов, создала здесь свою базу, просуществовавшую полгода. В мае 1865 года превосходящим цинским силам удалось разгромить эту колонну повстанцев. Другая колонна в составе 30 тысяч бойцов отступила ещё дальше к югу и несколько месяцев действовала на границе провинций Фуцзянь и Гуандун, пока не была уничтожена в феврале 1866 года.

К северу от Янцзы произошло окончательное слияние тайпинов и повстанческого движения няньцзюней-«факельщиков». Корпус тайпинских войск под командованием «генерала» Чэнь Дэцая ещё в апреле 1864 года объединился в провинции Хэнань с отрядами местных повстанцев-няньцзюней. В начале лета эта объединённая армия не смогла пробиться на помощь осаждённому Нанкину. В ноябре того же года цинские войска во главе с монголом Цэнгэринчи нанесли ей крупное поражение. Многие тайпинские офицеры сдались противнику, а их командир Чэнь Дэцай покончил жизнь самоубийством. Однако партизанская тактика няньцзюней, непрерывно рейдирующих между Хуанхэ и Янцзы, причинила цинским властям ещё немало урона. Повстанцы втянули Цэнгэринчи в изматывающее преследование отдельных партизанских отрядов. Отдельные конные отряды повстанцев проходили за сутки до 200 ли (чуть менее 120 км).

18 мая 1865 года под городом Цзяочжоу в провинции Шаньдун монгольские кавалеристы Цэнгэринчи настигли крупный отряд повстанцев. Те сделали вид, что терпят поражение, и бросились через реку. Преследуя отступающих, Цэнгэринчи во главе своих всадников с ходу форсировал водную преграду и попал под удар заранее сконцентрированных здесь повстанческих отрядов. Вырваться из окружения он не смог и погиб в бою – выжив в боях с англичанами и французами, «знамённый» монгольский князь пал от рук китайских крестьян. Всё тяжелое и лёгкое вооружение отряда Цэнгэринчи досталось повстанцам.

23 мая 1865 года маньчжурский император приказал китайцу Цзэн Гофаню заменить убитого монгола Цэнгэринчи в борьбе с партизанами-«факельщиками». Понимая, что борьба с повстанческим движением требует изменения тактики, Цзэн Гофань уже в июле представил императору свой план борьбы с няньцзюнями. В плане было предусмотрено методичное проведение карательных операций, для чего во всех охваченных движением провинциях создавались опорные базы с крупными гарнизонами из опытных войск, запасами оружия и продовольствия. Базы должны были поддерживать друг друга, нанося удары по повстанцам и не втягиваясь в длительные изматывающие преследования. Цзэн Гофань предложил сформировать и обучить отдельные кавалерийские отряды, которые должны бороться с повстанцами их же партизанскими методами.

Победитель тайпинов методично приступил к осуществлению своего плана. Уже через год, в июле 1866 года, он начал оттеснять повстанцев в заранее окруженные районы, где цинские отряды опирались на подготовленные по берегам рек линии обороны. Однако тактика Цзэн Гофаня требовала длительного времени, а нервничающий двор цинского императора жаждал как можно быстрее покончить с мятежами.

К тому же в манёвренной партизанской войне победы стремительно чередовались с поражениями, и правительственные войска не раз несли тяжелые потери. Отряды повстанцев не раз приближались к плотинам Императорского канала, грозя снова отрезать столицу империи Пекин от поставок продовольствия. Цинский двор вернул Цзэн Гофаня на прежний пост наместника трёх центральных провинций, а борьбу с «факельщиками» возглавил Ли Хунчжан. Надо отметить, что маньчжуры справедливо опасались китайских армий и их вождей, выросших в борьбе с тайпинами, и всячески разжигали между ними соперничество. В противовес Ли Хунчжану его старый соперник Цзо Цзунтан был назначен наместником и командующим войсками столичной провинции Чжили.

Смена командующих не способствовала успеху в войне с повстанцами. И хотя в январе 1868 года цинские войска уничтожили крупную группировку мятежников, так называемых «восточных няньдан», другая группа повстанческих отрядов в начале февраля неожиданно появилась на подступах к Пекину. Цинский императорский двор впал в панику. Столичного наместника Цзо Цзунтана едва не отдали под суд, а Ли Хунчжана понизили в имперских чинах и лишили права ношения отличительных павлиньих перьев на головном уборе.

8 февраля 1868 года цинское правительство объявило Пекин на осадном положении. Организацию обороны, как и 15 лет назад во время Северного похода тайпинов, возглавил принц Гун. Непосредственное командование войсками всё же поручили опытному Цзо Цзунтану. Три месяца на дальних подступах к Пекину шла манёвренная война повстанцев и правительственных войск.

В конце апреля «факельщики», повторяя старый путь тайпинов, вышли к пригородам Тяньцзиня. Однако здесь, после непродолжительного равновесия сил, цинам удалось скоординировать действия всех своих войск, а повстанцы, лишенные тыловой поддержки, были отброшены из столичной провинции и зажаты между Императорским каналом и притоками Хуанхэ. Здесь «факельщики» продержались до августа. У них кончилось продовольствие, правительственные войска всё туже стягивали кольцо окружения. Командующий повстанцами Чжан Чжэнцзян, сын павшего в боях основателя повстанческой армии «факельщиков» Чжан Лосина, не перенёс поражения и утопился в реке.

Внукам Чжан Лосина во главе отдельных отрядов удалось вырваться из окружения, но вскоре они были схвачены и казнены. Стоит обратить внимание на эту свойственную тайпинам и прочим мятежникам Китая семейственность и тягу к созданию личных династий. Сыновья «Царя Небесного» тайпинов, сыновья Ли Сючена и других «ванов», дети и родственники прочих мятежных командиров, как правило, занимали командные должности в иерархии повстанцев. Сознание восставших китайских крестьян всё ещё оставалось абсолютно средневековым и монархическим…

К концу 60-х годов XIX века остатки повстанцев-няньцзюней были рассеяны по отдельным провинциям. Но разгром тайпинов и «факельщиков» не означал повсеместного умиротворения. Отдельные мятежи тлели долгие годы по всему Китаю, множество бойцов из разбитых отрядов рассеялось по всей стране. Отдельным тайпинам ещё предстояло сыграть свою роль в истории Китая и его войн.

Параллельно с разгромом тайпинов и нянцзюней империя Цин пыталась провести военную реформу, чтобы создать современную армию и военное производство. Ещё в 1862 году появился приказ, чтобы все офицеры империи Цин занялись изучением уставов европейских армий. В том же году Ли Хунчжан отправил группы военных в Англию и Германию для изучения современной артиллерии и стрелкового оружия.

В том же 1862 году Цзэн Гофань построил в Аньцине первый современный арсенал. Весь обслуживающий персонал состоял из китайцев, иностранных мастеров не нанимали. Здесь сумели построить и спустить на воды Янцзы первый китайский пароход – небольшое судно по имени «Ванцзяо», которое развивало скорость 10 узлов и имело на вооружении две гладкоствольные пушки.