5 ноября 1863 года цинские войска заняли пригороды Нанкина, через три дня они полностью обложили стены города, начав подготовку к непосредственному штурму. Все вылазки тайпинов были отбиты.

Однако отряды тайпинов ещё могли наносить цинам отдельные удары и проводить дерзкие диверсии. Именно тогда, 13 ноября 1863 года, «западный брат», англичанин Линдлей, вместе с несколькими подельниками, действуя по заданию Ли Сючэна, захватит недалеко от Шанхая британский же колёсный пароход «Firefly», перевозивший оружие и боеприпасы для «Всегда побеждающей армии» англичанина Чарльза Гордона.

Впрочем, отдельные успешные вылазки не могли изменить общее положение. К концу ноября 1863 года цинские войска очистили от тайпинов всю территорию в 30-километровом радиусе Нанкина. 4 декабря восемь командиров тайпинских частей, оборонявших Сучжоу – второй по значению после Нанкина крупный город из остававшихся в руках тайпинов, убили своего командира «Му-вана» («Идеального царя») и сдали город армии Ли Хунчжана.

Изменники вели переговоры с командующим «Всегда побеждающей армии» Гордоном. Англичанин дал им слово, что перебежчикам сохранят жизнь. Но Ли Хунчжан приказал казнить всю восьмёрку сдавшихся командиров. Гордон в это время находился среди тайпинов в качестве заложника-гаранта. Узнав о казни, Гордон обратился к повстанцам с речью, обещав им, что накажет коварного Ли Хунчжана. Наивные тайпины отпустили заморского заложника для наказания цинского командарма. Разъярённый такой подставой и «потерей лица», Гордон действительно ворвался в палатку Ли Хунчжана, размахивая револьвером – будущему владыке Китая пришлось прятаться под столом и оттуда обещать европейскому наёмнику золотые горы…

Понимая, что приморские провинции практически потеряны, а деблокада Нанкина уже невозможна, Ли Сючэн обратился к «Царю Небесному» с предложением вырваться из осаждённой столицы и уйти в провинции среднего течения Янцзы, где начать новую войну. Он предложил обратиться к войскам с призывов: «Лучше погибнуть в боях, чем помереть с голоду». Однако «Царь Небесный» «Тянь-ван», 13 лет заседавший в роскошном нанкинском дворце, видимо, уже не представлял себя без своей Небесной столицы. Он не внял разумным предложениям своего лучшего полководца.

К весне 1864 года армии Цзэн Гофаня, Ли Хунчжана и Цзо Цзунтана разгромили последние крупные регулярные группировки тайпинов за пределами Нанкина. Организованный прорыв и эвакуация армии и правительства повстанцев из Нанкина стали невозможны. Маньчжурский император из Пекина слал Цзэн Гофаню грозные требования скорее взять столицу мятежников.

Нанкин был блокирован со всех сторон. Ещё с лета 1863 года в городе начался голод, и руководивший его обороной Ли Сючэн, спасая мирных жителей, разрешил им уходить за стены. 30 мая 1864 года тайпинский «Царь Небесный» обратился к китайскому народу с последним посланием. Он призвал всех сохранять спокойствие и объявил, что решил сам отправиться на небо, чтобы просить Бога прислать новые подкрепления… 1 июня (19 апреля 14 года по календарю Тай-Пин Тянь-Го) он покончил с собой, приняв яд. «Младший брат Иисуса Христа», ставший императором мятежников китайский крестьянин Хун Сюцуань прожил 50 лет, из них последние 12 – в виде живого бога.

6 июня командовавший обороной Нанкина Ли Сючэн возвёл на престол «Царства Небесного Всеобщего Счастья», съёжившегося до 40-километровых границ городских стен, сына покойного основателя секты – юного Хун Гуйфу. 18 июня Ли Сючэн лично повёл в отчаянную вылазку крупный отряд, нанёсший осаждавшим большие потери. Это уже было бесстрашие отчаяния.

26 июня к стенам Нанкина прибыл Чарльз Гордон со своей «Всегда побеждающей армией», здесь уже находились и войска из армии Ли Хунчжана. С начала июля объединённые цинские армии в течение 10 дней ежедневно штурмовали стены города. Бои носили крайне ожесточённый характер. В ходе штурмов осаждающие понесли большие потери, среди убитых были четыре генерала империи Цин.

19 июля 1864 года была взорвана мина в подкопе под стеной у ворот Тайпинмынь. Через 60-метровый пролом в Нанкин ворвались цинские войска. За сутки непрерывного штурма они овладели всем внешним городом и с ходу ворвались в городскую цитадель. Ли Сючен отдал приказ сжечь резиденцию «Царя Небесного» и вместе с наследником покойного Хун Сюцуаня сумел вырваться из горящего города.

Цинские войска уничтожили в Нанкине до 100 тысяч тайпинов, в основном членов их семей. По свидетельствам очевидцев, над городом несколько дней и ночей стоял ужасающий смрад от сожжённых людей. В ходе штурма Цзэн Гоцюань, младший брат Цзэн Гофаня, захватил казну тайпинского государства, насчитывавшую несколько тонн серебра. В официальном донесении он сообщил маньчжурскому императору, что казну мятежников так и не нашёл.

22 июля к юго-востоку от Нанкина правительственными войсками был схвачен сам Ли Сючэн, отдавший своего коня юному царю тайпинов, которому удалось уйти от погони. Ли Сючэн, выдающийся генерал мятежников, заслуженно пользовался уважением даже у своих врагов. Цзэн Гофань решил лично допросить его и даже сохранить жизнь такому достойному врагу. Но тут он стал свидетелем, как пленные тайпинские генералы, увидев своего командарма, забыли о своих победителях и охранниках и упали перед Ли Сючэном на колени. Конфуцианский поэт Цзэн Гофань тут же понял, что такого авторитета нельзя оставлять в живых…

На допросе Ли Сючэн отказался отвечать победителям, но потребовал принести кисть и бумагу: «Записи нашего историографа сожжены вашими людьми. А если я не расскажу, кто передаст об этом потомкам? Я подробно напишу как о самом себе, так и о своей службе. Но если написанное мной будет предано огню, я писать не буду. Я согласен дать показания, если они будут сохранены для потомков».

Цзэн Гофань распорядился принести пленнику необходимое, и, находясь в клетке, Ли Сючэн больше недели писал свою историю тайпинской войны, изложив весь её ход, с большим достоинством описав и ошибки, допущенные революционерами. 7 августа 1864 года Ли Сючэн – «Чжун-ван», Верный царь тайпинов – был четвертован в Нанкине. По приказу Цзэн Гофаня пряди волос с его головы были разосланы во все провинции Китая, «дабы вселить в сердца людей радость».

Новый «Небесный царь» тайпинов ещё несколько месяцев скрывался от преследования цинских войск, его охраняли партизанские отряды тайпинов под командованием его двоюродного дяди Хун Жэнгана, одного из немногих достойных и храбрых людей среди многочисленных родственников основателя тайпинского движения. Но 9 октября Хун Жэнган был захвачен в плен, а 25 октября наконец схватили и юного «Царя Небесного». Их четвертовали в ноябре 1864 года в 400 километрах к юго-западу от их бывшей столицы, в небольшом городе Наньчане, где через 63 года начнётся новая великая крестьянская война и родится Красная армия Китая…

Впрочем, падение «Царства Небесного» и казнь его вождей не принесли мир на землю Китая. В большинстве провинций продолжались разрозненные мятежи, восстания охватили и почти все национальные окраины империи Цин.

Тайпинское государство рухнуло. Однако массы мятежников не сложили оружия, они продолжили пусть уже и безнадёжную, но оттого ещё более упорную повстанческую и партизанскую войну практически во всех провинциях Китая.