Несмотря на эти неблагоприятные обстоятельства, город Пондишери рос, обгоняя другие колонии, строились новые укрепления, возводились склады и магазины.

Сохранилось описание города. За небольшим фортом находилась церковь капуцинов, а неподалеку от нее – церковь враждующих с ними иезуитов (обе церкви были построены в 70-х годах XVII в.). Высокий забор окружал здание Компании. Был разбит городской парк. На рынке продавались шелк-сырец, неокрашенные ткани, хлопок, перец, селитра, а также цветные ткани, которые французские купцы перепродавали в другие страны. По вторникам на рынок съезжалось до 10 тысяч индийцев. Колония французов насчитывала 300 человек. Некоторые чиновники и купцы заводили здесь семьи, беря себе в жены топасок – потомков от браков португальцев с индийскими женщинами.

Резиденция главного администратора Французской Индии была перенесена Франсуа Мартеном из Сурата в Пондишери.

Мартен наблюдая за развитием и процветанием английской и голландской тоорговли, писал в Париж письма, в которых выдвигал разные проекты.

На внешнем фронте Мартену постоянно приходилось лавировать между Моголами и махаратхами, и здесь ему вполне удавалось проявлять свое дипломатическое искусство. Тем временем обстановка в Европе накалялась, Англия после революции 1689 г. перестала быть союзником Франции. Свержение Якова II Стюарта и избрание на английский престол правителя Голландии Вильгельмa III Оранского означало создание англо-голландского союза

В 1692 г. вспыхнула война между Францией и англо-голландской коалицией. 21 августа 1693 г. к Пондишери подошла голландская эскадра.

Пондишери был обречен, после двухнедельной осады он капитулировал. Мартена перевезли в Батавию (нынешняя Джакарта), откуда голландские победители хотели отправить его в Европу, но француз обхитрил своих противников, и ему удалось вскоре оказаться в Бенгалии, где он взял на себя руководство всеми французскими факториями в Касимбазаре и Шандернагоре (по-индийски Чандер-нагар).

После того как в 1697 г. в Рисвике был заключен мир, Мартен приехал в Пондишери, перешедший по договору в руки французов. В городе стала налаживаться жизнь. Во Францию разрешили ввозить отбеленный ситец, корицу, перец и другие товары, вскоре здесь появились ткачи. Уже в 1700 г. Пондишери вновь занял преобладающее место среди французских колоний и факторий.

Мартен добился от Компании многих привилегий и стал фактически полновластным губернатором. В его руках находилась гражданская и военная власть. Верховным органом был объявлен Высший совет. Его председателем был губернатор, советники выполняли различные функции: верховного судьи, военного комиссара, прокурора… Многое французская администрация заимствовала у своих голландских и английских соседей. Так же, как англичане и голландцы, французы собирали подоходные налоги с местного населения.

Вокруг Пондишери обстановка была неспокойной. Но небольшой гарнизон Пондишери успешно отбивал атаки местных феодалов и отрядов махаратхов.

Внутренняя жизнь Пондишери была сопряжена со многими трудностями. Корабли привозили из Европы слитки серебра и золотые монеты. Вначале Мартен пытался разменивать их на рупии. Тамильские купцы расплачивались монетой низкого качества, и французы проигрывали на обмене. Мартен решил чеканить собственную монету с изображением индийской богини Лакшми. Но монета не получила распространения потому, что, во-первых, индийцам не понравилось изображение и, во-вторых, местные капуцины и иезуиты объявили святотатством наличие силуэта языческой богини на французской монете. Чеканку монет пришлось свернуть. Вскоре разразился религиозный конфликт, во время которого иезуиты пытались вмешиваться в повседневную жизнь индийцев. Главы каст выдвинули ультиматум: или иезуиты прекращают нападки или индийцы покинут город. Так французы столкнулись с кастами Индии, которые не позволили вмешиваться в их религиозную жизнь. Этого Мартен допустить не мог.

Мартен написал письмо в Париж с требованием образумить иезуитов, но только в 1707 г., уже после симерти Франсуа Мартена, пришло послание от отца Ла-Шеза к иезуитам Пондишери, в котором предписывалось быть сдержанными по отношению к индийцам.

В последние годы губернаторства Мартена Пондишери активно укреплялся. Был построен мощный форт. Вокруг города возникали один за другим бастионы – так Пондишери стал наиболее укрепленной французской колонией в Индии.

В 1701 г. началась Война за испанское наследство. Внук Людовика XIV стал королем Испании. Возникла возможность франко-испанской унии и превращения Франции в мощную колониальную державу. Этого не могли допустить ни Англия, ни Голландия. Война шла 14 лет и окончилась фактическим поражением Франции. Несмотря на то, что на испанском троне остались Бурбоны, единое франко-испанское государство создано не было. К тому же в ходе военных действий выявилось значительное превосходство англо-голландского флота над французским.

Положение Компании Восточных Индий становилось все более неопределенным. Мартен умер в 1706 г., в разгар Войны за испанское наследство. Его последний дипломатический успех состоял в заключении джентльменского соглашения о нейтралитете колоний во время войны в Европе.

Многолетняя Война за испанское наследство принесла серьезный ущерб экономике французского королевства. Торговля между Францией и Индией почти прекратилась. Ткачи и другие ремесленники начали покидать Пондишери. Уезжали из него также многие купцы и чиновники.

Новый взлет Компании был связан с именем Джона Ло, уроженца Эдинбурга, финансиста и спекулянта, который благодаря созданной им «системе Ло» сумел спасти Компанию от краха, выпустив акции. Правда, как и созданные Ло организации, в том числе акционерный банк, Компанию ждало банкротство, но постепенно акции вновь поднялись в цене, и Компания стала располагать сравнительно большим капиталом – 112 млн ливров. Королевская власть ей покровительствовала и предоставила монопольные права на торговлю различными товарами. Во главе Компании по-прежнему стоял Совет директоров. Его членами были в основном банкиры и богатые торговцы, которые могли вложить значительные средства в Компанию.

Устав Компании периодически обновлялся, но ее структура в общем оставалась постоянной: Совет директоров, Наблюдательный совет, собрание акционеров, не обладающее реальной властью. Что касается Наблюдательного совета, состоявшего из восьми синдиков, то он почти всегда был в контакте с Советом директоров. Компания имела два центра: Париж, где находились ее главные ведомства, решавшие основные вопросы, и Лориан, порт Компании, где находились ее главные склады и осуществлялось наблюдение за отправкой и получением товаров.

В Индии интересы Компании представлял губернатор, его резиденцией был Пондишери. Выбирали губернатора, директора Компании, но утверждал его в должности король. При губернаторе существовал совет. Распоряжения и инструкции, на основе которых создавался устав Компании, предусматривали строгую должностную иерархию. Чиновники Компании занимали определенные должности – служащий, служащий второго класса, служащий первого класса, помощник купца, купец, советник.