в Таганрог из Новопавловска были переведены канатный завод и парусная фабрика. С 1776 года в Таганроге действовала штурманская школа.

Эти преобразования могли быть ещё масштабнее, если бы не противодействие коменданта таганрогской крепости Збородова и стремление Адмиралтейст-коллегии направить основное финансирование по ведомству на обустройство Херсона. Комендант подходил к организации работ в гавани по остаточному принципу. Контр-адмирал поднял эту проблему на уровне Петербурга, потребовалось личное вмешательство Потёмкина для корректировки планов строительных работ. Однако Адмиралтейств-коллегия так и осталась непреклонной. Из обширного плана благоустройства Таганрогского порта было профинансировано лишь возведение ограждения в восточной части гавани.

Судостроение на Дону и в Азовском море затруднялось мелководьем. Значительную часть работ (окончательная отделка судна, оснастка, вооружение) приходилось делать далеко на рейде. Это приводило к многочисленным затруднениям, излишним материальным затратам, к потере времени. Однако потери времени во многом компенсировались за счёт внедрения на верфи серийного подхода. Выполнив задание на одном корабле серии, бригада переходила на другой для проведения аналогичной работы. При такой последовательности производительность и качество труда возрастали.

Тем не менее, строительство линейных кораблей в Азовском бассейне было трудноразрешимой задачей, и начиная с 1775 года основное внимание Петербурга было приковано к более глубокому Днепровскому лиману.

В нижнем течении Днепра при Александр-шанце в 1778 году было заложено новое адмиралтейство и верфь, положившие начало Херсону. Адмиралейств-коллегия назначила командовать строительством генерал-цейхмейстера Ивана Абрамовича Ганнибала. Последний приходился сыном знаменитому арапу Петра Великого и двоюродным дедом Александру Сергеевичу Пушкину. Ганнибал выполнял роль опекуна будущей матери великого поэта, за что удостоился от него восхваления.

Об участии Ивана Абрамовича в тех же событиях Архипелагской экспедиции, за которые Клокачев получил своих Георгиев, Пушкин так писал в «Моей родословной»:

Пред кем средь чесменских пучин

Громада кораблей вспылала,

И пал впервые Наварин.

Ивану Ганнибалу предстояло реализовать сложнейшую задачу, поставленную перед создаваемым Херсонским адмиралтейством еще в 1775 году: построить военную гавань, вмещающую не менее 20 «военных больших судов», и верфь, имеющую не менее 20 или, по крайней мере, 15 эллингов. Ганнибал получил назначение в Херсон в июле, а с конца мая строительство находилось под попечительством новороссийского генерал-губернатора Потёмкина.

В 1779–1781 годах по решению военно-морских властей из Таганрога под Херсон были переведены крупные силы Азовской флотилии (8 фрегатов). Это решение было недостаточно продуманным, т. к. условий для базирования эскадры в Днепровском лимане ещё не существовало. Федот Клокачёв как мог протестовал против него, предлагал вариант размещения фрегатов в Керчи, но безуспешно. В итоге, в 1782 году большинство переведённых судов утратили боеспособность и требовали срочного ремонта.

Тем временем дела на Херсонской верфи обстояли также неблестяще.

За первый год работ (к весне 1779 года) был полностью построен лишь один эллинг, на котором 26 мая заложили 60-пушечный линейный корабль «Святая Екатерина». Ещё через год были возведены следующие 2 эллинга. Здесь началось строительство уже 66-пушечных линкоров «Слава Екатерины» и «Святой Павел». К середине лета 1781 года закончилась работа над четырьмя эллингами, где заложили 2 новых линкора.

Однако к 1782 году Россия так и не получила на Чёрном море ни одного линейного корабля. Это создавало серьёзные угрозы на случай нового столкновения с Османской империей (к тому времени союзная Турции Франция уже обладала 72-пушечными линейными кораблями).

Решать задачу занятия стратегически значимой Ахтиарской гавани после подписания Екатериной II рескрипта о присоединении Крыма Потёмкину пришлось силами азовских фрегатов. Для этого в январе 1783 года в Керчи была сосредоточена эскадра из 11 судов под командованием теперь уже вице-адмирала Клокачёва.

2 мая она совершила переход к древнему Херсонесу, так было положено начало Севастопольской эскадре – основной ударной силе вновь создаваемого Черноморского флота. Главным командующим «флотом, заводимым на Чёрном и Азовском морях» был назначен Федот Клокачёв, хотя при более успешном строительстве линейных кораблей в Херсоне эта честь могла бы принадлежать Ивану Ганнибалу.

Широко известна характеристика, данная контр-адмиралом Клокачёвым Ахтиарской гавани: «Подобной еще гавани не видал, и в Европе действительно таковой хорошей нет; вход в сию гавань самый лучший, натура сама разделила бухту на разные гавани, т. е. военную и купеческую; довольная в каждом лимане глубина, положение ж берегового места хорошее и надежно к здоровью, словом сказать лучше нельзя найти к содержанию флота место…»

Первоначально здесь планировалось создать не только военно-морскую базу, но и верфи. Однако в связи с дороговизной доставки в Крым необходимых строительных материалов главный центр кораблестроения на юге оставался в Херсоне.

Основателем Севастополя, как известно, считается контр-адмирал Фома Фомич Макензи. Причиной тому стало спешное отбытие командира Черноморского флота в Херсон незадолго до официальной закладки «города русских моряков». Этот отъезд из Херсонеса в Херсон был обусловлен фактическим провалом программы строительства черноморских линкоров.

Конец в стремительной карьере Ивана Ганнибала наступил в мае 1783 года, когда Херсон посетил Григорий Потёмкин. Вот что он писал тогда императрице: «Изумился, как собака, и не могу добиться толку по адмиралтейству. Всё запущено, ничему нет порядочной записи. По прочим работам также неисправно, дороговизна порядков и неисправность подрядчиков истратили много денег и время… Никто из тех, кто должны были смотреть, не были при своём месте… все были удалены, а всё находилось в руках у секретаря у Ганнибалова… которого он увёз в с собой, не оставив здесь ни лесу, ни денег».

Однако это письмо Екатерина прочла уже после того, как Ганнибал был награжден орденом святого Владимира. Делу против него так и не дали ход, чтобы не компрометировать грандиозные южные проекты императрицы, у которых и без того хватало недоброжелателей. Ганнибал был тихо отправлен в отставку. Может быть, опала родственника повлияла на критический взгляд Пушкина на царствование Екатерины. Впрочем, такая точка зрения в его время была в русском обществе довольно популярна.

Прибыв в Херсон, Федот Клокачев энергично принялся за наведение порядка. Было сменено руководство Херсонского порта, учреждена специальная контора над портом, состоявшая из интендантского, экипажеского, комиссариатского и артиллерийского департаментов. Тем самым была заложена основа для самостоятельного Черноморского адмиралтейства.

Форсирование работ на верфи позволило спустить в сентябре 1783 года на Черное море первый русский линкор «Слава Екатерины». «Святую Екатерину», однако, достроить не удалось, из-за начавшегося гниения корпуса. Принявший в непосредственное подчинение Черноморский флот, князь Потёмкин тогда ввёл практику еженедельной отчётности адмиралтейского начальства о своей деятельности.

Летом 1783 года было принято прорывное решение для дальнейшего комплектования Черноморского флота, которое обсуждалось Клокачёвым ещё в Таганроге. Потёмкин положительно решил вопрос о строительстве первых в России тяжёлых 50-пушечных (линейных) фрегатов,